К сюжету «Тайной вечери» обращались многие художники. Кастаньо, например, поместил сцену в парадном зале, украшенном мраморным панно, а Гирландайо – в открытом саду. Леонардо же решил связать фреску с пространством трапезной. К его заслугам можно отнести то, что он утвердил идею, в которой пространство, изображенное художником, продолжает реальное архитектурное пространство. Стены и потолок трапезной плавно переходят в стены и потолок, изображенные на картине. В настоящей трапезной столы были расположены в форме буквы «П», за столом, стоящим напротив стены с «Вечерей», сидел настоятель монастыря. Стол, изображенный на картине, замыкал «П» из реальных столов в четырехугольник. По своей форме, убранству нарисованный стол в точности воспроизводил настоящие столы.
Одновременно Леонардо работал над композицией картины. Он делал беглые наброски всей группы и отдельных персонажей, соединял их по двое-трое, записывал свои мысли: «Первый, который пил и поставил стакан на место, обращает голову к говорящему; другой соединяет пальцы обеих рук и с нахмуренными бровями смотрит на своего товарища; другой, открывши руки, показывает их ладони, поднимает плечи к ушам и делает ртом мину изумления; другой говорит на ухо следующему, а этот, слушая его, наклоняется к нему и подставляет ухо, держа в одной руке нож, а в другой разрезанный этим ножом пополам хлеб; следующий, отбросившись назад и держа нож в руке, опрокидывает этой рукой стакан; следующий кладет руки на стол и смотрит; следующий дует на кусок хлеба; следующий наклоняется, чтобы видеть говорящего, и кладет над глазами руку, делая тень; следующий позади того, который нагнулся, обращается туда же и видит говорящего между стеной и наклонившимся». Вот так, рисунками и словами Леонардо складывал в своем представлении образ будущей картины.
Во фресках Андреа дель Кастаньо в церкви Св. Аполлония и Доменико Гирландайо в трапезной монастыря «Всех святых» во Флоренции Христос и апостолы размещены за столом довольно симметрично, промежутки между фигурами почти равные, а сами фигуры неподвижны, сцена – наверное, наоборот, – статична.
Леонардо по-новому трактует евангельскую сцену. Традиционно в итальянской живописи сюжет «Тайной вечери» символизировал таинство Евхаристии, святого причастия. Поначалу образ Иуды не отделялся от других апостолов. В эпоху Возрождения его стали изображать без нимба и располагать по другую строну стола, потивопоставляя Христу и апостолам. На фреске Доменико Гирландайо из участников сцены можно опознать только троих апостолов: Петра – он держит нож в руке, Иоанна – он положил голову на стол, Иуду – он сидит отдельно. Через пятнадцать лет Леонардо в самом раннем эскизе повторил традиционную композицию, но только для того, чтобы отказаться от нее. Как уже говорилось, во фреске присутствует идея Евхаристии. Христос, хлеб и вино; он только что преломил хлеб – «сие есть Тело мое», правая рука лежит около стакана с вином – «сие есть Кровь моя». Он спокоен, на лице смирение, глаза опущены, губы сомкнуты. Он уже сказал: «Один из вас предаст меня». Ход мирной трапезы нарушен. Каждый из апостолов отозвался на его слова. Они потрясены, возмущены и задаются вопросом: «Кто?» По правую руку от Христа сидят его любимые ученики: Иоанн, страдающий от горя, Петр, схватившийся за нож. Третий в этой группе предатель, как бы придавленный своим деянием к столу, он сжимает кошель со сребрениками. Характеры у учеников разные, и реагируют на услышанное они по-разному. По левую руку от Христа Фома, сидящий в профиль, поднял перст – он сомневается, что предательство вообще возможно. Иаков-старший возмущен, Филипп тоже думает о том, как такое возможно, и прижимает руки к груди, пытаясь унять душевную боль. В следующей группе Матфей обращается к Фаддею и Симону. Варфоломей, Иаков-младший и Андрей ждут, добавит ли учитель еще что-нибудь, назовет ли имя. Жесты апостолов столь же выразительны, как и лица. И эта волна человеческих эмоций, взметнувшись в их мимике, жестах, разбивается о трагически обреченную фигуру Христа, расположенную в центре. Апостолы объединены в группы по три человека. Каждая по-своему – эмоции, положения тел, жесты – уравновешены в пространстве. Аналитически продумано и выверено перспективное построение: ковры на стенах, кессоны перекрытия сужаются, придавая глубину пространству. Линия горизонта, точка, в которой сходится перспектива, расположена на уровне глаз Христа, в результате его фигура не только размещена по центральной оси, но и является оптическим центром картины. Неоднократно отмечалось, что если бы все сидящие за столом переменили позы, то они просто не поместились бы за ним. Но зритель не видит этого. Положения людей, изображенных на картине, кажутся ему естественными и полными жизни.