Начиная с осени 1940 года в городах Литвы начали создаваться нелегальные клубы и организации. Школьники, студенты, молодежь, бывшие стрелки, государственные служащие и рабочие были наиболее активными участниками подпольной деятельности. В октябре 1940 года группа литовских офицеров и интеллектуалов (майор Витаутас Булвичюс, полковник Юозас Вебра, доктор Пранас Падалис и другие) основала первую подпольную организацию в Вильнюсе. Группа сторонников либеральных взглядов в Каунасе основала Союз литовских борцов за свободу (Lietuvos laisves kovotoju sajunga, LLKS) в декабре, а в 1941 году она объединилась с LAF. В конце 1940 года в Каунасе начала издаваться нелегальная газета «Laisvoji Lietuva» («Свободная Литва»). К сожалению, в январе 1941 года, когда издатели газеты (сотрудники ELTA П. Малинаускас и Йонас Яблонскис, К. Шипкаускас из типографии «Жайбас», и другие, всего 10 человек) готовили четвертый номер, они были арестованы. Зимой 1941 года «Драуджиама Минтис» («Запретная мысль») некоторое время публиковалась в Каунасе. Накануне выборов в Верховный Совет СССР 12 января 1941 года антисоветская деятельность значительно расширилась. На этот раз настроение населения сильно отличалось от того, что было полгода назад во время выборов в Народный сейм. Звучали призывы к бойкоту выборов, были расклеены антивыборные листовки и плакаты и т.д.
Весной 1941 года по всей Литве развернулась антисоветская деятельность. Военно-политический штаб LAF в Вильнюсе и организационный штаб LAF в Каунасе стремились объединить подпольные силы. Когда в июне 1941 года НКГБ задержал большинство членов вильнюсского штаба, руководство подпольем перешло к штабу в Каунасе, который окончательно подготовил план восстания. Ближайшая задача LAF — объединить патриотические силы и удержать их до начала предстоящего восстания — определяла методы подпольной деятельности: издавались газеты и прокламации, вывешивались литовские трехцветные флаги, а также патриотические и антисоветские лозунги («Да здравствует независимая Литва!», «Да здравствует Витис», «Долой Сталина!») были написаны в общественных местах; в церквях исполнялся гимн «Мария, Мария»; он стал неофициальным гимном Литвы после запрета государственного гимна Литвы. Накануне войны подпольная деятельность во многих районах переросла в партизанскую борьбу. Мужчины, скрывающиеся от депортаций, начали формировать отряды в лесах и добывать оружие. Такова была ситуация в Литве накануне 22 июня 1941 года.
III. НАЦИСТСКАЯ ОККУПАЦИЯ
Начало войны между Германией и СССР
«Блицкриг» в Литве