В дни героической обороны Одессы, когда немецко-фашистские захватчики полукольцом окружили город, черноморская операция принимала участие в эскортировании своих кораблей, которые доставляли оружие, боеприпасы, продовольствие в Одессу, охраняя их от вражеских подводных лодок и торпедных катеров. В одном из таких полетов в районе Тендровской косы на группу наших бомбардировщиков налетели вражеские истребители. Экипаж Цисельского уничтожил два вражеских самолета. Советские корабли без потерь дошли до Одессы, но самолёт Цисельского получил серьёзные повреждения. Только мужество и выдержка экипажа, опыт командира самолёта и штурмана помогли при трёхбалльном шторме посадить машину на воду.
С 25 декабря 1941 года по 2 января 1942 года Цисельский принимал участие в Керченско-Феодосийской десантной операции. До конца 1941 года экипаж Михаила Петровича совершил 99 боевых вылетов, из них 55 днем и 44 ночью. Участвуя в разгроме врага, делал по 2-3 боевых вылета за ночь. При выполнении боевых заданий проявлял упорство, смелость и находчивость. Трижды атаковывался истребителями противника. Дважды, застигнутый плохой погодой, подходил к цели на низкой высоте, обстреливая из пулеметов зенитные точки противника. Ни зенитный огонь, ни прожектора противника не помешали Цисельскому сбросить около 20 тыс. кг бомб.
В 1942 году Михаил Петрович продолжает принимать активное участие в обороне Севастополя и Кавказа. В течении года он получал основные задачи на уничтожение войск и техники противника в районах: Новороссийск, Керчь, Тамань, Анапа. В этом же году производил разведку коммуникаций противника на Крымском побережье. В июне – июле 1942 года в составе экипажа транспортного самолета Дуглас С-47 “Скайтрэйн” совершил в осаждённый Севастополь 16 вылетов. При этом было доставлено 16 тонн боеприпасов, эвакуировано 110 раненых бойцов и командиров.
С января 1942 года до мая 1943 года Цисельский произвел 104 боевых вылета. Его экипажем за это время было уничтожено 16 танков, 2 зенитные батареи, 2 склада с горючим, 4 самолета противника на аэродроме в Саках, дальнобойная артиллерийская батарея на мысе Хако, лично в воздушных боях сбил один Ме-109 и один Не-111, бомбовыми ударами вызваны многочисленные очаги пожаров и уничтожено много технических средств противника. Разведывательными полетами и умелыми донесениями о движении войск и танковых колонн противника приносил огромную помощь командованию. В одном из случаев разведывательного полета капитан Цисельский обнаружил танковую колонну, двигающуюся в направлении Анапа – Новороссийск. Благодаря своевременному обнаружению колонны была срочно вызвана группа штурмовиков на удар по колонне и операция противника была сорвана.
В мае 1943 года Цисельский направляется на курсы усовершенствования начсостава при ВМАУ имени И. Сталина в городе Куйбышев. После окончания курсов в январе 1944 года он назначается штурманом 3-й эскадрильи 40-го авиаполка, а затем 29-го пикировочного полков, в составе которых берет участие в освобождении Одессы, Севастополя, Болгарии, Румынии.
12 апреля 1944 года при освобождении Крыма составом экипажа Цисельского был потоплен транспорт противника водоизмещением 4500 тонн, перевозивший живую силу и вооружение из Севастополя в Констанцу. 18 апреля бомбовыми ударами с пикирования при ожесточенном противодействии зенитной артиллерии и огня с эскортных кораблей был потоплен транспорт водоизмещением 5000 тонн. 19 апреля был потоплен десантный корабль. В этом полёте самолёт Цисельского был сильно повреждён огнём вражеских истребителей, но благодаря выдержке и мужеству экипажа, самолёт удалось провести через линию фронта и благополучно посадить в районе мыса Тарханкут. 20 апреля экипажем Цисельского было потоплено 2 мотобота.
С 20 по 29 августа Цисельский принимает участие в Ясско-Кишинёвской наступательной операции. Вылетал на разведку вражеских кораблей в море, наносил бомбовые удары по военно-морским базам, громил войска и технику противника, топил транспорт, вёл воздушные бои, активно содействовал сухопутным войскам во время овладения ими военно-морских баз противника в Румынии. 20 августа во время налёта на военно-морскую базу Констанца экипаж самолёта под командованием капитана Попова, штурманом которого был Цисельский, потопил вражеский конвойный транспорт. 23 августа 1944
года эскадрилья Цисельского вылетела для бомбардировки порта Браилова
. До цели нужно было идти более 160 километров над вражеской территорией на высоте 300-400 метров. Постоянно отмечалась низкая облачность, местами шел дождь. Нужно было учитывать и то, что состав эскадрильи совсем недавно пополнился молодыми, еще необстрелянными экипажами. Командир и штурман договорились, что если погода не прояснится, бомбардировку выполнить с высоты 300 метров. Но на подходе к Дунаю поднялись до 2-х тыс. метров, так как видимость резко улу