Приор монастыря торопил Леонардо, Людовико Сфорца делал то же самое. 29 юиня 1497 г. герцог приказал своему секретарю: «Поторопить Леонардо флорентийца, чтобы он кончил свою картину в трапезной делла Грациа и приступил к другой стене той же трапезной, и заключить с ним договор, дав ему на собственноручную подпись, с тем, чтобы обязать его кончить ее в тот срок, который будет договорен с ним». Зимой 1497 г. Леонардо сдал «Тайную вечерю» с неоконченной головой Христа. Одни историки утверждали, что он сдал работу незаконченной по своему обыкновению, из других источников известно, что да Винчи сделал это потому, что не нашел лица, которое могло бы служить моделью для образа Христа. Так или иначе, «Тайная вечеря» произвела на современников колоссальное впечатление. Она стала известной сразу после создания, и не только по описаниям – ее копировали, изучали. Уже в конце XV века появилась гравюра неизвестного ломбардского мастера с изображением «Тайной вечери». Один из учеников Леонардо, Больтраффио, копировал апостолов попарно. Вольные копии фрески Леонардо создавали Рафаэль и Дюрер.
История произведений является продолжением истории мастера. Забегая вперед, скажем, что уже при жизни Леонардо на фреске стали появляться трещины. Антонио де Беатрис, приближенный кардинала Арагонского, посетив монастырь в 1517 году, назвал фреску «прекрасной, но разрушенной». Во втором издании «Жизнеописаний» (1566 год) Джорджо Вазари писал, что на фреске много пятен. Позднее Джованни Баттиста Армени скажет о «Тайной вечере», что «она наполовину в руинах, но чудесная». Первые реставрации «Тайной вечери» были произведены в XVIII веке. К сожалению, реставраторы опирались на ошибочные сведения Ломаццо (автора трактатов об искусстве конца XVI века), что живопись выполнена маслом. В 1726-м, а затем в 1770 году фреску Леонардо переписали маслом и покрыли лаком. Подобную реставрацию повторили в середине XIX века. Первое изучение и професитональную реставрацию провел Луиджи Кавернаги в 1903 году. В 1924 году Орести Сильвестри продолжил ее. И Кавернаги, и Сильвестри столкнулись с большими трудностями: слои масляной краски в процессе переписей XVIII–XIX веков через трещины авторского слоя проникли в ниже расположенные слои, вплоть до грунта. Во время Второй мировой войны 3 августа 1943 года в трапезную монастыря попала бомба, перекрытие и стена рухнули. К счастью, фреска Леонардо была заложена мешками с песком и уцелела. В 1947 году Мауро Пелличчоли провел фиксацию живописи, а в 1952–1954 годах расчистил ее. Но он не смог удалить все переписи на поверхности фрески. Поэтому в начале 1980-х годов началась седьмая по счету реставрация «Тайной вечери». Было решено оставить на стене только то, что создано рукой Леонардо, а в местах утрат авторской живописи стену тонировать акварелью. В ходе этой реставрации специалисты признали, что оригинал Леонардо фактически потерян. Но даже в таком фрагментарном состоянии фигуры, выполненные рукой да Винчи, гораздо более выразительны, чем попытки всех реставраторов. Открывшиеся детали поражают своей конкретностью.
Но главное открытие последней реставрации – яркость цвета, которой восхищался еще Вазари.
Работа над «Тайной вечерей» закончена. Теперь Леонардо может вернуться к занятиям оптикой и механикой, а заодно и анатомией. В одной из его ранних тетрадей есть запись, которую он сделал по приезде в Милан: «2 апреля 1489 г. книга, называемая о человеческом теле». Леонардо – прежде всего художник. Своему главному призванию он подчинил остальные свои занятия. Оптика – для живописи, анатомия – чтобы изображать человеческое тело, надо знать его строение. Леонардо берется за существующую научную литературу о внутреннем строении человеческого тела. Найденные им сведения часто ошибочны. Он понимает, что единственный способ добыть знания по анатомии – вскрывать трупы самому. Но это опасное занятие – им может заинтересоваться инквизиция.
Так или иначе, Леонардо не мог полностью посвятить себя занятиям по анатомии – он инженер на службе герцога. В его грандиозные военные проекты уже никто не верит. Но жалованье он свое оправдывает – продолжаются начатые им работы по строительству миланской сети каналов, усовершенствована система шлюзов, при его участии построен большой канал Мартезаны. Есть еще одно дело, не дающее ему покоя, – занятие, не менее опасное, чем вскрытие трупов: он думает о создании летательной машины. В одной из его тетрадей есть запись: «Птица есть аппарат, действующий на основе математических законов, и поэтому вполне в возможностях человека сделать такой аппарат со всеми его движениями».