Указом от 17 июля 1941 года было объявлено, что рейхскомиссариат Остланд был сформирован «из бывших независимых стран Литвы, Латвии, Эстонии» и Беларуси. Верховный президент и гауляйтер провинции Шлезвиг-Гольштейн Хинрих Лозе был назначен рейхскомиссаром гражданского правительства Остланда. Его резиденция находилась в Риге. Рейхскомиссариат Остланд был разделен на генеральные округа Литвы, Латвии, Эстонии и Беларуси. Генеральные комиссары (Теодор Адриан фон Рентайн, Отто Дрехслер, Карл Лицманн и Вильгельм Ими управлял Куб соответственно). Они подчинялись рейхскомиссару Остланда Лозе. Границы генеральных округов не всегда совпадали с границами бывших советских республик. Например, восточная часть Беларуси оставалась под военным управлением на протяжении всего периода немецкой оккупации. Генеральный округ Литвы был разделен на четыре сельских округа (Landgebiet) — Вильнюс, Каунас, Шяуляй и Паневежис, и два городских округа — Вильнюс и Каунас. Власти округов подчинялись окружным комиссарам (Gebietskommissare). Хорст Вульф был комиссаром Вильнюсского округа, Ханс Хингст — города Вильнюса, Арнольд Ленцен — Каунасского района, Ханс Крамер — города Каунас, Ханс Гевеке — Шяуляйского района и Вальтер Нойм — Паневежисского района. Окружной комиссар обладал исполнительной, законодательной и судебной властью региона; ему подчинялись полиция порядка и жандармерия. Полиция безопасности и СД не подчинялись окружным комиссарам.
Лозе принял руководство Остландом 25 июля 1941 года, а три дня спустя (28 июля) выпустил воззвание «К литовцам!», в котором объявил, что указом Гитлера от 17 июля 1941 года он был назначен рейхскомиссаром Остланда, а доктор А. Т. фон Рентайн — генеральным комиссаром Литвы. Лозе приказал населению Литвы полностью выполнять все приказы правительства Рейха. Он призвал жителей Литвы сотрудничать с немецкими властями и совместно бороться против мирового врага (Weltfeind) большевизма.
Полномочия гражданского правительства в Остланде были определены указом Лозе от 18 августа 1941 года. В пункте 2 постановления говорится, что гражданские власти Германии будут издавать постановления для гражданских лиц на территории Остланда. В постановлении объявлялось, что гражданское правительство Германии завладело всем движимым и недвижимым имуществом общественных объединений, союзных объединений и групп в регионах, находящихся в ведении правительства Рейхскомиссар Остланда ; он сохранил за собой право реструктурировать собственность и имущественные отношения; что немецкая армия должна управлять имуществом советской армии; и официальным языком в пределах рейхскомиссариата Остланд был немецкий, но в каждом регионе в целом можно было использовать язык страны.
Компетенция генеральных комиссаров в Остланде была определена в изданных 3 сентября 1941 года инструкциях — Коричневой папке имперского министерства по делам оккупированных восточных территорий. В нем перечислялись наиболее важные задачи институтов гражданских властей Германии: 1) полицейский надзор, 2) рациональное использование рабочей силы, обеспечивающей армию Германии и военную экономику Германии, 3) снабжение местного населения; 4) гарантия функционирования транспортных систем и коммуникаций, 5) контроль над гражданским населением и их использование для решения задач немецкой администрации и 6) ликвидация враждебных организаций.
Главное политическое управление Генерального комиссариата готовило проекты законов и других нормативных актов для администрации Литвы и отвечало за общую политику немецких оккупационных властей в Литве. Главное экономическое подразделение контролировало промышленность и торговлю, распределение сельскохозяйственных обязательств и сбор сельскохозяйственной продукции. это подразделение в Литве имело свою собственную сеть должностных лиц, этому подразделению подчинялись уполномоченные инспекторы по производству и торговле, работающие в округах, управляющие экономикой округов, управляющие сельским хозяйством округов и другие должностные лица, которые организовывали и контролировали использование литовской экономики в интересах рейха. Подразделение трудовой политики и социального обеспечения, контролируемое районными агентствами занятости, (Arbeitsamt), вело учет работающих людей и организовывало мобилизацию населения на работу в Германии и Литве. Отдел культуры и образования контролировал работу литовских образовательных, научных и культурных учреждений и проводил политику германизации в области культуры и образования. У генерального комиссара был большой правительственный аппарат — только в Каунасе насчитывалось 370-380 чиновников, и позже их число немного увеличилось.