В мае 1919-го наступил и кризис в союзе с Махно. Он, впрочем, как и Григорьев, выступал против вывоза за пределы по решению ЦК РКП(б) миллионов пудов хлеба, что мало отличалось от грабежа Украины кайзеровцами. Махно отвергал диктатуру одной партии, выступал против ЧК, за полную свободу слова. Троцкий в телеграмме 23 мая 1919 года предостерегает командование Южного фронта, что махновцы нужны для борьбы с белыми, корпусом Шкуро. В другой телеграмме в тот же день он ясно иллюстрирует видение «так называемой» гражданской войны, которое еще в начале 1918 года формулировал и нарком по делам национальностей Сталин. Троцкий, мягко говоря, не высоко ставил Ворошилова, но в тот момент всячески его отстаивал как командующего армией на юге Украины: «Он целиком за общегосударственную военную политику. Враждебен украинской самостийности, будет безусловно выполнять приказы Южфронта». В мае 1919 года основные силы григорьевцев были разбиты. И 28 мая по прямому проводу вождь приказал Киеву, что пленных григорьевцев можно использовать на других фронтах, только проведя их массами через трибуналы, покарав зачинщиков, остальных, «рядовую массу», условно приговорив к расстрелу с двухмесячным сроком исправления и нашитием особых отличительных знаков штрафников. А уничтожение Махно он приказал начать с кампании против него во всей украинской печати.
Григорьев обратился за подмогой к Махно. В штаб махновцев пришло короткое послание: «Батько, чего ты смотришь на коммунистов? Бей их! Атаман Григорьев». Отряды Махно в это время в Донбассе отражали наступление Шкуро и Деникина, кубанской кавалерии и офицерских полков. «Григорьевщина пахнет петлюровщиной», – недружелюбно отозвался Махно на вечеринке, танцуя с женой Галиной любимый вальс «Амурские волны».
К началу лета 1919 года большевики выбили Григорьева из всех захваченных городов (Екатеринослав трижды переходил из рук в руки), большинство григорьевцев с оружием разбежались по селам, сам атаман скрылся на степных хуторах, но не будет ни красного похода в Румынию и Венгрию, не попадут резервы и на Южный деникинский фронт. Белые перешли в общее наступление.
В бронепоезде на станции Балаклея 6 июня 1919 года вождь подписал приказ № 107, в котором объявил партизана Махно «изменником и предателем». Через два дня на станции Лозовая в приказе № 108 Троцкий огласил конец бесшабашной, разнузданной, небоеспособной махновщине. В Гуляйпольском гнезде «нет дисциплины, там нет обязанностей честно сражаться с врагами рабочего народа, стало быть, для труса и бездельника – рай земной». А с 5 июня началось неудачное наступление красных на Дону. Форсировав Дон, они попытались штурмовать родину Михаила Шолохова, станицу Вешенскую. С марта там разгорелось антибольшевистское восстание, которое позже увековечил автор «Тихого Дона». Но донские казаки объединились с белыми, генералом Секретевым и нанесли красным поражение.
16 июня 1919 года большевики оставили Крым, а казаки генерал-лейтенанта Шкуро захватили Екатеринослав и мосты на Днепре. В этот же день части Венгерской Красной армии перешли в последнее наступление и в результате «северного похода», блестяще спланированного начальником штаба Штромфельдом, отбросили чехов и вышли к Карпатам. В этот день была провозглашена Словацкая Советская Республика, Словацкую Красную армию, 12 тысяч штыков, возглавил коммунист Мюнних, в 1937-м он станет генералом республиканской Испании. Накануне в Вене австрийские революционеры в ходе демонстрации в поддержку советской Венгрии завязали уличные бои с полицией. А в центральной Германии дрались с рейхсвером тысячи коммунистов из Рурской Красной армии. Напрасно красные венгры, словаки и немцы взирали по направлению красного Востока. Там пылала Украина. Большевики принимали последний и решительный бой с врагом. Ленин был вне себя. Антонов и Подвойский, вопреки его требованиям, продолжали оставаться при должностях. Ворошилов и Дыбенко после разгрома григорьевцев почивали на лаврах и растаскивали награбленное батькой добро. «Хаос полный. Донбассу серьезно не помогают».