Между боем в Филиппинском море и филиппинской кампанией американцы предприняли ряд операций у Западных Каролинских островов. Был проведен ряд рейдов авианосцев на острова Бонин-Сима, Минданао, Визайяс и другие. Американцы высадили десанты на острова Пелелиу и Ангауре. Общий урон, понесенный Японией, в основном, от действия корабельных самолетов, составил около 1000 самолетов и 130 различных судов. Результатом операции у Западных Каролинских островов стало приобретение передовой базы, имеющей первостепенное значение в предстоящей атаке на Филиппины, а именно — в их центральную часть. Японцы предполагали, что американцы готовят наступление, и, принимая ответные меры, разработали планы обороны. Эти планы получили наименование «Сё» и представляли «серию альтернатив», с помощью которых надеялись отразить любую угрозу со стороны американцев. В целом эти планы были достаточно просты и заключались в желании удержать линию обороны там, где она находится в текущий момент, используя для этого все наличные силы флота, авиации и армии.
Японцы не знали точно места главного удара американских сил и разработали несколько частных планов: «Сё-1» — оборона Филиппин, «Сё-2» — Тайваня, «Сё-3» — островов Кюсю, Сикоку, Хонсю и «Сё-4» — оборону Хоккайдо. Ради выполнения этих планов японское командование было готово пожертвовать даже всем флотом Адмирал Тоёда впоследствии заявил: «Поскольку без участия нашего Объединенного флота у сухопутных сил на Филиппинах не было вообще никаких шансов на отражение американских сил, решено было пойти на риск и послать весь флот. Если бы дела пошли хорошо, мы могли бы добиться неожиданно хороших результатов, но если бы случилось худшее, мы рисковали потерять весь свой флот… Если бы мы проиграли Филиппинскую операцию, а флот остался целым, морские пути были бы полностью отрезаны и флот… был бы лишен возможности получить необходимое ему топливо… Не было никакого смысла спасать флот за счет потери Филиппинских островов».
К моменту начала Филиппинской операции японский флот значительно уступал американскому и численно и качественно (особенно в авианосных кораблях) и не мог рассчитывать на благоприятный исход морского сражения. Единственно, что ему оставалось, это «израсходовать себя в самоубийственной атаке» и окупить свою гибель по возможности более высокой ценой. Это положение легло в основу плана «Сё-1» — японцы считали Филиппины наиболее вероятным местом высадки десанта и сосредоточили свои усилия на их обороне. Для этого они привлекли к операции все основные силы флота.
Японский флот состоял из ряда соединений, каждое из которых имело свою задачу. Первое ударное соединение под командованием вице–адмирала Курита считалось главным и предназначалось для решающего удара по американским десантным силам. Не имея в достаточном количестве палубных самолетов, а главное, подготовленных летчиков, японское командование надеялось мощными артиллерийскими кораблями решить эту задачу. Первое ударное соединение разделялось на Северное — под командованием непосредственно вице–адмирала Курита и Южное — под командованием вице–адмирала Нисимура. Северное соединение включало линкоры «Ямато», «Мусаси» и «Нагато», шесть тяжелых крейсеров, легкий крейсер и девять эсминцев (соединение «А»), а также линкоры «Конго», «Харуна», четыре тяжелых крейсера, легкий крейсер и шесть эсминцев (соединение «В»). Южное соединение включало линкоры «Фусо» и «Ямасиро», тяжелый крейсер «Могами» и четыре эсминца. Это соединение в ходе операции должно быть усилено двумя тяжелыми и одним легким крейсерами и семью эсминцами. Этим соединением командовал вице–адмирал Сима. К операции было привлечено также и Охранное соединение южного района — тяжелый крейсер «Аоба», легкий крейсер и пять эсминцев.
Ударное авианосное соединение под командованием вицеадмирала Озава имело специальное задание. Оно должно было отвлечь на себя основные авианосные и линейные силы американцев и заманить их как можно дальше на север с тем, чтобы максимально облегчить задачу соединению адмирала Курита. Впоследствии адмирал Озава так определил свою задачу в этом сражении: «Мы должны были быть потопленными…» Это соединение включало тяжелый авианосец «Дзуйкаку», три легких авианосца — «Дзуйхо», «Читосэ» и «Чиода», два линкора–авианосца, «Исэ» и «Хьюга», три легких крейсера, восемь эсминцев и корабли снабжения. На всех авианосцах было немногим более ста самолетов. Линкоры- авианосцы их вообще не имели. Квалификация японских летчиков не позволяла производить взлет–посадку с коротких палуб этих кораблей. (В истории Второй мировой войны нигде больше не было кораблей подобной конструкции. После поражения у Мидуэя японское командование приняло решение переоборудовать эти два корабля. На них оставили четыре башни, а на месте двух кормовых расположили полетную палубу. Эксперимент вышел неудачным, и корабли в качестве авианесущих так и не были использованы.)