19 июля 1953 года простой одноцветный флаг Литовской ССР был заменен новым трехцветным (красный, белый, зеленый) флагом, который должен был символизировать «суверенитет Советской Литвы» в составе СССР. Советский Союз приступил к реализации нового политического курса. В 1956 году Коммунистическая партия осудила Иосифа Сталина, но не сталинизм — марксистско-ленинскую идеологию, основанную на принуждении и обмане, а также на тоталитарном управлении государством и обществом. Самое главное, что либерализация сталинского режима не затронула основ коммунистической системы. Партия, поддерживаемая репрессивными структурами, оставалась доминирующей силой в обществе. Однако после смерти Сталина во внутренней и внешней политике СССР произошли заметные изменения. Политика террора, геноцид народов или целых социальных слоев или групп, депортации и другие массовые репрессии были прекращены, кампании по разжиганию политической подозрительности были прекращены, своеволие репрессивных структур уменьшилось, хотя природа тоталитарного государства и его важнейшая черта — бесправие — осталось: права и свободы человека продолжали серьезно нарушаться, и жизнь каждого гражданина, даже рядового коммуниста, почти всегда зависела от воли партии или другого бюрократического учреждения (также контролируемого партией) или их лидеров. Советская политическая система была вне критики: в период с 1958 по 1966 год в СССР было осуждено 3448 человек «за антисоветскую агитацию и пропаганду». В поисках справедливости люди обычно обращались не в суд, а в партком, там некоторые из них получали заступничество.
Выполняя положения коммунистического режима, администрация ЛССР должна была гарантировать стабильность общественно-политической жизни Литвы. После подавления активного сопротивления народов оккупационному режиму с помощью террора, репрессий и депортаций повсеместное господство коммунистической идеологии должно было обеспечить политическую лояльность населения к системе; она царила во всех сферах жизни, от экономики до искусства, и была единственно законной. Все другие идеи, идеологии и мировоззрения были неприемлемы и запрещены.
Тем не менее, после 1953 года Литва сильно изменилась. Поскольку вооруженное сопротивление было сломлено и люди потеряли надежду на получение помощи с Запада, моральное осуждение коллаборационизма во время длительной советской оккупации было замалчиваемо. После 1953 года подполье все еще существовало, появлялись диссиденты, но с ослаблением террора теперь был выбор между тюремным заключением и конформизмом. Немногие выбирали тюремное заключение, поэтому конформизм был широко распространен. Однако в послесталинские годы, вплоть до возрождения Литвы в 1988 году, коллаборационизм как политическое и моральное явление отличался от такового в годы прежней деятельности вооруженного сопротивления (1944-1953). Тогда, перед лицом всеобщего национального сопротивления и вооруженной борьбы, было ясно, кто есть кто. Не только высшие руководители ЛССР в Литве, но и рядовые коммунисты, стрибай, и другие должностные лица (также беспартийные) были осуждены нацией за сотрудничество с оккупационными властями, и иногда вооруженное подполье приводило в исполнение смертные приговоры военных судов.
После того, как политический режим стал более умеренным, в структурах советского правительства и коммунистической партии появлялось все больше литовцев, готовых сотрудничать с советским режимом не по идеологическим соображениям, а из-за возможностей карьерного роста и прагматических соображений. Профессиональная карьера все чаще ассоциировалась с работой на правительство. Содержание коллаборационизма лидеров ЛССР также изменилось — они стали уделять больше внимания интересам Литвы как области своего управления.
Изменившиеся политические условия позволили лидерам ЛССР выразить свои взгляды в Москве по некоторым вопросам, имеющим отношение к Литве. В сталинский период этого не было. Политически они всегда верно служили своим кремлевским хозяевам и не видели ни своего собственного будущего, ни будущего Литвы без Советской империи. На протяжении всего периода советской оккупации Литва была политически наиболее проблемной республикой; поэтому Москва высоко ценила способность администрации ЛССР подавлять собственный народ. Руководству ЛССР удалось доказать Кремлю, что постоянное неповиновение литовцев Москве было не неспособностью руководства ЛССР управлять, а скорее возложенной на них миссией тяжелой работы, которую коммунисты будут самоотверженно выполнять до конца.