Заявления и выводы, содержащиеся в решении ЦК КПСС, были неожиданными для активистов ЛССР и сильно напугали их. Как выяснилось позже, они с ними не согласились, но, соблюдая требования политической конъюнктуры, на пленуме ЦК ЛКП 11-13 июня 1953 года признали, что постановление ЦК КПСС «совершенно правильно оценивало политическую ситуацию Литовской ССР». Снечкус одобрил новый политический курс — расширение использования литовского языка и выдвижение литовцев на руководящие должности, особенно в структурах МВД, но не восхвалял и даже не упоминал имя Берии. Впервые лидеры ЛССР открыто заговорили о проблемах литовского языка и косвенно признали русификацию, проводимую в послевоенные годы в Литве, заявив, что литовцы вообще почти не участвовали в ликвидации подполья, потому что эту «работу выполняли» почти исключительно этнические русские. Июньский пленум принял довольно радикальный декрет. От партийных организаций потребовали оперативно устранить перекосы в национальной политике и в ближайшем будущем подготовить и назначить литовских сотрудников на руководящие должности. Делопроизводство в учреждениях должно было вестись на литовском языке, и литовский язык должен был использоваться на наиболее важных собраниях партии и государственных учреждений, массовых мероприятиях, лекциях и собраниях. Поскольку никто на пленуме не поднял вопрос о политическом недоверии к Снечкусу или другим лидерам ЛССР Литвы или об их личной ответственности за деятельность LCPIB] в период с 1944 по 1953 год, они сохранили свои должности. Такие результаты пленума не могли полностью удовлетворить Берию, но время для более радикальных действий еще не пришло. В то же время Берия стремился заручиться большей поддержкой в Москве, Украине и Белоруссии.
Высшие чины администрации ЛССР быстро стали более литовскими. Владас Нюнка заменил второго секретаря ЦК ЛКП В. Аронова, Мотиеюс Сумаускас заменил первого заместителя председателя Совета Министров ЛССР В. Писарева, а Йонас Лауринайтис заменил другого заместителя председателя Алексея Соколова. Бюро ЦК КПК, важнейшее учреждение оккупационной администрации ЛССР, по сути, стало литовским. (В то время В. Круминис заменил русского второго секретаря ЦК КП Латвии В. Ершов и украинец Алексей Кириченко заменили русского первого секретаря ЦК КП Украины Л. Мельникова).
В отчете от 19 июня 1953 года и других отчетах министра МВД ЛССР Йонаса Вильджюнаса Снечкусу, которые были представлены, были приведены сотни примеров того, как люди открыто приветствовали предстоящие изменения............................. Основное внимание уделялось принудительному отъезду русских из Литвы и будущей ликвидации колхозов. Летом 1953 года началась принудительная высылка русскоязычного руководящего персонала, приехавшего в Литву после войны. До ноября 1953 года Литву покинуло более 3000 русскоязычных людей, из них 1133 были сотрудниками репрессивных структур, 269 партийных работников и 793 чиновника министерств и других ведомств. Конечно, это была лишь малая часть из 130 000 русскоязычных поселенцев, приехавших в Литву после войны. Они не хотели покидать Литву и спрашивали, почему их выгоняют отсюда, и не является ли Литва больше республикой СССР. Более того, весной 1953 года были упразднены регионы и некоторые министерства, в результате чего около 6000 человек потеряли работу. Трудоустроить их всех было невозможно, поэтому они составляли четверть тех, кто покинул Литву.
В то время Берия все еще мог вести довольно тонкую игру и использовать подпольную деятельность Литвы в своих интересах. 23 июня 1953 года арестованный лидер литовских партизан генерал Йонас Жемайтис был доставлен самолетом в Москву. Фи привлекал много внимания в тюрьме на Лубянке. 25 июня он встретился с Берией, Беседа длилась час, но ее содержание неизвестно. Считается, что Берия мог предложить Литве более широкую автономию, признать руководство подполья и вывести русскоязычных поселенцев, что уже началось.
В то время в Кремле назревал заговор. Маленков, поощряемый Хрущевым, поддержал арест Берии. 26 июня 1953 года Берия был арестован на заседании Президиума ЦК КПСС. Хрущев и Маленков поднялись на вершину советского руководства, хотя политическое влияние Маленкова без поддержки Берии вскоре начало снижаться.
2 июля 1953 года во время визита в Москву Снечкус горячо приветствовал смещение Берии на пленуме ЦК КПСС. Пленум принял постановление «О преступной антипартийной и антигосударственной деятельности Берии». В нем говорилось, что Берия пытался захватить верховную власть в стране и совершить контрреволюционный переворот. Его тайно судили и обвинили в том, что он «агент буржуазных националистов и международного империализма», но не организатор геноцида и палач невинных людей. 23 декабря 1953 года Берия был казнен.