В глобальных планах Третьего рейха Литва не играла самостоятельной роли. В целом, для Гитлера Литва была слишком скудным объектом для дискуссий, и он не говорил более широко о судьбе Литвы или литовской нации. Он не видел и не хотел видеть никаких этнических, культурных или экономических различий и разнородности в Советском Союзе. Создание оккупационных административных единиц по национальному признаку для Гитлера означало не признание самобытности оккупированных земель, а скорее средство для облегчения управления этими странами. Национальные и этнические различия должны были помочь в достижении самой важной цели — превосходства Германии. По мнению Гитлера, германизация завоеванных народов была неправильной политикой, потому что это привело бы к смешению рас и вырождению. Требовалась германизация земли, а не народа, то есть заселение новых территорий людьми немецкой крови и устранение «инородных элементов из уважения к расе».
В 1940 году Высшее управление безопасности рейха (Reichssicherheitshauptamt, RSSH) приступило к разработке генерального плана для Востока (Ost) — программы господства Германии в Восточной Европе. Согласно авторам (должностным лицам RSSH) первого плана «Ост», за 30-летний период 80-85% поляков из Польши и европейской части Советского Союза, 65% жителей Западной Украины, 75% жителей Беларуси и большинство населения стран Балтии должны были быть переселены. В общей сложности планировалось депортировать в Западную Сибирь 31 миллион человек, оставив население в 14-15 миллионов. Планировалось германизировать часть оставшегося населения, остальные должны были стать дешевой рабочей силой. Миллионы немцев должны были быть поселены на месте депортированного местного населения. Первый план «Ост» предусматривал колонизацию стран Балтии, Крыма, Западной Украины, части Польши, Приднестровья, а также Ленинградской, Псковской и Новгородской областей.
8 мая 1941 года Альфред Розенберг, представитель централизованного руководящего совета по космическим вопросам Восточной Европы, подготовил специальные инструкции для рейхскомиссара по Остланду. Они сказали, что в течение 700 лет районы между Нарвой и Тильзитом поддерживали тесные отношения с немецкой нацией, и, несмотря на всевозможные угрозы со стороны русских, эти районы сформировали немецкое жизненное пространство (Lebensraum). Задачей рейхскомиссара по Остланду, следовательно, было стремиться превратить эту территорию в часть Великого Германского рейха (Grossdeutsches Reich). «Балтийское море должно стать внутренним озером Германии, находящимся под защитой Великой Германии». Розенберг считал эстонский народ, сильно онемеченный датской, немецкой и шведской кровью, родственником немцев и ценной нацией в расовом отношении. Латышский и литовский народы были менее пригодны для ассимиляции, поэтому планировалось переселить больше неподходящих людей из Латвии и Литвы. Как и поляки из региона Варта, они должны были быть депортированы в Смоленскую область и образовать защитный слой от русских.
До самого нападения на Советский Союз Гитлер еще не принял твердого решения относительно управления оккупированными странами Балтии. Он колебался между немецким протекторатом и аннексией. После успешного начала войны на совещании 16 июля 1941 года во время обсуждения целей оккупационной политики и сфер компетенции учреждений также обсуждалось управление оккупированными территориями. В своей вступительной речи Гитлер подчеркнул, что Прибалтийские страны, Белостокская область, Крым, Галиция, Баку, Саратовская область и Кольский полуостров должны быть присоединены к Германии. «Все страны Балтии должны стать частью Рейха». Гитлер сказал. Более того, он посоветовал, что цели войны с Германией не должны объявляться открыто, но необходимо придерживаться линии действий и проводить все необходимые «работы», такие как массовые расстрелы, депортации и т.д. Большинство присутствовавших на встрече согласились с планом Гитлера ввести прямой немецкий оккупационный режим, а не восстанавливать национальные государства на оккупированной территории СССР.
Репрессивные органы Германии (СС, Полиция безопасности и SD) были озабочены не только безопасностью нацистского государства и правительства, разоблачением врагов, но, что наиболее важно, разрабатывали и приводили в исполнение глобальные планы по уничтожению и германизации завоеванных народов. Еще до нападения на Советский Союз руководство Третьего рейха решило осуществить массовое уничтожение евреев, цыган, людей с неизлечимыми заболеваниями или психическими расстройствами, политических комиссаров, должностных лиц советского правительства и коммунистической партии, а также участников движения сопротивления.
Военное оккупационное правительство Германии