Развитию здравоохранения как системы весьма способствовало изданное в 1864 году «Положение о земских учреждениях», которое в числе прочего передало земствам (выборным органам местного самоуправления) «попечение, в пределах, законом определенных и преимущественно в хозяйственном отношении, о народном здравии». До этого крестьяне видели докторов только при рекрутских наборах и при выездах на вскрытие мертвых тел. Теперь же земства начали нанимать врачей, которые должны были бесплатно обслуживать крестьянское население. Поначалу такой врач должен был разъезжать по своему участку, регулярно посещая все селения и предлагая свою помощь больным, или, останавливаясь на сборных пунктах, контролируя деятельность приписанных к ним фельдшеров. Однако как показала практика, толку от таких разъездов было немного — врач просто не успевал оказывать помощь тем, кто в ней нуждался. Постепенно под влиянием резолюций съездов врачей победила стационарная система. Уезды делились на четыре или пять врачебных участков, в центре каждого образовывалась сельская больница, в которой врачи и фельдшеры работали вместе. Кроме того, земства стали приглашать особых врачей для санитарной деятельности, учреждались уездные врачебные советы для заведования медицинской частью, и т. д. О буднях земского врача можно прочесть в «Записках юного врача» Михаила Булгакова.
В городах с 1912 года начала работу система социального страхования, основанная на немецкой системе Бисмарка, выраженной формулой «богатые платят за бедных, здоровые — за больных». «Больничные кассы» получали две трети своих взносов от работников и треть от работодателя. Они оплачивали, помимо расходов на лечение, пособия по безработице, пенсии и т. д. Страхование покрывало обслуживание около 20 % работников различных профессий. Некоторые заводы и фабрики имели свои амбулатории, содержавшиеся на деньги владельцев.
Трудно переоценить значение для медицинского образования и развития медицинской науки военных госпиталей. По указу императора Петра I в для оказания медицинской помощи «служивым людям» в 1715 году учреждены Военно-сухопутный и Адмиралтейский госпитали, а тремя годами позже Адмиралтейский госпиталь в Кронштадте. И при этих госпиталях, названных генеральными, как и при учрежденном в 1706 году госпитале в Москве, формируются в первой половине XVIII века госпитальные (медико-хирургические) школы, положившие начало оригинальной отечественной системе военно-врачебного образования. Эти школы в 1786 году были объединены в Главное врачебное училище. 18 (29) декабря 1798 года Павел I подписал указ о строительстве помещений для учебных театров (аудиторий) врачебного училища и для общежития его учеников. Дата подписания указа считается днем основания Медико-хирургической (с 1881 г. — Военно-медицинской) академии, ставшей первым медицинским вузом страны. По инициативе знаменитого хирурга Н.И. Пирогова в 1841 году в ИМХА создана кафедра госпитальной хирургии и тогда же — кафедра госпитальной терапии, что было важной вехой в развитии высшего медицинского образования в России, и также впервые в России учредили кафедры и клиники: офтальмологии (1818 г.), психиатрии (1857 г.), оперативной хирургии с топографической анатомией (1865 г.), педиатрии (1865 г.), гигиены (1871 г.), общей и экспериментальной патологии (патологической физиологии — 1879 г.), оториноларингологии (1892 г.), общего учения о заразных болезнях с практическим курсом бактериологии (1896 г.), ортопедии (1900 г.). Учредив в 1872 году «особый женский курс для образования ученых акушерок», академия явилась инициатором высшего женского медицинского образования. Здесь учились и работали выдающиеся физиологи И.М. Сеченов и И.П. Павлов, глава крупнейшей терапевтической школы С.П. Боткин, хирург Н.В. Склифосовский, офтальмолог Э.А. Юнге, оториноларинголог Н.П. Симановский, ортопед Г.И. Турнер, дерматовенеролог В.М. Тарновский, патофизиолог В.В. Пашутин.
Выдающимся военным хирургом являлся Николай Иванович Пирогов. Благодаря своему опыту, полученному во время Крымской войны 1855–1856 годов, он подошел вплотную к объяснению причин гнойных поражений еще до наступления эры развития бактериологии и обосновал необходимость изоляции больных с гнойными ранами. Все это привело к тому, что для таких больных специально устраивались палаты или даже отделения. Персонал должен был очень строго соблюдать санитарно-гигиенические нормы.