Коммунистическое руководство ЛССР приняло дополнительные меры против возвращающихся заключенных. 16 ноября и 6 декабря 1956 года Снечкус обратился в ЦК КПСС с просьбой запретить бывшим партизанам и подпольщикам селиться в Литве и на соседних территориях. Он выразил сожаление по поводу того, что 8000 человек уже «произвольно вернулись в Литву». Снечкус, председатель КГБ ЛССР Казимерас Ляудис и секретарь ЦК ЛКП.Владас Нюнка несколько раз говорил в Москве о «незаконном» возвращении амнистированных лиц, пытался напугать Кремль перспективой новых вооруженных действий подполья и просил усилить аппарат КГБ в Литве. Москва не возражала, и 21 января 1957 года председатель Президиума Верховного Совета ЛССР подписал указ, запрещающий бывшим главам литовского правительства и политических партий, а также партизанам, осужденным за сопротивление советскому правительству, возвращаться в Литву................... Для нарушителей было предусмотрено пять лет депортации. Указ лишь несколько замедлил возвращение бывших заключенных, но количество литовцев в Латвии и Калининградской области увеличилось. предложил перенести срок действия указа Палецкиса в прошлое и организовать новую депортацию вернувшихся бывших политзаключенных (он назвал это «административным выдворением»).,, Такая акция затронула бы десятки тысяч людей и могла бы спровоцировать новую волну сопротивления. Оно не было одобрено, и предложение Гайлевичюса было отклонено. Люди, пережившие советские тюрьмы и трудовые лагеря, были превращены у себя на родине в третьеразрядных людей.
Особенно пострадали те, кто не мог самостоятельно зарабатывать на жизнь. Бывшие полицейские, прокуроры, следователи, министры, официальные лица независимой Литвы и другие люди, которые верно служили своему государству, остались без пенсий. Не имея средств к существованию, собственности, работы или места жительства и постоянно подвергаясь преследованиям со стороны агентов службы безопасности, они часто были вынуждены покидать Литву.
В 1941-1952 годах из Литвы было депортировано 132 000 человек. На 1 января 1953 года в местах депортации оставалось 98 000 человек. Хотя от практики депортаций отказались после смерти Сталина, в 1954-1955 годах депортированные освобождались очень медленно, особенно жители Прибалтики. Привилегия свободы была впервые предоставлена депортированным из России. В 1953 году начальник депортационного управления МВД В. Алидин предложила министру внутренних дел Сергею Круглову освободить депортированных женщин, «если их мужья — русские или представители других недепортированных наций». Литовцы были из «депортированных наций». Когда генеральный прокурор Советского Союза Роман Руденко и министр внутренних дел Круглов планировали освободить от депортации лиц старше 55-60 лет, неизлечимо больных и инвалидов, литовцам и западным украинцам пришлось остаться в депортации — ради «безопасности общества».
В 1954 году Совет министров ССР Литвы получил право пересматривать дела депортированных. Депортированные были нежелательны в Литве. В 1954 году было освобождено 735 человек (из них 510 — по решению Совета министров ЛССР ), в 1955 году было освобождено 1779 человек (из них 1147 — по решению Совета министров ЛССР), а в 1956 году было освобождено 15 879 литовцев................... Однако 17 сентября, 24 ноября 1955 года и 12 марта 1956 года Президиум Верховного Совета СССР принял решения, разрешающие большинству репрессированных советских людей вернуться домой. Люди, все еще находящиеся в депортации, были разделены на пять групп («бандиты и националисты», «члены семей бандитов и националистов», «сторонники бандитов», «члены семей сторонников бандитов» и «кулацкие националисты и их семьи») и практически не были освобождены. Их дела были официально рассмотрены, а апелляции отклонены. Процент литовцев в ГУЛАГЕ быстро рос. В 1953 году литовцы составляли всего 3,5% всех советских депортированных, в то время как на 1 июля 1957 года они составляли уже 29%, то есть каждый третий депортированный был литовцем. На 1 июля 1957 года 54 866 взрослых литовцев все еще находились в состоянии депортации.