Десталинизация также повлияла на отношения между лидерами СССР и республик. В начале 1960-х годов из-за различных экономических проблем и различных подходов к их решению между Москвой и Вильнюсом возникли определенные трения, имевшие политический подтекст. За короткий период существования КПЭ ЛССР (1957-1964) администрация ЛССР, получив небольшую реальную власть, начала осознавать свои возможности и интересы. Снечкус умел скрывать свое неодобрение некоторых решений Хрущева в Москве, но Шумаускас выразил свои мысли гораздо более открыто. Ближе к концу правления Хрущева Снечкус стал более открыто говорить о неправильных «рекомендациях сверху», то есть из Москвы, и сознательно саботировал требования Кремля по сокращению поголовья скота и площади пастбищ, принадлежащих сельскому населению, не стал отбирать у крестьян землю, выделенную им в личное пользование, не одобрял «кукурузоманию» и т.д.
Хотя у Москвы были возражения по поводу экономических и культурных проблем Литвы, однако с точки зрения политики Снечкус и все руководство ЛССР были лояльны Москве, запрещали любые, даже малейшие политические инициативы (например, вернуть проспекту Ленина в Вильнюсе прежнее название Гедиминас) и использовали методы репрессий (тюремное заключение) против любых общественных настроений, враждебных правящему режиму. Несмотря на то, что Литва создавала много политических проблем для Москвы, Кремль высоко ценил ее Снечкусу и его подданным за их усилия по укреплению коммунистического режима. Ни в эпоху Хрущева, ни позже в Литве не проводилось «чисток» партийных кадров, вдохновленных политическими мотивами — это была одна из самых высоких оценок заслуг литовских коммунистов перед Москвой.
Возвращение политических заключенных и депортированных
Провозглашая политику «мирного сосуществования» с «капиталистическим» миром, Никита Хрущев утверждал, что СССР отказался от политических репрессий. Одной из главных целей его политической реформы был отказ от рецидивов сталинизма, поэтому большинство политических заключенных и депортированных были освобождены из мест их заключения или депортации. В январе 1953 года во всем СССР насчитывалось 2,7 миллиона депортированных, в то время как в январе 1959 года из них оставалось только 50 000 человек. Однако этот политический процесс происходил медленно. Опасаясь распространения антикоммунистических настроений и вспышки ненависти к коммунистическому режиму, руководство СССР действовало очень осторожно.
Политические заключенные и депортированные относились к разным категориям, и поэтому процедуры их освобождения также отличались. Освобожденным политическим заключенным изначально не разрешалось покидать определенную территорию или они были отправлены в изгнание, а после отмены этих санкций многим из них было запрещено возвращаться в Литву. Те, кому удалось переселиться в Литву, подверглись преследованиям со стороны секретной службы и были вынуждены покинуть Литву. С 1954 года заключенные, которые были физически не способны работать, и те, чей срок заключения истек, были освобождены из лагерей ГУЛАГа. В том же году была создана специальная комиссия под председательством одного из организаторов геноцида литовского В ССР генерального прокурора Георгия Бахарова. Комиссия рассмотрела дела только 4990 человек (в 1944-1952 годах в общей сложности 142 579 человек были отправлены из Литвы в концентрационные лагеря или депортацию). Комиссия полностью «реабилитировала» только 338 человек и амнистировала 671 человека. 17 сентября 1955 года указ Президиума Верховного Совета СССР «Об амнистии граждан Советского Союза, сотрудничавших с оккупантами во время Великой Отечественной войны» был адаптирован для участников сопротивления, которые боролись за независимость Литвы и были заключены в тюрьму. Это была открытая насмешка над литовскими партизанами, как будто они сотрудничали с немцами, а не боролись за национальную свободу. В 1956-1957 годах из тюрем и трудовых лагерей было освобождено 17 000 человек, осужденных за так называемую контрреволюционную деятельность, из которых около тысячи были руководителями и активистами государственных и политических организаций Литвы. Среди них были известные литовцы: Леонас Бистрас, Доминикас Цезявичюс, Петрас Климас, Зигмас Толиушис, епископы Теофилиус Матулионис и Пранчишкус Раманаускас, и другие.