После отстранения Хрущева от власти в экономике СССР произошли изменения. Советское правительство, как бы продолжая реформы Хрущева, на пленуме ЦК КПСС в сентябре 1965 года планировало предоставить компаниям больше автономии, шире применять самофинансирование и заменить административное управление экономическим, то есть включить элементы рыночной экономики в плановую экономическую систему. Поскольку это несовместимые вещи, такая «реформа» с самого начала была объективно обречена на провал. Более того, в 1960-е и 1970-е годы, по мере усиления тенденций к централизации экономической власти, усилились командно-административные методы управления экономикой СССР. Москва уделяла особое внимание экономическому развитию стран Балтии. Инвестировать и работать в этом регионе было намного дешевле, эффективнее и проще, чем в восточной и северной частях Советского Союза.
Строительство электростанции в Электренае. 1961 год.
В конце 1960-х годов власть центральных агентств начала быстро возрастать. В 1965 году Экономический совет ЛССР был упразднен, и вскоре усилилась централизация управления экономикой. Такая ситуация вызвала беспокойство у Снечкуса и его окружения — фактически руководство ЛССР постепенно отстранялось от управления промышленностью Литвы. Пожалуй, самыми недовольными были многолетний заместитель председателя Совета министров ЛССР Ксаверас Кайрис и министр финансов Александрас Дробнис. На заседании бюро ЦК ЛКП 8 декабря 1969 года, когда началось обсуждение плохих показателей производительности труда, Дробнис подчеркнул, что литовское руководство ничего не может сделать компаниям и учреждениям в этом отношении, поскольку они подчиняются центральным властям. Полномочия руководителей ЛССР в области экономического управления уменьшились. Взятки или так называемые обтекатели (мясные продукты, напитки и т.д.) доставлялись должностным лицам в Москве. Наконец, только сельское хозяйство, не очень рентабельный и экономически рискованный сегмент экономики, осталось в подчинении LCP. Все это вызвало недовольство руководства ЛССР, но Снечкусу,, удалось смягчить это отношение и заставить своих подданных выполнять указания Москвы.
После прихода к власти Гришкявичюса, повиновение партийного руководства Москве и централизация экономики стали еще сильнее. В конце 1970-х годов литовские экономисты начали критиковать управление экономикой в соответствии с отраслями промышленности и вызванные этим диспропорции в экономическом развитии. В 1976 году в Литве сократились поставки продуктов питания, особенно мяса и сахара. Хотя Литва была в состоянии производить 94% всех необходимых ей продуктов питания, большая их часть поступала в «общесоюзные фонды». Это вызвало большое недовольство населения.
В середине 1980-х годов Литва контролировала лишь около 10-12% своей промышленности. «В Литве началось строительство огромных промышленных комплексов, которыми было легче управлять из центра. Как и раньше, литовская промышленность развивалась не в соответствии с потребностями литовского населения, а в соответствии с политическими и экономическими интересами Советского Союза. В Литве строилось все больше и больше предприятий, производящих продукцию для военной промышленности. В 1970-х годах предприятия «Вента», «Вилма», «Банга» («Волна»), «Сигма», «Вингис», и Объединения «Пергале» («Победа») действовали в Литве и производили гражданскую и военную продукцию, в основном электронную. На 1 января 1989 года в Литве насчитывалось 590 промышленных предприятий, из которых 338 компаний должны были работать и выполнять военные заказы в случае войны (55 компаний считались особенно важными для военно-промышленного комплекса). Обширная милитаризованная советская экономика развивалась неэффективно — неограниченные природные ресурсы и дешевая рабочая сила спасли все. Ежегодные темпы промышленного роста непрерывно замедлялись, приближаясь к границе регресса. Такое экономическое развитие привело к увеличению дефицита многих продуктов для населения Литвы.