Русскоязычный персонал в Литве впервые начал постепенно заменяться литовцами в репрессивных структурах. 10 апреля 1953 года Йонас Вильджюнас, литовец, был назначен министром безопасности вместо россиянина Петра Кондакова, а его заместителями стали партийный деятель Казимерас Ляудис и агент службы безопасности Альфонсас Гайлевичюс. Все они были коммунистами и инициаторами репрессий. Назначая новых «руководителей реорганизованного МВД по всему СССР», Берия надеялся заменить также глав республик, пришедших к власти в эпоху Сталина, людьми, послушными ему и пользующимися их поддержкой, чтобы укрепиться в Кремле. Он обвинил членов партии Сталина в неспособности управлять и в незаконных репрессиях. Первый секретарь ЦК ЛКП Снечкус был одним из них.
Берия первоначально выбрал для своего политического эксперимента Литву и Украину — страны, в которых в послевоенные годы существовалаактивная оппозиция советскому режиму, наибольшее количество людей (в процентном отношении) пострадало от политических репрессий и террора и где стремление к свободе было устойчивым. По его мнению, возникшая здесь противоречивая политическая обстановка должна была создать условия для замены старых членов партии — исполнителей репрессий — руками этих самых коммунистов. Подпольная оппозиция и вся общественность в целом должны были приветствовать новый курс и в то же время оказать давление на находящихся у власти коммунистов с целью проведения реформ.
Берия потребовал от МГБ ЛССР подробных отчетов и объективного анализа подавления партизан. Он начал искать улики против Снечкуса, желая обвинить его в игнорировании национальной политики и слишком жестких репрессиях, которые только усилили сопротивление советскому правительству. Без ведома Снечкуса Берия готовил заявление для Президиума ЦК КПСС о неудовлетворительной ситуации в Литве. Он также тайно отправил в Литву своего помощника генерал-лейтенанта Николая Сазыкина, собранная информация которого позже стала одной из важнейших улик против лидеров Литвы и Украины.
5 и 16 мая 1953 г. Берия направил в Президиум ЦК КПСС два письма, касающихся недостатков в деятельности бывших министерств государственной безопасности Литвы и Украины по борьбе с подпольем. 20 мая Президиум ЦК КПСС официально обвинил руководство Литовской ССР в том, что оно выдвигало русских на высшие должности в республике, в результате чего «было трудно сблизиться с народом и распространялись антирусские и антисоветские настроения». 26 мая ЦК КПСС принял постановление «О проблемах Литовской ССР. Ошибки национальной политики ЛКП» (хотя у ЛКП не было и не могло быть никакой собственной политики) были описаны как одна из наиболее важных причин, препятствующих распаду «буржуазно-националистического» подполья. Против Снечкуса были выдвинуты следующие обвинения: незнание «ленинско-сталинской национальной политики», неспособность справиться с партизанами, отсутствие контроля над ситуацией и отсутствие реальной власти, которая принадлежала президенту подполья Йонасу Жемайтису. Из-за халатности LCP CC и Совет министров ЛССР, ситуация в Литве якобы была настолько плохой, что существовала реальная угроза советской системе. Согласно постановлению ЦК КПСС, руководство ЛССР не доверяло местному литовскому персоналу и, следовательно, отчуждало население. Следовательно, крестьяне были недовольны колхозами, национальные организации все еще действовали, а в школах ощущалось влияние католической церкви и «националистического» подполья. Вместо распространения антирелигиозной пропаганды руководство ЛССР надеялась сломить католическое духовенство репрессиями. Возможно, самой большой критикой был тот факт, что так называемое буржуазно-националистическое подполье не было уничтожено в Литве и имело большую поддержку со стороны населения. Руководство ЛССР дало указание органам государственной безопасности уничтожить подполье, и это было сделано путем массовых репрессий и военных операций. Было признано, что многие люди были арестованы, заключены в тюрьму и депортированы на основании незначительных материалов или без какой-либо причины. Ситуация в Литве во многих отношениях впервые была оценена вполне реалистично.