Политические и экономические реформы Хрущева также изменили политическую ситуацию в Литве. Более смягченный политический режим приобрел другую форму, несколько более экономическую, особенно в сельском хозяйстве, возникла независимость и проявились тенденции к возрождению и консолидации этнической культуры и литовского языка. Однако для коммунистического руководства Литвы и, в частности, для Снечкус, политические изменения в отношении «классовых врагов» были неожиданными и неприемлемыми: «бандиты, их сторонники, кулаки, священники, буржуазные деятели и националисты» начали возвращаться из мест своего заключения и ссылки, а теория «эскалации классовой борьбы» и политика политической бдительности были отброшены. Таким образом, в Литве, в отличие от Москвы, после 20-го съезда КПСС критика репрессий была неприемлема и даже всячески подавлялась. Snieckus и ветераны LCP не могли смириться с тем фактом, что то, что они делали до войны и в послевоенный период, было неправильным. Коммунистическое руководство никогда не испытывало никаких угрызений совести по отношению к литовскому народу, который был убит, заключен в тюрьмы и сослан — они навсегда остались «классовыми врагами». В период «оттепели» русские писатели почти открыто писали о репрессиях и гибели невинных людей, в то время как в Литве эта тема была запрещена. Даже если писатели пытались более реалистично описать 1940-1941 годы и послевоенные годы, они сразу же вызывали суровую критику. Москва согласилась с этой позицией LCP, потому что репрессии, проводимые в Литве, носили иной политический характер: в России репрессии в основном проводились против людей из-за «классовых» соображений, тогда как в Литве — из-за стремления нации к свободе. Руководство СССР очень хорошо знало, что официальное признание преступлений политики Сталина в странах Балтии могло вызвать политическую нестабильность и новую волну сопротивления, а также возникнуть международная проблема этих стран. С другой стороны, литовские коммунисты боялись личной ответственности и поэтому пытались подавить все попытки предать свои преступления огласке. Такая позиция администрации Снечкуса была очень удобной для Москвы. Это была одна из главных причин, по которой Снечкусу была предоставлена определенная свобода действий в Литве (в сферах экономики, социального обеспечения и культуры). Лояльность и повиновение Кремлю были основными чертами партийной деятельности Снечкуса, которые помогли ему оставаться у власти до своей смерти в 1974 году. Конечно, Снечкус имел собственное мнение по различным аспектам жизни в СССР, но скрывал его, если оно противоречило официальному положению. Например, Хрущев обвинил Сталина в политических репрессиях против коммунистов, но Снечкусу казалось, что винить следует не Сталина, а его окружение. В целом, Сталин оставался единственным символом чистого коммунизма для Снечкуса на протяжении всей его жизни. Снечкус не хотел критиковать его.
Десталинизация прогрессировала дальше. В 1961 году 22-й съезд КПСС объявил, что диктатура пролетариата уже выполнила свою миссию и что социализм, по сути, создан в Советском Союзе. На практике это означало, что классовая борьба внутри государства была прекращена (поскольку не существовало враждебных классов) вместе с недоверием к той или иной национальной и социальной группе. Хрущев снова заговорил на съезде о сталинских репрессиях. Миру дали понять, что СССР больше не будет проводить политику государственного террора, но Коммунистическая партия останется единственной политической силой, а нынешний коммунистический режим не изменится.
17 ноября 1961 года после возвращения из Москвы Снечкус созвал собрание «партийного актива республики» (высших должностных лиц администрации ЛССР). По соображениям политической конъюнктуры он признал, что «в период культа личности в Коммунистической партии Литвы также возникли большие трудности» (он говорил только о довоенных репрессиях против коммунистов, в результате которых такие коммунисты, как Зигмас Ангариетис и другие погибли), но он вообще не упомянул о репрессиях против населения в период 1940-1941 годов и в 1944-1953 годах в партизанской войне. Эта тема была запрещена в Литве.
Хрущев планировал укрепить государственные экономические структуры, наделив их большими полномочиями, в то время как Коммунистическая партия должна была больше сосредоточиться на партийной работе. Районные партийные комитеты должны были быть преобразованы в политические отделы, которые, по словам Снечкуса, должны были заниматься «партийными организациями, агитацией, пропагандой, и это было все». Партийная номенклатура не могла согласиться с этим. Запланированное ограничение партийной власти стало одной из причин изменения политического курса в 1964 году.