Военные действия восставших литовских солдат 29-го стрелкового корпуса значительно облегчили марш немецкой армии через Литву. Командующий советским фронтом генерал-полковник Дж. Федор Кузнецов уже в первые часы войны оценил литовские дивизии как совершенно ненадежные и попросил помощи. После того, как 660 немецких десантников захватили аэропорт Варена в ночь с 22 на 23 июня забрала семь бронетранспортеров и четыре пушки у 184-й литовской дивизии, которая охраняла аэропорт, подразделениям литовского корпуса сказали, что на следующий день они отправятся в глубь России. Отступление на восток началось около полудня 23 июня. Но литовские солдаты не желали уходить в Россию, и большинство из них были твердо намерены любой ценой сохранить римайс в Литве. Отказываясь выводить войска из Литвы, литовские солдаты разоружили и расстреляли наиболее активных политических лидеров, российских офицеров, коммунистов, комсомольцев, а также других солдат и офицеров, лояльных Советам. Вскоре немецкие части окружили 184-ю стрелковую дивизию, базировавшуюся в то время на военном полигоне в Варене. Воспользовавшись хаосом в российских частях, литовские солдаты подняли восстание. Некоторые литовские солдаты были взяты немцами в плен, но были быстро освобождены. В конце июня большинство солдат 184-й стрелковой дивизии вернулись в Вильнюс к месту постоянной дислокации.
179-й стрелковой дивизии было приказано выдвинуться из района Пабраде-Швенченеляй в Адутишкис и отходить дальше в глубь России. Литовские солдаты этой дивизии сопротивлялись принудительному перемещению из Литвы в Россию, но были вынуждены отступить. Вместе с литовскими колоннами отошли другие подразделения Красной Армии, отдельные танки. Подозревая в их достоверности, некоторые отступающие литовские солдаты были арестованы и казнены. 27 июня 1941 года 179-я стрелковая дивизия пересекла литовскую границу и двинулась дальше на восток. Находясь за границами Итуании, литовским солдатам пришлось выбирать: сдаться репрессиям или попытаться получить свободу любой ценой. Некоторые из крупнейших конфликтов с Красной Армией произошли возле деревень Норица, Жуков и Глубокое. Не менее 120 литовских солдат погибли, когда солдаты литовского корпуса отделились от Красной Армии. Большинство литовских солдат восставшего корпуса сдались немцам. В то время они, как и большинство литовцев, верили нацистской пропаганде о том, что Германия «освободит Литву от большевистского ига» и даст ей независимость. Позже из литовских солдат корпуса, попавших в немецкий плен, начали формироваться полицейские батальоны.
До России добрались только остатки корпуса — примерно 1500-2000 (из 6000) солдат 179-й дивизии и 745 солдат 184-й дивизии. В Псковской области под Невелем и Великими Луками они были собраны, реорганизованы и в июле отправлены в бой против немцев у реки Идрица в составе 27-й армии (позже, в составе 22-й армии). Здесь многие из них сдались немцам. Остальные были отозваны. 1 сентября 1941 года корпус был ликвидирован (179-я дивизия была сохранена, но литовцев в ее рядах больше не было), а литовцев отправили служить в другие части Красной Армии, а позже они были включены в формируемую 16-ю Литовскую стрелковую дивизию.
Хотя литовские партизаны активно сражались против отступающих частей Красной Армии, немецкое военное руководство не признавало их союзниками. Генеральный штаб сухопутных войск немецкой армии (ОКХ) в своей директиве от 26 июня 1941 года приказал дивизиям вермахта разоружить небольшие литовские партизанские отряды, в то время как для использования крупных литовских партизанских отрядов в борьбе против Красной Армии необходимо было получить одобрение ОКХ.
Произошли также некоторые трагические события. Уже в первые дни войны стала очевидной безрассудная жестокость армии нацистской Германии. Из-за того, что было убито несколько немецких солдат, были застрелены 40 мирных жителей деревни Аблинга в районе Кретинга. Немецкие солдаты также казнили некоторых литовских партизан, воевавших против Советов, в некоторых местах Литвы. Литовские партизаны из Алитуса пострадали особенно сильно. 23 июня 1941 года подразделение немецкой армии в отместку за убийство двух немецких охранников разоружило литовский повстанческий отряд, возглавляемый лейтенантом запаса Бенджаминасом Мешкелисом, и расстреляло 42 человека этого подразделения на берегу реки Нямунас. Акции мести меньшего масштаба происходили по всей Литве. В первые дни войны немецкие солдаты убивали невинных литовских мирных жителей в Кудиркосе Наумиестисе, Сувалкской Кальварии, Мариямполе, деревне Верстаминай в Лаздияйском районе, Таураге, Кретинге, и т.д.
Июньское восстание и временное правительство
Восстание в июне 1941 года