Трансляции западных радиостанций и незаконных организаций повлияли на эти открытые нападки на правительство. В 1955-1958 годах литовский КГБ выявил 61 незаконную организацию, в деятельности которой участвовали 303 человека, в основном молодежь. В 1956-1958 годах за антисоветскую деятельность было арестовано и осуждено 226 человек. В 1956-1957 годах КГБ ЛССР зарегистрировал 126 случаев распространения антисоветских листовок, 419 анонимных антисоветских писем и десятки тайных поднятий трехцветных флагов. В 1956 году в Каунасе КГБ раскрыл подпольную группу под названием «Железный волк», возглавляемую Альгирдасом Лио-рентасом. В 1957 году в Вильнюсе КГБ раскрыл антисоветскую группировку «Национальный народный фронт» (члены Витаутас Лаугалис, Антанас Терлецкас, Стасис Стунгурис и другие). Аналогичные группы действовали в высших и средних учебных заведениях («Борьба за свободу Литвы», «Дорога к свободе», «Колокол свободы», «Братья свободы» и другие). В 1954-1960 годах в Литве было сформировано и действовало 108 организаций и групп, насчитывающих около 700 членов. Такие молодежные организации создавали предпосылки для более широкого недовольства людей, формировали тот слой людей, который активно участвовал в сопротивлении в 1960-х и 1970-х годах.
В 1961 году КГБ раскрыл незаконную организацию «Свободная Литва» (основана в 1958 году и возглавляется Владасом Шакалисом), в которой было 14 членов, и несколько тайных организаций учащихся средних школ в Вильнюсе и Каунасе. У организаций была одна цель — добиваться освобождения Литвы всеми возможными средствами. В 1961 году во многих местах Литвы во время праздников были сорваны государственные флаги СССР и ЛССР, в общественных местах были написаны антисоветские лозунги. Позже количество антисоветских акций уменьшилось, хотя с 1966 года их количество снова увеличилось. По данным генерала КГБ Хенрикаса Вайгаускаса, «число лиц, осужденных за антисоветскую агитацию и пропаганду в 1960-1965 годах, было в три раза меньше по сравнению с предыдущим пятилетним периодом».
Принимая во внимание все просьбы лидеров ЛКП, руководство СССР в конце 1956 года разрешило КГБ ЛССР нанять больше людей (дополнительный штат включал 50 офицеров, 21 сержанта и 41 другого сотрудника). В 1961 году управления КГБ были созданы в 16 районах Литвы, в которых они были упразднены в 1953 году.
Интеллигенция Литвы, студенты (литовские писатели, преподаватели и студенты Вильнюсского университета, Каунасского политехнического и медицинского институтов), другие жители Литвы выразили свое глубокое недовольство политическим режимом, особенно состоянием национальных отношений. Было требование сделать государственные учреждения более литовскими, вернуть старые названия улиц (особенно тем улицам, которые назывались именем Сталина). В Вильнюсе был проведен сбор подписей за возвращение улице Гедиминаса названия и установку памятника Гедиминасу. Увеличилось количество бытовых национальных конфликтов, особенно в Вильнюсе. Русскоговорящий, которому задавали вопрос на литовском, довольно часто отвечал «Говорите на человеческом языке». Это было оскорблением национального достоинства Литвы. В целом, патриотические, антисоветские и антироссийские положения выражались многими способами. Враждебные настроения проявлялись во время спортивных мероприятий, песенных фестивалей и других массовых мероприятий. Например, 21 июля 1960 года на боксерском матче в «Жальгирисе» Стадион в Каунасе, на котором присутствовало около 10 000 человек, зрители столкнулись с милицией, в ходе конфликта автомобиль милиции был забросан камнями, перевернут и подожжен, трое сотрудников милиции получили ранения, а люди скандировали антироссийские лозунги. Милиция открыла огонь по толпе. Один человек был убит и четыре человека получили ранения. Это событие привлекло внимание КГБ ЛССР, агенты которого сообщили об антисоветских выступлениях. Например, один житель Каунаса сказал, что в следующий раз кирпичи будут бросать не только в милицию, но и в русских.
Подобные публичные проявления гражданского неповиновения и политического протеста в городах Литвы стали новой антисоветской формой борьбы, они повторялись до конца советской оккупации. Не сила оружия, а смелые заявления людей и гражданское неповиновение показали, что литовский народ не смирился с существующей ситуацией.
Придание аппарату Коммунистической партии и государственной администрации более литовского характера