Усиление движения за права верующих и опасения, что избрание Кароля Войтылы Папой Римским еще больше усилит деятельность Церкви в Литве, побудили советский режим в начале 1980-х годов ужесточить репрессии. Туменас был освобожден от должности представителя CARC и заменен Петрасом Анилионисом, который до этого в течение пятнадцати лет возглавлял окружной комитет LCP в Купишкисе. Новый представитель CARC пообещал быстро «восстановить все, что Туменас разрушил». Анилионис ожидал, что решительными действиями восстановит ситуацию 1960-х годов. В 1980-1983 годах были осуждены десять мирян и монахов, участвовавших в подпольной деятельности Церкви, а также лидеры движения за права верующих, священники Сигитас Тамкявичюс и Альфонсас Сваринскас,. Католический комитет по защите прав верующих был вынужден прекратить свою общественную деятельность из-за репрессий и общественного давления со стороны правительства, хотя он продолжал функционировать в подполье с 1983 года. В 1980-х годах несколько священников, принимавших участие в деятельности сопротивления, погибли при невыясненных обстоятельствах. Вполне возможно, что советские спецслужбы в большей или меньшей степени способствовали их гибели, стремясь таким образом избежать негативных последствий, которые могли спровоцировать судебные процессы над этими священниками.
’Советское правительство не могло подавить движение за права верующих только репрессиями и пропагандой. Укрепляющаяся система нелегальной подготовки священников вынудила к дальнейшему расширению возможностей официально функционирующей семинарии. В 1979-1983 годах одиннадцать кандидатов, подготовленных в подпольных условиях, были рукоположены в священники. Не признанные правительством священниками, они смогли гораздо свободнее выполнять пастырскую работу, большинство из них также присоединились к борьбе за права верующих. Желая перевоспитать и контролировать более умеренных, Анилионис предложил обсудить возможность легализации некоторых из них. Официально печатаемая религиозная литература стала более разнообразной, и было напечатано больше экземпляров. В 1980 году было разрешено напечатать «Малый катехизис» (тиражом 60 000 экземпляров), в котором был отражен процесс обновления Церкви, начавшийся после Второго Ватиканского собора. Литургические календари, выпущенные в 1979-1981 годах, были заменены в 1982 году значительно более объемным информационным изданием «Католический календарь-каталог».
В 1984 году вышло второе дополненное издание богослужебного молитвослова, тираж которого (160 000 экземпляров) был самым большим из всех официально религиозных изданий за весь советский период. В 1985 году Совет министров ЛССР окончательно отменил дискриминационный тариф на электроэнергию для зданий, используемых в религиозных целях. В 1982 году был достигнут частичный компромисс относительно управления епархиями: епископу Сладкявичюсу разрешили вернуться в Кайшядорис и свободно управлять своей епархией, в то время как епископ Я. Степонавичюс продолжал оставаться в Жагаре.
Другие религиозные конфессии, действующие в Литве, не способствовали противостоянию католиков советскому режиму. Их самой большой заботой было сохранить свои сокращающиеся приходы, особенно в сельской местности. Они исчезли не только из-за уменьшения числа активных верующих, но и из-за нехватки духовенства, способного активно работать. Большинство священнослужителей старообрядчества, русской православной церкви и лютеран были пожилыми людьми с низким уровнем духовного образования, обычно неспособными выжить только за счет пожертвований своих верующих и вынужденными искать какой-либо дополнительный источник существования. Русские православные и лютеране, по крайней мере, имели возможность получить богословское образование заочно в учебных заведениях, действующих за пределами Литвы. Между тем, религиозные службы старообрядцев обычно проводили лица, не имеющие формальной подготовки, они просто переняли традицию и определенные практические навыки у духовенства старшего поколения. Это правда, что в 1970-х годах Верховный совет старообрядцев (SCOB) возобновил попытки объединить все старообрядческие общины по всему Советскому Союзу. Большинство общин Поморской Древлеправославной церкви, действующих в Советском Союзе, признали духовное руководство SCOB: в 1974 году 116 священников и 400 представителей со всего СССР приняли участие во встрече в Вильнюсе.