После учредительного съезда Саюдиса, отношения этого движения с LCP некоторое время были довольно дружескими. В то время, после общенациональной эйфории, начался естественный отлив. Уступки руководства ЛКП были важны для Саюдиса, но их решения часто носили не принципиальный, а чисто декоративный характер. Важной вехой, освобождающей Литву от зависимости и безоговорочного подчинения Москве, должно было стать обсуждение поправок к Конституции. 8 ноября 1988 года во время встречи в Риге Народных фронтов прибалтийских республик и Саюдис, представители Эстонии проинформировали других коллег из стран Балтии, что на сессии Верховного Совета Эстонской ССР планируется принять декларацию о суверенитете и поправки к конституции. Представители Народного фронта Эстонии ожидали, что Верховные Советы Литвы и Латвии будут вести себя таким же образом. Однако на сессии Верховного Совета Литовской ССР от 18 ноября 1988 года наиболее важные законы, касающиеся превосходства законов ЛССР над законами СССР, приняты не были. Литовский УВерховного Совета ССР не хватило смелости пойти на этот шаг из-за позиции и поведения первого секретаря ЦК ЛКП Альгирдаса Бразаускаса. Вероятно, из-за давления со стороны Михаила Горбачева, Бразаускас и Лионгинас Шепетис, председательствовавший на заседании, апеллируя к политической реальности, заявили, что Москва немедленно объявит такие законы недействительными. В таких обстоятельствах решение Верховного Совета Литовской ССР было выгодно Москве как «положительный пример* подавления непокорной Эстонии».
В Литве это было первое противодействие партийной организации и администрации Саюдису. Бразаускас и реформаторы LCP потеряли значительную часть поддержки населения. Сторонники радикальных действий укрепились в Саюдисе, их лидером был назван Витаутас Ландсбергис, который, в отличие от лидеров Народных фронтов Эстонии и Латвии, никогда не был членом Коммунистической партии. После сессии Саюдис получил множество писем протеста против правительства Литвы, было собрано 1,8 миллиона подписей, которые показали, что Верховный совет ЛССР не отражает мнения населения Литвы. Стало ясно, что ЛКП еще не освободилась от безусловной зависимости от диктата ЦК КПСС и Москвы и оставалась отделом союзной партийной организации.
20 ноября 1988 года, сразу после упомянутой сессии Верховного Совета ЛССР, сейм Саюдиса собрался на внеочередную сессию, на которой потребовал созыва внеочередной сессии Верховного Совета ЛССР (были собраны подписи почти половины депутатов Верховного Совета) для обсуждения изменений в Конституцию. Сейм Саюдиса принял декларацию «О моральной независимости Литвы». В нем говорилось, что в будущем законными могут быть признаны только те законодательные акты, которые не противоречат независимости Литвы. Саюдис также подготовил проект закона о референдуме, который должен был предоставить нации право самоуправления и даже варианты отделения от СССР. Из-за этих принципиальных разногласий с ЛКП Саюдис перешел в оппозицию к правительству ЛССР. 25 ноября на заседании совета Саюдисского сейма Ландсбергис был избран председателем движения.
ЛКП не только принял вызов Саюдиса, но и перешел в контратаку. 26 ноября на заседании бюро ЦК ЛКП было заявлено, что некоторые лидеры Саюдиса ставят нереалистичные политические требования на первое место в своей деятельности и обвиняют Саюдиса в том, что он не исключает «лиц, которые не скрывают своих намерений отделиться от Советского Союза и восстановить буржуазный строй в Литве». «Atgimimo banga» («Волна возрождения»), еженедельное шоу Саюдиса на национальном литовском телевидении, было запрещено, предпринимались попытки ограничить саюдисскую прессу; обещания предоставить помещения для Штаб-квартира Саюдиса была «забыта», а ее банковский счет заморожен.