В 1989 году ушел на пенсию первый заместитель председателя Комитета Н. П. Емохонов, участник Великой Отечественной войны, генерал армии с инженерным образованием, крупный специалист по шифрованию и дешифрованию, созданию информационно-аналитических систем. В органы пришел в 1968 году по предложению Андропова.
В начале 1991 года ушел на пенсию другой первый заместитель председателя Комитета — Ф. Д. Бобков, участник Великой Отечественной войны, в органах проработал с 1945 года, начав путь с младшего оперуполномоченного, в отставку ушел генералом армии, с огромным оперативным опытом на различных направлениях чекистской деятельности.
Их заменили Г. Е. Агеев и В. Ф. Грушко (ныне покойные). Первый до органов госбезопасности был на партийной работе в Иркутске, Грушко начал свою трудовую деятельность в МИДе СССР.
Ушли в отставку по выслуге лет заместители председателя Комитета В. А. Матросов (ныне покойный) и В. П. Пирожков, оба участники Великой Отечественной войны. Умер заместитель председателя Комитета И. А. Маркелов, проработавший в органах госбезопасности более 40 лет.
Заместителем председателя — начальником Первого Главного управления в начале 1989 года был назначен Л. В. Шебаршин, до этого работавший заместителем начальника Главного управления. Ему тогда только что исполнилось 54 года, в разведке проработал более 25 лет. Неоднократно находился в длительных загранкомандировках (Пакистан, Индия, Иран), востоковед, владеет английским, хинди, фарси. Человек острого ума, широко образован, начитан, большой книголюб, опытный оперативник, хотя больше склонен к аналитической работе, поэтому не случайно в последние годы работал в информационно-аналитическом управлении разведки. Отличался самостоятельным мышлением, принципиален, умел постоять за свою точку зрения, не был лишен самолюбия, но, по-моему, без особого перебора.
С новым председателем Комитета Бакатиным решительно не сработался. Когда последний пошел на кадровые перестановки в разведке без согласования и учета мнения ее начальника, т. е. Шебаршина, последний подал рапорт об отставке. Думаю, что это была потеря для разведки и органов.
Конечно, отношение к Шебаршину со стороны Бакатина и Горбачева — смесь перестраховки и стремление расправиться с «кадрами Крючкова», хотя оснований для таких претензий к Шебаршину не было.
В личном плане Шебаршин никогда не был мне близок, отношения между нами носили чисто служебный, деловой характер, он откровенно ставил передо мной любые вопросы, без опаски отстаивал свою точку зрения и знал, что я поощряю такое поведение. Мне не раз приходилось бывать с ним в зарубежных командировках, в том числе неоднократно в Афганистане. В острых ситуациях Шебаршин вел себя мужественно, не терялся, быстро устанавливал контакты, умел расположить собеседника. В политике ориентировался верно, чему помогали здравомыслие и интеллект.
Очень жаль, что после августовских событий немало подобных Шебаршину людей вынуждены были уйти или их «ушли» из органов госбезопасности. В результате понес потери Комитет, уменьшился его потенциал, проиграло общее дело. Уверен, не будь в органах госбезопасности трехмесячного бакатинского периода, такой беды с кадрами не случилось бы.
Институт заместителей председателя Комитета пополнился необычно для практики органов молодыми кадрами — В. Ф. Лебедевым и А. А. Денисовым, которым едва перевалило за 40 лет.
На должность заместителя председателя Комитета — начальника Второго Главного управления (контрразведка) был назначен Г. Ф. Титов, работавший первым заместителем начальника разведки, 56 лет, с оперативным и политическим опытом.
Появился новый начальник Главного управления пограничных войск, он же заместитель председателя КГБ И. Я. Калиниченко, всю сознательную жизнь, с 18 лет, прослуживший в погранвойсках и прошедший в них все ступени от рядового до командующего. Честный службист, для которого работа, верность долгу. Родине составляют основу жизни.
Попросился в отставку прежний «главный пограничник». Герой Советского Союза генерал армии В. А. Матросов. 20 лет он возглавлял это направление, много сделал для совершенствования пограничной службы, человек большого личного мужества, знал границу как свои пять пальцев, заботливый командир, для которого в центре внимания всегда был солдат. В острейших ситуациях он никогда не терял самообладания, к решению проблем подходил со всех точек зрения, работалось с ним уверенно.
Коль уж я упомянул заместителей председателя КГБ, считаю нужным внести ясность в один вопрос, который длительное время будоражил не только нашу общественность, но вызывал интерес и за рубежом. Вспоминают о нем и сегодня, причем высказываются самые различные версии — от сфабрикованных и надуманных до близких к правде. Речь идет о судьбе бывшего первого заместителя председателя Комитета госбезопасности СССР С. К. Цвигуна.