Когда гражданское правительство Германии будет установлено на оккупированных территориях, контролируемых оперативными группами, командир оперативной группы станет командующим немецкой службой безопасности и СД в этом районе. 23 сентября 1941 года 3-я оперативная группа группы А была реорганизована в Управление немецкой полиции безопасности и командующего СД в Литве (Kommandeur der Sicherheitspolizei und des SD fur den Generalbezirk Litauen), находился в Каунасе. Командующий литовской полицией безопасности и СД подчинялся командующему Остландом Немецкая полиция безопасности и SD в Риге. Егер был командующим немецкой полицией безопасности и СД в Литве до 15 сентября 1943 года, затем его сменил доктор Вильгельм Фукс до 6 мая 1944 года и, наконец, Хорст Й. Беме до июля 1944 года. Структура управления немецкой полиции безопасности и командующего СД в Литве была аналогична структуре РСХА. В 1941-1942 годах немецкая полиция безопасности и СД имели два подразделения, а в 1943-1944 годах — пять подразделений. Наиболее важными подразделениями были следующие: Подразделение III — SD (руководитель — штурмбаннфюрер СС Йоханнес Лендорф), Подразделение IV — гестапо (руководитель — оберштурмбаннфюрер СС Август Мюллер, а позже — Генрих Шмитц), а подразделение V — криминальная полиция (руководитель — штурмбаннфюрер СС Герман Домке).
Помимо центрального офиса в Каунасе, немецкая полиция безопасности и СД имели отделения в Вильнюсе, Шяуляе, Паневежисе, Кретинге и Мариямполе. Офис в Вильнюсе (Aussendienstelle Sipo und SD Wilna) был выдающимся с точки зрения его размера и значимости.
Подразделения III (СД) и IV (гестапо) были наиболее важными в немецкой полиции безопасности и СД. «Задачей Подразделения СД были разведка, наблюдение, мониторинг и контроль наиболее важных сфер жизни и выявление лиц и организаций, враждебных немцам. У СД была обширная сеть агентств по всей Литве. Она тесно сотрудничала с гестапо. Унтерштурмфюрер СС Рихард Швейцер родом из Кибартай немецкого происхождения, который был хорошо знаком с условиями в Литве, Хелткейр, ученик Каунасской немецкой средней школы, печально известный своей жестокостью, и Герман Притчкат, родом из Вилкавишкиса, также работали в этом подразделении. Подразделению IV (гестапо) было поручено вести непосредственную борьбу с врагами рейха путем проведения арестов, обысков, допросов и казней. Э Планерт, Э. Швелла и Х. Раука были известны своей жестокостью. Раука работал в подразделении IVA3 (движение сопротивления) и участвовал в допросах членов литовского подполья.
Штурмбанфюрер СС Герман Домке командовал подразделением V (криминальная полиция) в течение самого длительного периода (с февраля 1943 года по лето 1944 года). Подразделение в основном расследовало уголовные преступления против военной промышленности Германии и преступления, совершенные немцами. Этому подразделению также подчинялась полиция безопасности Литвы.
В немецкой полиции безопасности и СД работали не только немцы рейха, но и жители Литвы различных национальностей. На 1 декабря 1943 года в подразделении немецкой полиции безопасности и СД в Каунасе работало 112 сотрудников, в подразделении в городе Вильнюс — 40, в подразделении в районе Шяуляй — 7 и в подразделении в Паневежисе — 6 сотрудников.
Немецкая полиция безопасности и СД были наиболее важным, но не единственным элементом аппарата террора; существовали также армейские и полицейские подразделения СС и полиция порядка. После установления гражданского правления на оккупированных землях командиры СС и полиции были переданы немецким комиссарам. Им пришлось создать Немецкую полицию порядка (Deutsche Ordnungspolizei). Генрих Гиммлер назначил Фридриха Йеккеля старшим командующим СС и полицией в странах Балтии и на Севере России на весь период войны.
Полиция безопасности Литвы
Когда началась война, Временное правительство Литвы немедленно приступило к восстановлению государственных институтов Литвы, включая Департамент государственной безопасности. Министерство внутренних дел, восстановленное 24 июня 1941 года, состояло из нескольких департаментов, включая службу безопасности, полицию и тюрьмы. Уголовная полиция находилась под контролем Департамента государственной безопасности. Бывшие сотрудники литовских органов безопасности, освобожденные из тюрем, внесли большой вклад в восстановление этого ведомства. После упразднения Временного правительства Департамент государственной безопасности был переименован в Департамент полиции безопасности Литвы, подчиняющийся командующему немецкой полицией безопасности и СД в Литве. Основной целью Литовской полиции безопасности (ЛСП) была борьба с коммунистическим и польским подпольем. В полиции работало около 400 сотрудников (250 из них в Каунасе); к 1943 году это число возросло до 886 сотрудников.