Командиры округа Юнгтине Кестучио продолжили активные обсуждения с командирами региона Южная Литва относительно перипетий создания главного командования. С октября 1947 по январь 1948 года переписка с Жвейсом была наиболее активной. Затем разногласия приобрели совершенно четкие контуры. Жвейс предложил сформировать главное командование как монолитный центр, делегировав по два представителя от каждого округа. Они регулярно посещали совещания для решения как стратегических, так и тактических вопросов. В перерывах между совещаниями главнокомандующий вооруженными силами и председатель президиума БДПС должны были решать все текущие вопросы. Все это должно было быть сосредоточено в одном месте. По словам Жемайтиса, президиум БДПС должен был быть разделен на две части, которые должны были располагаться в разных местах: политическое руководство должно было базироваться на Юге Литвы (это могло быть актуально в отношении отношений с Западом), в то время как военное руководство должно было быть передано набирающей силу стране.Jungtine Kestucio district.
В регионе Южной Литвы тоже были проблемы. Тот факт, что Жвейс координировал формирование главного командования, в то время как лидер Дайнавского района Домининкас Йечис (псевдоним Ажуолис) исполнял обязанности главы региона, свидетельствует об определенных разногласиях. Ажуолис, подозревая в провокации МГБ, держался более дистанцированно от деятельности вильнюсского «центра» — от организованного Маркулисом, — организации президиума БДПС. После того, как руководство Таурасского района раскрыло провокацию МГБ, создание главного командования, естественно, стало их прерогативой.
В марте 1947 года Ажуолис и Жвейс встретились в сосновом лесу Пуния, где договорились о возобновлении деятельности партизан Южной Литвы. Кроме того, они договорились совместно отправить представителей на Запад. Только поездка эмиссаров на Запад былаr
успешно реализована. Вероятно, из-за неадекватных усилий встреча нового командующего Дайнавского района Адольфаса Раманаускаса (псевдоним Ванагас) с Жвейсом не была организована — партизаны Дайнавы районы были отрезаны, они не получали информацию, которая должна была дойти до них через Таурасский район, и информация о них не дошла до других регионов. Ситуация начала меняться в феврале 1948 года после гибели командующего Таурасским округом Жвейса, и район был ослаблен проблемами руководства и организации. Затем инициатива переместилась в Западную Литву, а центр Южной Литвы вернулся в Дайнавский район. 20 октября 1948 года на собрании представителей Таурасского и Дайнавского районов было решено назначить Дайнава командир Адольфас Раманаускас, как временный глава региона Южной Литвы и создать «для всех регионов объединенного главного командования Литвы». После ознакомления с документами, полученными из Западной Литвы, Раманаускас решил отправиться туда и принять непосредственное участие в работе по формированию руководства. В последние дни 1948 года Ванагас в сопровождении командующего Таурасским округом Александраса Грибинаса (псевдоним Фаустас) прибыл в Западную Литву. После инспекционных процедур, 10 февраля 1949 года, они участвовали во встречах с представителями Западной и Восточной Литвы.Самым важным документом, дошедшим до Южных и восточных регионов Литвы, был приказ № 1 от 10 июля 1948 года, подписанный командующим Юринским краем Я. Жемайтисом (псевдоним Витаутас), который провозгласил создание Объединенной организации ВЛКСО «Виенингос лайсвес ковос саюдзио» (Организация объединенного движения борьбы за свободу) — Витаутас стал лидером организации, а командиры регионов стали его заместителями.
В ноябре 1948 года представители Восточной Литвы Я. Кимштас (псевдоним Жальгирис) и Юозас Шибайла (псевдоним Мерайнис) прибыли в лес Дукто, где были установлены центральные бункеры. В течение нескольких месяцев представители Восточного и Западного регионов, по сути, подводя итоги почти пятилетней работы, учредили Верховное командование партизан. На заседании президиума БДПС 12 ноября командующие Восточными и западными регионами на самом высоком уровне подтвердили протоколом, что верховное командование подпольем было восстановлено. Желая подчеркнуть факт восстановления, а не учреждения, в протоколе было указано, что название BDPS, его устав и организационная схема подполья (с поправками командующих округами Таурас и Дайнава ) были сохранены. В состав президиума БДПС были внесены некоторые исправления: политический сектор был заменен общественной секцией, в президиум была добавлена должность секретаря, а также было объявлено, что VGPS было восстановлено — организация движения «Объединенная борьба за свободу» была названа Вооруженными силами, и было решено, что приказы будут отдаваться через региональный штаб, состоящий из двух должностных лиц.