В Литве нацистское военное правительство не предпринимало никаких решительных действий против Временного правительства. Гражданское управление Литвой литовскими учреждениями не беспокоило военных, но было даже полезно, потому что армия не была склонна брать в свои руки эти функции, изначально ей чуждые. Однако военные власти контролировали деятельность Временного правительства, провозгласили верховенство немецких законов, и для переходного периода этого было достаточно. С другой стороны, законы и решения, принятые правительством, практически не применялись на практике. Законы о разгосударствлении были, по сути, декларативными. Тем не менее, принятие законов, дискриминирующих евреев, создание концентрационных лагерей для евреев, безразличие к уничтожению евреев (не было принято публичных заявлений, осуждающих такое отношение, бесконтрольное вовлечение подчиненных воинских частей в действия, проводимые немецкой полицией безопасности) поддерживали антисемитские настроения в литовском обществе того времени. Временное правительство не контролировало ситуацию в Вильнюсе. К его решениям прислушивались в Каунасе и сельской местности, если они не противоречили интересам немецких военных (позже гражданских) властей. Большинство решений и законов, принятых Временным правительством, остались только на бумаге. Восстановленная литовская администрация, Временное правительство очень быстро утратило реальные возможности контролировать ситуацию в Литве. Независимость была провозглашена, но не была реализована в реальности.
Судьба Временного правительства, Комитета была определена во второй половине июля 1941 года, когда в Литве была введена гражданская администрация немцев. Назначенный Генеральным комиссаром Литвы Адриан Теодор фон Рентайн объявил, что деятельность Временного правительства прекращена и введен институт генеральных советников. Lieut.-Gen. Первым генеральным юрисконсультом был назначен Петрас Кубилюнас.
У правительства не было другого выбора, кроме как прекратить свою деятельность 5 августа. Однако возможность продемонстрировать решимость и противодействие предлагаемой реорганизации правительства была использована. 9 августа Амбразявичюс написал письмо фон Рентайну, в котором подчеркнул необходимость независимости Литвы, хотя и не без уступок немцам. Большинство министров, которые не согласились оставаться генеральными советниками, подали в отставку; министерства были упразднены. 13 августа фон Рентайн подписал приказ о роспуске Временного правительства. Комитет граждан города Вильнюса и области просуществовал дольше, прежде всего потому, что не проявлял никаких стремлений к политической власти: приказом генерального комиссара фон Рентайна его деятельность была прекращена 15 сентября того же года.
В то время, когда Временное правительство было освобождено, группы повстанцев и активистов были разоружены и реорганизованы, а нацисты взяли на себя их руководство, организация LAF почувствовала необходимость выступить и выступила против гражданского правительства Германии: она критиковала прекращение деятельности Временного правительства, ограничения на работу высших школ, выразила свое недовольство тем, что не разрешалось исполнять государственный гимн Литвы, что национальный флаг был приспущен на холме Гедиминаса в Вильнюсе и так далее. Долго ждать реакции на эти жалобы не пришлось: приказом Генерального комиссара 26 сентября LAF был закрыт, а его имущество конфисковано. Только одной литовской организации, пронацистской Литовской националистической партии (LNP), все еще было разрешено функционировать. Однако даже она была активна короткое время. В декабре 1941 года Генеральный комиссар Литвы издал приказ о роспуске всех партий. После запрета LNP деятельность легальных организаций в Литве прекратилась.
Нацистский оккупационный режим
Планы Третьего рейха в отношении Литвы
Нацистская Германия не создала прочной и подробной концепции управления оккупированными странами Восточной Европы, но речи лидеров Третьего рейха и нацистская политика на оккупированных землях, по сути, позволяют реконструировать планы нацистов и судьбу восточноевропейских народов после победы Германии в войне. Исследователи нацистской оккупационной политики отмечают, что нацистская экспансия развивалась не столько в соответствии с единым планом ведения войны, сколько в соответствии с соответствующими условиями и требованиями ситуации. По мнению Гитлера, важнее было выиграть войну против Советского Союза и Великобритании, и только потом принимать решение о судьбе завоеванных земель и народов. Нацистской прессе было даже запрещено обсуждать вопросы послевоенного политического устройства и управления Европой, потому что это могло ухудшить ситуацию на оккупированных нацистами территориях и усложнить управление и эксплуатацию оккупированных земель.