При таких обстоятельствах идея независимости Коммунистической партии Литвы стала популярной. Многие партийные организации решительно выступали за прекращение организационных отношений партии с КПСС и придание статуса ‘национальной’ коммунистической партии. Рабочие группы, сформированные Центральным комитетом ЛКП, в рядах которых помимо работников партийного аппарата были представители культурной и научной интеллигенции, подготовили проекты новой программы партии и ее устава, предусматривающие радикальные реформы ЛКП. С политической точки зрения новые документы означали полное отрицание ленинских принципов большевизма и преобразование коммунистической ячейки в Литве в независимую политическую партию национал-социал-демократического типа.
Ветераны Коммунистической партии и кадровые партийные идеологи начали атаку на этот пересмотр большевистских догм. Накануне 20-го съезда ЛКП Горбачев направил письмо коммунистам Литвы, напомнив, что обновление страны и национальное возрождение каждого народа возможны только под руководством объединенной интернационалистической партии, представляющей все народы СССР.
Однако ни призывы, ни даже угрозы из центра не смогли повлиять на решимость коммунистического большинства Литвы. Это побудило долго колебавшееся руководство реформаторов ЛКП принять решение. С другой стороны, разрыв отношений с Москвой был сложным процессом. На 18-м пленуме ЦК ЛКП 1 декабря 1989 года Бразаускас попытался успокоить интернационалистов в Москве и Литве, объяснив: «Нашими целями на данном этапе, принимая во внимание текущие экономические и политические обстоятельства, является суверенное литовское государство в составе нового Союза свободных республик». Однако в конце 1989 года раскол единой КПСС уже был свершившимся фактом в сознании многих коммунистов Литвы.
Внеочередной 20-й съезд ЛКП, состоявшийся 19-20 декабря 1989 года, был исключительным событием не только во внутренних делах Литвы, но и СССР. Итоги съезда были ясны всем заранее, но политические последствия для судьбы Литвы было трудно предсказать. Накануне 20-го съезда ЛКП в ЛКП насчитывалось 200 000 членов. Этнические литовцы составляли 70,5% в партийной организации, в то время как русские — 17,2%, поляки — 4,4% и представители других наций — 7%. Из 1033 делегатов 855 проголосовали за документы о реальной независимости ЛКП. Съезд заявил, что Литовская республиканская организация КПСС была реорганизована в независимую Коммунистическую партию Литвы со своей собственной программой и уставом. Съезд подал заявку на предстоящий пленум ЦК КПСС, но это не помогло. Сразу после съезда секретари независимой ЛКП Альгирдас Бразаускас, Владимирас Березовас, Кестутис Главецкас и Юстас Винкас Палецкис были приглашены в Москву, где во враждебной обстановке пленума ЦК КПСС 25-26 декабря им пришлось разъяснять радикальные решения 20-го съезда ЛКП. После появления независимой LCP отношения с Москвой приобрели форму открытой конфронтации.
Большевистское мышление и большинство нелитовских коммунистов не могли согласиться с «сепаратизмом» национал-коммунистов и смириться с перспективой восстановления Литовского государства. Их делегаты на 20-м съезде ЛКП, дистанцировавшись от большинства, покинули залы съезда. В ночь на 23 декабря 1989 года 144 бывших делегата 20-го съезда ЛКП организовали «конференцию», на которой они избрали Временный Центральный комитет и Временную ревизионную комиссию. Среди 58 членов центрального комитета «ночной» партии было только 17 литовцев, но в секретариате были Миколас Бурокявичюс, Витаутас Кардамавичюс, Юозас Куолелис и россиянин Владислав Швед.
Общественная реакция на резолюции 20-го съезда ЛКП была в основном благоприятной. 26 декабря на Соборной площади в Вильнюсе состоялась демонстрация в поддержку политических решений ЛКП. После раскола ЛКП и безуспешных попыток примирить коммунистов на декабрьском пленуме ЦК КПСС в Литву прибыла партийная делегация во главе с Горбачевым. Во время визита 11-13 января 1990 года он проинспектировал оба отделения ЛКП, независимую ЛКП и ЛКП (КПСС), встретился с представителями общественности Литвы. Однако идеи перестройки в Литве уже были эпохой прошлого. Организованные Саюдисом массовые митинги в Вильнюсе и приветствие Горбачева как политического лидера соседней страны (как признал сам Горбачев) показали, что политическим процессом в Литве нельзя управлять из центра, хотя Литва все еще была неотъемлемой частью СССР.