Сюжет да Винчи начал разрабатывать совершенно самостоятельно. Он стал заниматься этим задолго до того, как сервиты обратились к нему. Над темой Мадонны с младенцем и её матерью, святой Анной, Леонардо трудился 15 лет. Его последним обращением к ней стала незаконченная картина, созданная через много лет после того, как он покинул сервитов. Первой попыткой подойти к теме можно считать так называемый картон Бурлингтонского дома, купленный английским правительством в наши дни и теперь находящийся в Национальной галерее в Лондоне. Леонардо создал этот картон в 1499 г., и при первом взгляде зритель ощущает просто неземную красоту, но вместе с тем что-то очень необычное. Постепенно на ум приходит: Леонардо создал странную композицию: он нарисовал одну взрослую женщину на коленях у другой. В жизни подобная сцена выглядела бы смешной. Но композиция Леонардо не вызывает других чувств кроме восхищения. Две грациозные женщины, между которыми как бы стерта разница в возрасте, представляют собой удивительно гармоничное сочетание и окутаны мерцающим сиянием. Их связывает младенец Христос, благословляющий маленького Иоанна Крестителя. Картон считается одной из самых выдающихся работ Леонардо.
Вторым вариантом был картон, созданный специально для сервитов (к сожалению, утерянный). "Когда он был закончен, — пишет Базаре, — комната, где он стоял, постоянно была наполнена мужчинами и женщинами, молодыми и старыми; такую толпу можно видеть только на самых торжественных праздниках". Леонардо представил Марию, святую Анну и маленького Иоанна Крестителя с ягненком, и, как пишет посланник маркизы Изабеллы: "Все фигуры нарисованы в натуральную величину, но размещаются на сравнительно небольшом картоне, потому что сидят или наклонились".
Сервитам было не суждено получить от Леонардо законченное живописное полотно. Информатор маркизы докладывал, что Леонардо, по всей видимости, потерял интерес к искусству: "Вид кистей выводит его из себя".
Всякая религиозная тематика была явно не по душе Леонардо, если она не связывалась у него с реальными жизненными проблемами, близкими его душе, как это было при создании "Тайной вечери". Поэтому он гораздо охотнее брался за портреты.
Вероятно, во время пребывания во Флоренции Леонардо написал замечательный портрет Джиневры Бенчи. (Джиневра де Бенчи, сестра астронома и друга Леонардо, вышла замуж в 17 лет. Ее портрет написан по этому случаю.) Можжевеловая ветвь на заднем плане символизирует невинность новобрачной. "Джинепро" по-итальянски означает "можжевельник", что созвучно ее имени. На обороте портрета изображена эмблема, на которой ветвь можжевельника в обрамлении лавровой и пальмовой ветвей перевита лентой с латинским изречением: Virtutem forma decorat ("Красота — украшение добродетели").
Портрет Джи нервы де Бенчи датирован примерно 1473–1474 гг. Существовал обычай — точно так же, как и сейчас, — дарить портреты невестам перед свадьбой, которая у Джинервы состоялась в январе 1474 г. Картина, к сожалению, была повреждена. Часть полотна снизу обрезана именно в том месте, где находились руки девушки.
Возможно, Джинерва была действительно холодна или же житейские обстоятельства заставили ее вступить в брак без любви, во всяком случае, трудно избежать чувства, что Леонардо она не нравилась.
Картина пронизана меланхоличным настроением, написана в темных, сумеречных тонах. Бледность лица Джинервы резко контрастирует с темной массой листвы у нее за спиной. Задний фон картины погружен в густой туман (сфумато), созданный с помощью мазков маслом, наложенных один на другой, которые смягчают контуры предметов и делают неясными их формы. Нежный, обволакивающий туман создает атмосферу, подобную сну, и в ней внутренняя природа предметов и людей выявляется глубже, нежели в резком свете дня.
На тождество этого портрета с портретом молодой женщины из Лихтенштейновской галереи в Вене указывает наличие на заднем плане можжевелового дерева, а также присутствие на обороте картины изображения венка с веткой того же можжевельника. Однако точной датировки этого портрета нет; возможно, что он был написан гораздо раньше.
Портрет, находящийся сегодня в Национальной галерее искусств в Вашингтоне, написан во фламандском стиле — на это указывают и пейзаж, на фоне которого изображена дама, и её поза (три четверти), и включение рук (утрачено), и изображение герба на оборотной стороне панели. Герб этот, однако, не принадлежал Джиневре или ее мужу. Пальмовая и лавровая ветви указывают на гуманиста Бернардо Бембо. Во время пребывания последнего в качестве посла Венеции во Флоренции в 1475–1476 гг. Бембо стал платоническим возлюбленным Джиневры и заказал её портрет. Любовь Бембо к фламандской живописи не случайна — с 1471 по 1474 г. он был послом при бургундском дворе.