Руководство рейха терпимо относилось к местному самоуправлению в странах Балтии, хотя долгое время его присутствие не было официально узаконено. Принципом управления министерством Розенберга было «безоговорочное руководство Германии и местное самоуправление». Розенберг учредил местное самоуправление в странах Балтии 7 марта 1942 года указами Литве, Латвии и Эстонии (местное самоуправление не было узаконено в Беларуси). Суть указов заключалась в следующем: немецкая администрация будет осуществлять надзор и контроль, в то время как практическое управление в соответствии с немецкими инструкциями будет осуществляться местной администрацией. Причинами введения самоуправления были заявлены дружба стран Балтии и их сотрудничество с немцами, а также убежденность в том, что независимая работа местной администрации будет работать лучше всего и принесет больше пользы немцам. Упомянутые указы определили сферы компетенции немецких и местных администраций. Приказом от 1 января 1942 года генеральный комиссар поручил отдельным подразделениям Генерального комиссариата отдавать приказы и контролировать работу местных органов власти. Права генеральных советников были очень ограничены. Они подчинялись соответствующим департаментам Генерального комиссариата, и начальник надзорного отдела Генерального комиссариата мог изменить любое распоряжение генерального советника.
Генеральные советники были вынуждены постоянно лавировать между требованиями Германии, предъявляемыми к литовцам, и литовским общественным мнением. Генеральный комиссар стремился работать с каждым советником индивидуально, чтобы они не образовывали единую команду и не имели общей позиции. Немцы не разрешали советникам формировать коллегию, поскольку она могла выполнять функции, аналогичные функциям Кабинета министров. С другой стороны, советники провели совместные совещания и уполномочили первого генерального советника представить свое совместное мнение генеральному комиссару. Советники подготовили коллективные меморандумы по важным вопросам. Первое заседание совета генеральных советников состоялось 22 августа 1941 года. General advisors Kazys Germanas, Pranas Germantas-Meskauskas, Petras Kubiliunas, Mecislovas Mackevicius, Jonas Matulionis, Jonas Paukstys and Balys Vitkus attended it. Генеральный советник по сельскому хозяйству Виткус выступал на собрании с особой прямотой. Он раскритиковал постановление генерального комиссара о земельной реформе. Виткус сказал, что это постановление было принято без его ведома, и он расценил это как недостаток доверия к генеральным советникам. В постановлении ничего не говорилось о праве собственности. По его мнению, постановление генерального комиссара было даже хуже большевистского закона о земельной реформе. Виткус усомнился в том, что право собственности когда-либо будет восстановлено, и утверждал, что это может привести к большому недовольству среди сельского населения.
Из-за постоянных трений по вопросам экономической политики с Генеральным комиссариатом подали в отставку генеральные советники Владас Юргутис, Юозас Петронис и Балис Виткус. В 1943 году четверо генеральных советников (Пранас Германтас, Мечисловас Мацкявичюс, Юозас Наракас и Стасис Пуоджюс) были арестованы за игнорирование приказов оккупационного правительства и проявление неповиновения другими способами и депортированы в концентрационный лагерь Штуттгоф.
Мэры городов (районных центров), главы районов, наместники волостей (валчяус виршайтис), вспомогательная полиция и суды составляли нижний уровень местного самоуправления. Эти учреждения подчинялись как генеральным советникам, так и немецким комиссарам соответствующего округа, а также департаментам Генерального комиссариата. Главы районов играли наиболее важную роль на нижнем уровне самоуправления. «Они считались представителями немецких окружных комиссаров. Губернаторы волостей, мэры (за исключением мэров Вильнюса и Каунаса, которые напрямую подчинялись генеральному советнику по внутренним делам) и начальники полицейских подразделений находились под контролем районных глав. Губернаторы округов должны были обеспечивать порядок и спокойствие во всех вверенных им областях, организовывать распределение сельскохозяйственных повинностей и сбор сельскохозяйственной продукции, осуществлять набор рабочих, мобилизацию молодежи, регистрировать промышленное производство и т.д. Согласно приказу фон Рентайна от 5 августа 1941 года, наиболее важные вопросы, которыми занимались губернаторы округов, должны были передаваться через советников окружных комиссаров на немецком языке, а затем через генеральных советников генерального комиссара, также на немецком языке. Должностные лица литовского самоуправления могли связываться с высшими должностными лицами правительства Германии только через немецких чиновников более низкого уровня (например, глава района мог обратиться к генеральному комиссару только через окружного комиссара).