Очутившись за границей, он сразу же окунулся в почти незнакомую ему атмосферу эмигрантских интриг, конфликтов по мелочам, столкновения амбиций. Он не стал общаться с меньшевиками, давно уже поливавшими его грязью из-за «эксов» (слышалось даже слово «уголовник»). Его путь лежал в Женеву, где Ленин и Богданов издавали газету «Пролетарий». Лидеры большевиков, с которыми он не так давно наряжал елку в Куоккале, встретили его приветливо, но в воздухе чувствовалось напряжение. Ленин продолжал отчаянную борьбу за контроль над партией, и если прежде Красин был его союзником против меньшевиков, то теперь он виделся возможным противником, грозившим расколоть саму большевистскую фракцию. Роспуск Второй Думы и выборы третьей оживили спор об участии социал-демократов в парламентской жизни. Богданов не скрывал своей точки зрения: отозвать депутатов из Думы, объявить ее послушным орудием царизма и все силы направить на разжигание новой революции. Вдобавок он давно уже расходился с Лениным в теории, развивая свой собственный «эмпириомонизм» или «эмпириокритицизм», который Ильич сперва приватно, а после и в печати называл «искажением марксизма».
Красин в теоретические вопросы по-прежнему не вмешивался, но в отношении к Думе однозначно встал на сторону Богданова. Их сторонники-«отзовисты» составляли в эмиграции меньшинство, но было известно, что большая часть революционного подполья поддерживает именно эту точку зрения. Это рождало у Красина соблазн тоже побороться за власть в партии; хотя он и тогда, и позже всячески открещивался от подобных обвинений, но по инерции привык считать себя главным финансистом и организатором большевиков, держащим в руках все нити подпольной работы. Виктор Окс в воспоминаниях называет его «человеком, укушенным мухой власти». Мы не знаем, предпринимал ли он какие-либо практические шаги к сохранению этой власти в эмиграции — достаточно того, что Ленин его в этом подозревал.
Свою версию их разногласий изложил меньшевик Борис Николаевский; по его версии, перебравшись за границу, Ленин увидел, что скандал с тифлисским «эксом» настроил против него большую часть партии, и решил свалить ответственность за него на Красина и Богданова. Именно для этого он, по версии Николаевского, затеял философскую дискуссию с Богдановым (которая вполне могла бы подождать) и спровоцировал того на резкие высказывания, позволявшие обвинить его в расколе партии. «Деятельность Ленина того времени, — писал Николаевский, — объективно была не чем иным, как попыткой выбраться из тупика, в который большевистская фракция была заведена деятельностью „коллегии трех“, свалив на других политическую ответственность за те деяния, в проведении которых решающее участие принимал и сам Ленин. Именно под этим углом зрения надлежит рассматривать и тот раскол внутри БЦ, который был проведен Лениным в 1908–1909 годах… На авансцене велись споры о „махах и авенариусах“, печатались статьи с опровержением аргументации „бойкотистов“ и „отзовистов“ и т. д., а за кулисами шла ожесточенная борьба за влияние в БЦ, которая в переводе на язык реального соотношения сил была борьбой за право распоряжаться секретными капиталами большевистской фракции».
При этом Ильич, практичный, как всегда, не терял надежды использовать способности Красина «в мирных целях», а именно в критике меньшевиков на страницах «Пролетария». Позже Леонид Борисович вспоминал: «Товарищи, и в особенности Владимир Ильич, уговаривали меня… переехать в Париж и принять участие в газетной работе» (это было уже в 1909-м, когда редакция газеты перебралась в Париж). Он отказался, объяснив это так: «Не то чтобы я недооценивал значение этого рода работы или был совершенно беззаботен по части теории, а просто и по темпераменту и по всей предыдущей деятельности меня не влекла такая несколько кабинетная и больше теоретическая работа, и во мне всегда было живо предчувствие, что практическая работа… понадобится еще и для революции».
Скоро ему пришлось пожалеть о своей непривычке к газетной полемике: под градом обвинений товарищей по партии, вдруг ставших противниками, он был лишен возможности оправдаться — и делом, как привык до этого, и словом, на страницах газет. Первой ласточкой стало предложение Ленина переизбрать финансовую комиссию Большевистского центра, куда входили он, Красин и Богданов. Леонид Борисович сразу распознал в этом желание отодвинуть его от распоряжения финансами партии. По мнению Т. О’Коннора, поводом стало его предложение потратить часть денег на организацию побега Камо из берлинской тюрьмы. Целью было не только помочь верному соратнику, но и помешать ему раскрыть полиции подробности подготовки большевистских «эксов». Камо, как мы знаем, так ничего и не рассказал, но Ленин, еще не зная этого, категорически отказался оплачивать его освобождение. Деньги, большую часть которых добыл именно Красин, он предпочитал тратить на свои цели — например, на поездку к Горькому на Капри, где он побывал в апреле 1908-го.