Протоколы съездов и совещаний конституционно-демократической партии, а также заседаний ее Центрального Комитета показывают, что и после 1908 года Кокошкин оставался одним из самых активных деятелей в среде кадетов. В плеяде интеллектуалов, составлявших мозговой центр партии народной свободы, он был, пожалуй, самой яркой звездой.
С осени 1909 года в среде кадетов интенсивно обсуждался финляндский вопрос. Он возник в бюджетной комиссии Государственной Думы в тот момент, когда на одном из ее заседаний было высказано предложение предусмотреть в новом бюджете взнос Финляндии на расходы Российской империи по внешней политике. 21 октября 1909 года эта проблема была поднята на заседании Центрального Комитета конституционно-демократической партии. "Финляндский вопрос вступает в тот фазис, когда нам держаться только отрицательной точки зрения уже нельзя, так как это было бы умыванием рук в надвигающемся кризисе"
, - заявил в своем выступлении на этом заседании И.И. Петрункевич. После короткого обмена мнениями члены Центрального Комитета приняли решение: "В виду сложности всего финляндского вопроса и необходимости для партии рано или поздно выступить в этом вопросе не только с протестами против правонарушений, но и с определенной положительной программой, — образовать особую комиссию для подготовки вопроса". В состав данной комиссии вошли П.Н. Милюков, А.И. Шингарев, Д.Д. Протопопов, В.Д. Набоков, В.М. Гессен и М.М. Ковалевский.До 7 ноября указанная комиссия так и не приступила к работе. На состоявшемся в этот день заседании Центрального Комитета кадетской партии И.И. Петрункевич еще раз привлек внимание своих коллег к Финляндии. "Нам следовало бы ответить ясно, какой точки зрения держимся мы в финляндском вопросе", - сказал он. В результате нового обмена мнениями по названному вопросу члены Центрального Комитета решили пополнить состав комиссии Петрункевичем. Однако и после этого комиссия по финляндскому вопросу не приступила к работе.
Вопрос о Финляндии был поднят 14 ноября 1909 года на совещании парламентской фракции партии народной свободы с представителями местных групп партии в выступлении П.Н. Милюкова. После него выступал председатель Центрального Комитета кадетской партии, избранный и председателем данного совещания, Павел Дмитриевич Долгоруков, который сообщил, что, судя по настроению конференции, мнение о необходимости сохранения государственной автономии Финляндии единогласно принимается. "Что же касается деталей, — сказал он, — то они разрабатываются в особой комиссии при Ц[ентральном] К[омите]те, в которую приглашены и такие специалисты по государств[енному] праву, как Ф.Ф. Кокошкин"
.На заседании Московского отделения ЦК партии кадетов, проходившем 27 ноября 1909 года, Кокошкин предложил поставить финляндский вопрос на обсуждение данного отделения, заявив, в частности, что "в текущую сессию и вообще в 3-й Думе он станет самым важным вопросом и будет в ней быстро решен". В ответ на это предложение П.Д. Долгоруков сказал в своем выступлении, что "следует просить Ф.Ф. К[окошкина] приготовить общие положения по вопросу" и не следует возлагать больших надежд на комиссию
.На заседании Московского отделения ЦК партии кадетов, состоявшемся 13 декабря 1909 года, Ф.Ф. Кокошкин сделал обширный доклад по финляндскому вопросу. Сделав краткий обзор истории финляндской конституции, он поставил два вопроса: 1) "следует ли по существу изменять отношения между Россией и Финляндией" и 2) "если да, то в каком порядке эти изменения должны быть произведены". Обсуждение доклада Кокошкина показало, что кадеты были в то время еще не в состоянии прийти к окончательному решению этих вопросов. Согласование различных мнений по теме автономного статуса Финляндии в составе Российской империи продолжалось в рамках Московского отделения ЦК партии кадетов вплоть до мая месяца 1910 года.
23 мая 1910 года состоялось совещание парламентской фракции конституционно-демократической партии с представителями местных партийных групп, на котором были представлены разработанные Ф.Ф. Кокошкиным и принятые Московской группой кадетов положения, которые выражали позицию всего Центрального комитета конституционно-демократической партии по финляндскому вопросу.