Когда возникли серьезные подозрения и партизаны под влиянием Эрелиса отступили из Вильнюса, было решено, тем не менее, встретиться и обсудить создание главного руководства. 15-17 января 1947 года в бункере начальника штаба Таурасского района Альфонсаса Вабаласа (псевдоним Гедиминас) в деревне Пилвишкяй раньше запланированного состоялось совещание, на котором присутствовали командиры Таурасского района, а также представитель района Юргис Крикщюнас (псевдоним Римвидас) и Юнгтине Кестучио представитель района Альгимантас Заскявичюс (alias Salna). Районы были представлены очень слабо — ни один представитель из Восточной Литвы не участвовал. Тем не менее, руководящие принципы были сформулированы — несмотря на неудачи продолжать начатую работу по централизации и созданию главного руководства, сформировать руководство из командиров вооруженных партизан по принципу представительства, постараться, насколько это возможно, сохранить отношения с Западом.
После этой встречи начались обсуждения, в которых наиболее активно участвовали командиры округов Таурас и Юнгтине Кестучио. Поскольку организовывать прямые встречи было не только опасно, но и сложно, обсуждение продолжалось с помощью писем, на доставку которых иногда уходило больше месяца. 18 ноября 1947 года районы Таурас и Дайнава обсудили и утвердили схему руководства БДПС и иерархического подчинения. Оно было разослано командующим округами для утверждения.
Командиры округа Таурас хотели сохранить хрупкие отношения с Западом. Для этого необходимо было определить руководство, которое могло бы выступать от имени вооруженного подполья. Только так можно объяснить инициативу Антанаса Балтусиса (псевдоним Жвейс) уже весной 1947 года создать президиум БДПС (несмотря на опасность провокаций МГБ, название организации, известное на Западе, было сохранено), в который вошли бы лица, проживающие на законных основаниях. Таким образом Балтусис стремился заполнить нишу политического представительства — предполагалось, что президиум имел право действовать как настоящее правительство, то есть утверждать посланников, принимать законы, готовить планы на будущее и так далее. Проблема председателя президиума все еще была актуальна, потому что не было найдено кандидата от людей, живущих легально. Реально, до октября-ноября 1947 года, когда были арестованы члены президиума БДПС, функции президиума БДПС ограничивались поддержанием связей с руководством Таурасского района и поставкой информации в подпольную прессу. Вероятно, наиболее значительным результатом его деятельности стала подготовка двух документов — Меморандума в ООН и Письма римско-католической Республики Святому Отцу Пию XII в Ватикан, которые были написаны священником Юозасом Станкунасом и доставлены на Запад Юозасом Лукшей и Казимиерасом Пиплисом.
Балтусис также создал военное руководство. 1 сентября 1947 года председатель президиума БДПС издал приказ № 22, устанавливающий структуру шести округов (фактически на тот момент уже было сформировано восемь округов). Предполагалось, что штаб БДПС, который будет находиться под контролем ВГПШ и командира последнего (он также будет контролировать политическую деятельность БДПС), будет отвечать за районы. Однако военный совет, состоящий из командующих округами, должен был стать высшим органом — он мог бы менять состав как БДП, так и ВГПШ.
Ситуация в Восточной Литве была специфической с самого начала: сильные традиции LLA, роль десантников, предпринимались активные шаги и не было недостатка в руководящих кадрах. Вот почему МГБ направило свои удары именно в этот регион. Маркулис (псевдоним Эрелис) пришел на арену с хорошими рекомендациями от командиров Восточной Литвы (благодаря своим старым связям в LLA, членом которой он был). Только благодаря случайности разрушительная деятельность не распространилась на всю структуру литовского подполья, но непоправимый ущерб был нанесен Восточной Литве. РайонДиджойи-Кова в то время полностью контролировался МГБ, потому что после ареста Йонаса Мисюнаса (псевдоним Желясиса Велняса) в августе 1946 года Грижтас в то время полностью взял руководство на себя. Модель разрушения этого района показывает, как планировалось уничтожить все метро. Партизаны района Диджойи-Кова получили приказ о демобилизации, все еще подписанный Жалясисом Велнясом. Новый командующий округом капитан. Грижтас, утверждая, что важно беречь силы, сумел убедить многих активных партизан взять предложенные фиктивные документы и жить легально. Некоторых партизан, покинувших леса, эксплуатировали без их ведома, но когда «оперативный интерес» был утрачен, они были арестованы.