Вильнюс оказался в зоне операции под контролем другой немецкой армии и в период существования нацистской военной администрации в Литве юрисдикция Временного правительства на него не распространялась. Здесь был создан Комитет граждан города Вильнюса и области (позже — Комитет). Доцент Вильнюсского университета Стасис Жакявичюс был избран его председателем. Комитет назначил временных администраторов и начал выпуск газеты «Naujoji Lietuva» («Новая Литва»). Одной из первых задач Комитета было предотвратить «разграбление государственной собственности и другие беспорядки». 24 июня Жакявичюс и военный комендант города Вильнюса Карл фон Остман подписали указ о введении военного положения с 25 июня. В то же время было сделано заявление о сотрудничестве между военным руководством Германии и Комитетом в издании приказов и декретов. Администратору внутренних дел Костасу Календре было поручено организовать местные органы власти и полицию в Вильнюсском регионе — районах Вильнюс, Швенчионис и Тракай.
Немецкие военные власти тесно сотрудничали с Комитетом. Хотя функции последнего были очень ограниченными, ему было разрешено заниматься некоторыми социальными и экономическими вопросами. Уже в первую неделю войны коллеги по Комитету были вынуждены подписать обязательство «помогать немецкой нации в ее борьбе со смертельным врагом Европы — большевизмом», пока длилась война, не поднимать никаких политических вопросов и не принимать и не выполнять никаких инструкций, не согласованных с «соответствующими учреждениями немецкой армии». Работа Комитета осложнялась тем фактом, что его контакты с Временным правительством были очень слабыми. Дж. Амбразявичюс также подчеркивается следующее: «Находясь в зоне действий другой армии и получая четкие инструкции от коменданта Вильнюса не выполнять приказы Временного правительства Литвы, проживающий в Каунасе, Вильнюсский временный комитет не смог установить прочных связей с правительством».
Во время восстания в районах постепенно восстанавливались институты местной администрации. Всем бывшим чиновникам времен Литовской Республики пришлось вернуться на свои прежние рабочие места. Бывшие чиновники и повстанцы, не дожидаясь указаний из некоторых вышестоящих инстанций, учредили различные комитеты, сформировали органы местной администрации и создали полицию. Например, в Лаздиджае 23 июня собрание «местной интеллигенции города» избрало Временный комитет. 28 июня активисты в Йонишкисе учредили Комитет по поддержанию обороны и порядка в городе. Эти активисты создали органы местного самоуправления города и сельского округа, а также городскую полицию, участвовали в боях против Красной Армии и собирали военное имущество и многое другое. Позже, после получения информации от каунасского LAF, они создали различные комиссии: по персоналу, управлению делами евреев, допросам, экономической пропаганде, порядку и безопасности. Аналогичные события произошли в других местах Литвы. Спонтанно восстановленные институты де-факто, во многих случаях без внесения каких-либо изменений, позже стали институтами де-юре.
Существование Временного правительства было событием, беспрецедентным во всем бывшем Советском Союзе. В этом контексте можно упомянуть только акт восстановления украинского государства, провозглашенный 30 июня 1941 года Степаном Бандерой от имени Организации украинских националистов (Organizacya ukrainskich nacionalistov, ОУН) и правительство под руководством Ярослава Стецько, созданное в украинском городе Львове 30 июня 1941 года. Однако организаторы были арестованы 9 июля, Бандера и Стекко вместе с другими членами правительства были депортированы в Германию.