Кроме того, постановлением Московского дворянского собрания Ф.Ф. Кокошкин был 29 января 1908 года исключен из его состава. Присутствовавший на этом собрании В.Ф. Джунковский описывал это событие в своих мемуарах следующим образом: "29 января в собрании обсуждался вопрос о решительном исключении из московского дворянства Ф.Ф. Кокошкина, подписавшего Выборгское воззвание. В этот день дворяне явились в громадном числе, их было 352 человека. Все хоры были заняты дворянскими семьями, много публики было и за колоннами. Доклад собрания предводителей и депутатов по делу Ф.Ф. Кокошкина был прочитан секретарем дворянства и прослушан с напряжением. […] Председатель собрания П.А. Базилевский по выслушании доклада заявил, что никаких новых обстоятельств, которые могли бы послужить основанием для пересмотра дела по существу, не имеется, и что никаких объяснений Ф.Ф. Кокошкин звенигородскому предводителю дворянства не представил, а потому собранию предстоит лишь постановить окончательное решение. В защиту Ф.Ф. Кокошкина выступили П.А. Столповский, В.В. Пржевальский, князь Е.Н. Трубецкой, Ю.С. Кашкин и князь П.Д. Долгоруков. П.А. Столповский говорил о неправильном применении статей 165 и 166 IX тома, которые гласили, что только дворянин, опороченный судом, может подлежать исключению, а Ф.Ф. Кокошкин хотя и был под судом, но приговор суда еще не вошел в законную силу, и следовательно, он еще не опорочен судом… Князь П.Д. Долгоруков произнес пространную речь и в конце ее сказал: "Помните, что вы судите избранника Москвы в Первую Государственную Думу, и имей он право вновь избираться, он был бы вновь послан той же Москвой и во Вторую и в Третью Думу. И при выборах в Третью Думу с их классовыми перегородками он был бы избран десятками тысяч голосов, при всеобщем же голосовании за него подали бы сотни тысяч, и ему было бы оказано Москвой предпочтение перед всеми нами, находящимися в этом зале. Таким образом, называя Кокошкина бесчестным, вы бросаете всему московскому населению, всей Москве вызов".
Далее В.Ф. Джунковский отметил в своих воспоминаниях, что против Ф.Ф. Кокошкина говорили барон Н.Г. Черкасов, С.С. Бутурлин, Н.А. Жедринский, граф Д.А. Олсуфьев, Ю.П. Бартенев, К.Н. Пасхалов, Ф.Д. Самарин. "Ю.П. Бартенев рассматривал поступок Кокошкина как измену, как бесчестное деяние, которое могло вызвать целые потоки крови", Ф.Д. Самарин заявлял, что "если собрание отклонит предложение об исключении Кокошкина, то тем самым оно одобрит Выборгское воззвание". В конечном итоге, "закрытой баллотировкой собрание большинством 260 голосов против 92 решило исключить Ф.Ф. Кокошкина из Московского дворянского собрания. Объявление результатов баллотировки было встречено гробовым молчанием"
.10 марта 1908 года в Уголовном кассационном департаменте Правительствующего Сената были рассмотрены по кассационным жалобам дела 144 лиц из 155 бывших членов Государственной Думы первого созыва, осужденных в декабре 1907 года Особым присутствием С.-Петербургской судебной палаты за участие в распространении Выборгского воззвания. Обер-прокурор П.А. Кемпе указал в своем заключении, что во всех этих делах нет никаких оснований к отмене приговора, предусмотренных в п. 2 статьи 912 Устава уголовного судопроизводства. Сенат согласился с таким заключением, и приговор вступил в законную силу.
13 мая все осужденные получили повестки с требованием явиться в свои участки. Оттуда их доставляли в Таганскую тюрьму, имевшую статус губернской. Среди привезенных в указанную тюрьму были Г.Ф. Шершеневич, князь Петр Долгоруков, В.Е. Якушкин и Ф.Ф. Кокошкин. У тюремных ворот их встречала толпа восторженных поклонниц с цветами.
В соответствии со статьей седьмой Высочайше утвержденного 6 августа 1905 года "Положения о выборах в Государственную Думу" лица, "подвергшиеся суду за преступные деяния, влекущие за собой лишение или ограничение прав состояния", не имели права избирать и избираться в Государственную Думу. Ф.Ф. Кокошкин лишился, таким образом, возможности продолжать свою общественную деятельность в рамках Государственной Думы и земских учреждений. Главной трибуной для выступлений по вопросам общественной жизни стали для него отныне газеты и журналы. В течение 1908–1914 годов Федор Федорович регулярно печатал публицистические и научные статьи в газетах "Русские ведомости", "Речь", "Дума", "Право", Путь", в журналах "Новый путь", "Русская мысль", "Юридический вестник", "Юридическая библиография" и др.