В апреле 1959 года был создан специальный комитет, в состав которого вошли сотрудники КГБ (первоначально только из центрального штаба, позже также из регионов), которым помогали сотрудники Института истории партии при ЦК КПК. Еще в 1990 году КГБ подготовил альтернативную публикацию о «националистическом подполье и его преступлениях». Советская пропаганда сформировала определенный историографический тренд, когда, балансируя на грани лжи, была предпринята попытка сделать убийства мирных жителей партизанами главной проблемой вооруженного сопротивления.
Третий период сопротивления в 1949-1953 годах в основном связан с формированием LLKS и его деятельностью, которая была значительно осложнена крупнейшими депортациями, проведенными в 1948 и 1949 годах с целью окончательного устранения препятствий на пути коллективизации и подавления сопротивления партизан путем уничтожения базы их поддержки. Таким образом были официально сформулированы цели этих депортаций. 1949 год стал годом определенного перелома: с одной стороны, была создана мощная партизанская организация, объединившая все патриотические силы Литвы, а с другой стороны, началось особенно систематическое разрушение структур партизан с использованием групп агентов-забастовщиков. По мере ослабления сопротивления конструкция его организованных структур и тактика его действий были скорректированы.
Проблемы Главного командования
Проблема главного командования сопротивления стояла остро почти с 1944 года, когда начали формироваться первые крупные партизанские отряды. Первоначально (в 1944-1945 годах) формируемые центры, которые в основном были созданы бывшими активистами антинацистского сопротивления в городах, стремились возглавить вооруженное и невооруженное сопротивление. В 1944-1945 годах таких центров было много — Lietuvos gynimo komitetas (Комитет обороны Литвы, LGK), Lietuvos islaisvinimo taryba (Совет освобождения Литвы), Lietuvos gynimo sajunga (Союз обороны Литвы), Lietuvos tautine taryba (National Council of Lithuania), Lietuvos islaisvinimo komitetas (Liberation Committee of Lithuania), etc. Некоторые из них намеревались взять на себя командование вооруженным сопротивлением, в то время как другие просто хотели быть на связи, помогать по мере необходимости и возможностей, но не имели прямых притязаний возглавить партизан.
В 1945 году в Южной Литве были сформированы первые партизанские округа. Важную роль сыграли офицеры — Витаутас Бацевичюс, Леонас Таунис, Юозас Виткус и другие, которые взяли на себя ответственность не только за организацию воинских частей, но и за формулирование и реализацию идей централизации и совместного руководства. 16 сентября в доме священника деревни Скардупяй в районе Мариямполе по инициативе священника Антанаса Юлиуса состоялось первое собрание Lietuvos islaisvinimo komitetas (Комитет освобождения Литвы,,,).LIK) состоялось заседание, на котором было решено создать «комитет освобождения всей Литвы, в который войдут все районы Каунаса, Жемайтия и весь Вильнюсский край. Это было бы политическим фактором, который мог бы говорить от имени всей Литвы. Необходимо также создать генеральный штаб для всей Литвы, к которому принадлежали бы все лесные группы, которые стремились бы к единой цели». Учредительное собрание было назначено на 11 ноября 1945 года. В то время округ Таурас уже был создан (15 августа 1945 г., командующий капитан. Леонас Таунис (псевдоним Ковас)) из Сувалкии. Процесс централизации быстро развивался в регионе Дзукия (до конца 1945 года там были созданы два крупных подразделения — Дзукайская бригада и округ А.). После восстановления отношений Дайнавский район, которым командовал Домининкас Йечис (псевдоним Ажуолис), был образован 15 мая 1946 года на базе Таурасского и Дайнавского, партизанского района Южной Литвы (PLP) под командованием лейтенанта. Полковник. Юозас Виткус (псевдоним Казимерайтис), бывший командующий военным округом А. Процесс объединения был ускорен надеждой установить связи с активистами и организациями, которые оказались на Западе. 28 ноября 1945 года у Казимерайтиса состоялась его первая встреча с Йонасом Декснисом и Клеменсасом Брунюсом, которые нелегально прибыли в Литву и представились представителями Вриаусиасис Летувос ишлайсвинимо комитетас, VLIK (Высший комитет освобождения Литвы). Они обменялись информацией о ситуации в Литве и за рубежом и обсудили вопросы тактики ведения боевых действий и руководства. Это зафиксировано в совместной декларации, подписанной Казимиерайтисом. Этот документ важен как с точки зрения процесса централизации партизанского сопротивления в Литве, так и с точки зрения его отношений с Западом и организациями диаспоры. Первый визит эмиссаров с Запада носил разведывательно-познавательный характер, поскольку на Западе практически ничего не было известно о том, что происходило в Литве.