Полностью взяв под контроль литовские институты самоуправления, немцы по-прежнему не доверяли литовским чиновникам и искали способы либо уволить чиновников местной администрации, либо сократить их число. 28 марта 1942 года рейхскомиссар Лозе направил верховному командованию и полиции, а также руководителю немецкой полиции безопасности и СД директивы относительно увольнения должностных лиц местных органов власти. Их увольнение было мотивировано необходимостью экономии средств и устранения ненадежных элементов из местных государственных учреждений. Система самоуправления Литвы была очень широкой. На 1 апреля 1943 года только в Департаменте внутренних дел насчитывалось с десяток учреждений. В государственном аппарате Литвы работало около 300 губернаторов районов и сельских округов, около 900 сотрудников литовской службы безопасности и уголовной полиции, около 8000 литовцев служили в полицейских батальонах и около 6000 — в полиции общественного порядка.
Согласно нацистским планам, литовское самоуправление должно было помогать захватчикам управлять страной и эксплуатировать ее. Однако действия литовского самоуправления не всегда соответствовали возложенным на него функциям совместной администрации. В тех случаях, когда нацистская политика явно наносила ущерб интересам Литвы (например создание литовского легиона СС, поставка сельскохозяйственной продукции, отправка литовцев в Германию на принудительные работы, а также ограничения и германизация учебных заведений), литовским чиновникам местных органов власти удалось провести массовый саботаж и довольно успешно сорвать кампании, организованные нацистами. Дело о Холокосте, однако, было исключением. Здесь нацистам удалось вовлечь аппарат местного самоуправления Литвы (в частности, полицию и батальоны самообороны) в преследование и убийство евреев. Можно сказать, что самым очевидным фактом сотрудничества местных властей Литвы с нацистскими захватчиками было их участие в геноциде литовских евреев.
Колонизация и германизация Литвы
Колонизация литовских деревень и поселков
Нацистская Германия не довольствовалась планами завоевания стран Восточной Европы, но также готовила планы по овладению завоеванными государствами — их колонизации и германизации. Генриху Гиммлеру было поручено «создать новые районы для немецкой колонизации» и присоединить их к рейху. В 1941 году он хотел присоединить западную часть Литвы к Восточной Пруссии, но, желая избежать враждебности литовского народа на столь ранней стадии и из-за упреков Розенберга (вмешательство в сферу компетенции его министерства), отказался от этого намерения. Было решено согласиться на частичную колонизацию Литвы на ее существующей территории.
Хотя Гиммлер был против репатриации этнических немцев (Rucksiedlung) в места их прежнего поселения, для литовских немцев было сделано исключение. Около 50 000 литовских немцев уехали в Германию во время так называемой репатриации (3 февраля-23 марта 1941 года). Репатриированные из Литвы поселились в лагерях в районах Мекленбурга (4032 человека), Померании (3415), Данцига-Западной Пруссии (4501), Верхней Силезии (488) и Варты (23 264). В октябре 1941 года должностные лица Главного управления СС по расе и расселению (Rasse-und Siedlungshauptamt) осмотрели литовских немцев в лагерях с антропологической, лингвистической и политической точек зрения. Из 50 000 литовских немцев только 28 000 были признаны подходящими для колонизации.
7 октября 1941 года генеральный комиссар по делам Литвы фон Рентайн и Гиммлер обсудили вопрос колонизации. Фон Рентайн запросил разрешения возглавить колонизацию Литвы, и не только ее западной части, но и распространить колонизацию на всю Литву. Письмо имперского министерства по делам оккупированных восточных стран от января 1942 года, адресованное Рейхскомиссар Остланда Лозе заявил, что по соглашению с рейхскомиссаром по укреплению немецкой государственности Гиммлером было решено без промедления вернуть литовских немцев, пригодных для колонизации, на их родину. Их передача не должна была привести к выселению литовцев. Штаб колонизации СС в Каунасе, возглавляемый штурмбаннфюрером СС Дакартом и его заместителем оберштурмбаннфюрером СС Хинрихом Абелем, был обвинен в организации колонизации.