Несмотря на большие разногласия, тем не менее, обе силы пытались избежать открытой конфронтации. В декабре была создана контактная группа из представителей LCP и Саюдиса для прояснения возникающих проблем. Радикалы из Саюдиса и убежденные ортодоксальные коммунисты, которые еще не потеряли надежду дисциплинировать население и вернуть старые порядки, вдохновляли политическую оппозицию. 21 февраля 1989 года пленум ЦК КПК выступил за то, чтобы ‘развитие республик было связано с СССР». Разрыв между Саюдисом и LCP стал очевиден в подходе к будущему Литвы. Однако LCP не удалось перехватить политическую инициативу. Весной 1989 года ЛКП проиграла Саюдису на выборах в Съезд народных депутатов СССР. Реальная власть коммунистов немного уменьшилась, в то время как власть Саюдиса увеличилась. Волей-неволей руководство LCP было вынуждено искать решение.
18 мая 1989 года Верховный Совет ЛССР принял всего за полгода до этого отвергнутую «Декларацию о государственном суверенитете Литовской ССР» и поправки к конституции о превосходстве законов республики над законами СССР — этим шагом, хотя и запоздалым, взяв на себя определенную ответственность за дальнейшие шаги на пути к независимости. Москва даже не отреагировала на эти постановления Верховного Совета ЛССР.
В первой половине 1989 года Саюдис, оставаясь национально-освободительным движением, все чаще стал выполнять некоторые неформальные функции политической партии. В литовской прессе все чаще и чаще возникали дискуссии о способах восстановления независимости. 18 июня 1989 года Сейм Саюдиса принял декларацию о развитии восстановления литовской государственности.
Заявление ЦК КПСС, обнародованное после «Балтийского пути» 26 августа, в котором в сепаратизме обвинялись не только национальные движения стран Балтии, но и Верховный Совет ЛССР за представленную им оценку агрессии СССР против стран Балтии, еще больше усилило необходимость освобождения населения. Однако даже в этой угрозе, напоминающей о сталинских временах, негативные выводы комиссии не были опровергнуты, но пошли разговоры о намерениях Москвы предпринять решительные действия против национализма. Это заявление подтолкнуло некоторых все еще сомневающихся членов LCP и в целом более пассивных людей к принятию решения о необходимости независимости. Вскоре лидеры всех движений стран Балтии заявили, что нет оснований смягчать требование независимости. Совет Саюдиса, в котором выражался протест против того факта, что конституционное право республик принимать решения в отношении суверенитета рассматривалось как политическое преступление, анонсирован отдельный документ. 24 декабря 1989 года Съезд народных депутатов СССР одобрил выводы комиссии по расследованию Пакта Молотова-Риббентропа. Прибалтийские государства приобрели иной статус, чем другие советские республики, хотя консервативные силы Советского Союза не хотели с этим считаться. 7 февраля 1990 года ЛССР Верховный Совет постановил, что «декларация Сейма литовского народа от 21 июля 1940 года о присоединении к СССР, как не представляющая волю литовского народа, является незаконной и ничтожной».
В ЛКП всегда были люди с разными взглядами: с освобождением политический спектр расширился от либералов до ортодоксальных большевиков. Коммунистические организации поначалу лениво отреагировали на новую политику Горбачева. Только партийные интеллектуалы и интеллигенция вели себя иначе. Многие из них с самых первых дней активно участвовали в кампаниях и мероприятиях Саюдиса, в общественной жизни общества. Однако для большинства партийной номенклатуры идеи национального возрождения казались неприемлемыми. Ситуация в LCP изменилась в марте 1989 года, когда «верхи» приняли резолюцию о начале обсуждения в партии статуса LCP и программных положений.
Впервые жители Литвы начали интересоваться реальной историей Коммунистической партии, ее ролью в обществе и перспективами на будущее. Партийная дискуссия быстро вскрыла безжалостную правду — LCP никогда не была политической партией или национальной организацией. Его идеологические истоки были скрыты в догмах марксизма-ленинизма, в то время как имперские интересы коммунистической России всегда определяли цели деятельности, стратегию и тактику. По мере того, как правда о прошлом Коммунистической партии, преступной деятельности и служении иностранным интересам становилась ясной, в обществе усиливались антикоммунистические чувства и гнев по отношению к сотрудничеству правящей элиты с Москвой.