В 1946 году начался второй период борьбы. К тому времени военная структура партизан стала полностью ясной, основные районы, направления дальнейшей централизации были по существу сформированы. На данный момент Тактика МГБ радикально изменилась: массовые военные действия были заменены более тонкими методами борьбы — растущей агентурной сетью, дающей возможность получать более точную оперативную информацию и использовать ее, засылая агентов в среду партизан (за весь период партизанской войны действовало около 50 000 агентов), пытаясь проникнуть в формирующееся высшее руководство. Были сформированы и использовались отряды агентов — забастовщиков (1 мая 1946 года майор. Алексей Соколов, специалист по этому провокационному методу, которому было поручено организовать центральную экспертную группу, прибыл в Литву; 16 августа такая группа приступила к работе, она состояла из 20 человек). Характер партизанской деятельности также изменился: она стала более конспиративной (была создана система бункеров и улучшена система связи), более локальной, предпринимались попытки избегать столкновений с армией. Решимость сражаться до конца стала доминирующей мотивацией партизан, осталось меньше случайных людей. Самым важным было сохранить в обществе дух сопротивления советизации. Для этого были задействованы все возможные меры — от подпольной прессы до активных действий против агентов, советских и партийных активистов.
Именно в этот период расцвело издание партизанской прессы — поистине уникальное явление, происходящее во время вооруженного сопротивления. В 1946-1947 годах во всех округах были созданы отделы информации, печати и информирования или информационно-пропагандистские отделы. Работа приобрела такой размах, что за весь период было выпущено почти 80 периодических изданий на более или менее продолжительные периоды тиражом от нескольких десятков до нескольких тысяч экземпляров. До 1949 года, когда LLKS начала выпускать свою официальную газету ’Prie rymancio Rupintojelio» («У скорбящего Христа»), наиболее интересной для читателя могла бы стать первая публикация LLA «Karines ir politines zinios» («Военные и политические новости»), а позже, «Laisves zvalgas» («Разведчик свободы»), выпущенная в Таурасском районе или «Laisves varpas» («Колокол свободы») из Кестутисского района (появилось больше всего, даже 176 выпусков). Становящееся очевидным расширение прессы в 1946 году позже получило официальную оценку в документах LLKS — подпольная пресса стала одним из важнейших способов борьбы.
По подпольной прессе 1946-1947 годов легко проследить зарождающуюся более жесткую позицию по отношению к стрибаю и коллаборационистам. Тон стал заметно резче — появились мотивы наказания и мести. По всей Литве шли активные бои — как с одной, так и с другой стороны. Это оценивалось как военная ситуация. В 1949 году руководство партизан заявило, что «Литва находится в состоянии войны с 15 июня 1940 года», в то время как, с другой стороны, советское правительство относилось к солдатам советской армии, сражавшимся против литовских партизан до 31 декабря 1951 года, так же, как к участникам Великой Отечественной войны.
Действия, совершенные в отношении коллаборационистов, являются, пожалуй, наиболее противоречиво оцениваемой проблемой партизанской войны. Вряд ли можно утверждать, что все смертные приговоры всегда приводились в исполнение правильно и обоснованно. Согласно официальным советским данным, партизаны убили 1000 советских солдат, 500 работников МВД и МГБ, 1300 стрижей, 2300 советских активистов и 9300 мирных жителей. Зная советскую статистическую тенденцию корректировать потери, к этим цифрам следует относиться критически. По другим данным, партизаны убили менее 4 тысяч мирных жителей. Но пока на вопросы о том, сколько из этих людей были агентами МГБ, сколько были вооружены или сколько стали жертвами провокаций МГБ или забастовщиков агентов, ответов нет.
Жертвы партизан подняли определенную политическую проблему. Только в 1959-1960 годах советская пропаганда, исходя из количества убитых мирных жителей, опубликовала 452 статьи и документальных очерка в литовской прессе, организовала 30 радиопрограмм (шесть из них для заграницы), создала два кинорепортажа и пять киножурналов, начала издавать пропагандистские книги, в которых каждый день так или иначе формировался образ партизан как «бандитов-убийц». То, что к этой работе отнеслись серьезно, также показывает тот факт, что в