Немецкая армия оккупировала Литву в первую неделю войны. С продвижением вермахта дальше на восток Литва стала армейским тылом (Ruckwartiges Heeresgebiet). Генерал Карл фон Рокес, командующий армейским тылом, был главой военной администрации Прибалтики. Генеральный штаб базировался в Каунасе до 17 июля 1941 года, но позже был переведен в Ригу. Военной администрации было запрещено решать какие-либо важные политические вопросы.
Две полевые комендатуры военного правительства (Feldkommandantur) были размещены в Литве — в Каунасе и Вильнюсе. Западная часть Литвы находилась под контролем полевой комендатуры 821-й группы армий «Север» в Каунасе. Первоначально ее возглавлял генерал-майор Роберт фон Пол, бывший австрийский военный атташе в Берлине. Каунасская полевая комендатура контролировала 609-й (в Каунасе) и 307-й (в Шяуляе) охранные батальоны. 403-я охранная дивизия группы армий «Центр» под командованием Вольфганга фон Дитфурта оккупировала районы восточной Литвы и соседней Белоруссии. В Вильнюсе была создана 749-я (позже она стала 814-й) полевая комендатура. С конца августа 1941 года вся территория Литвы находилась под командованием коменданта Роберта фон Поля из службы безопасности армейского тыла в Литве. 1 ноября 1941 года Эмиль Жюст, бывший военный атташе Германии в Литве, был назначен комендантом вместо Поля. Он подчинялся генерал-лейтенанту Фридриху Брамеру, Главнокомандующий вооруженными силами в Остланде, базирующийся в Риге. Местные комендатуры действовали в небольших городах Литвы. В полевых комендатурах военного правительства было 12 офицеров и 40 унтер-офицеров и рядовых, в то время как в местных комендатурах было 2-3 офицера и 12-20 рядовых. В крупных городах полевые комендатуры контролировали 1-2 батальона безопасности, а местные комендатуры контролировали войска безопасности. Более того, подразделения тайной полевой полиции и жандармерии также подчинялись полевым комендатурам. Военные органы должны были поддерживать мир за линией фронта, обеспечивать безопасность, защищать военные объекты и железные дороги, а также бороться с повстанцами и саботажниками. Литва управлялась военной администрацией до введения гражданского правительства Германии (25 июля 1941 года). По приказу военных комендантов были взяты заложники, расстреляны гражданские лица и военнопленные, разграблены государственные и кооперативные склады, установлены цены и курс валюты, захвачены здания и квартиры, реквизированы лошади и запасы продовольствия, установлен комендантский час и т.д. Военно-полевые коменданты обладали неограниченной властью на подчиненной им территории. В первые дни оккупации (25-26 июня) немецкие военные коменданты в Каунасе и Вильнюсе установили обменный курс между маркой и рублем (1 марка Рейха [RM] была равна 10 рублям). Всем магазинам было запрещено повышать цены. Таким образом, немецкая армия и военная администрация также установили условия, позволяющие им покупать товары в литовских магазинах и на складах по очень низким ценам, и литовский народ снова был ограблен.
Правление немецкой военной администрации закончилось 28 июля 1941 года, в тот день в Каунас прибыл рейхскомиссар Остланда Ханс Хинрих Лозе, который издал прокламацию о введении гражданского правительства Германии в Литве. Месячное военное правление Литвы закончилось. Хотя военная администрация не признала Временное правительство Литвы, она не отказалась сотрудничать с литовскими правительственными учреждениями. Военные власти меньше вмешивались в работу местных учреждений, чем позднее гражданское правительство Германии. Военные власти Германии больше всего заботились о поддержании безопасности и снабжении вооруженных сил. В результате при рассмотрении гражданских дел литовские власти обладали относительно большой свободой.
Гражданское правительство во время оккупации
Секретным указом от 17 июля 1941 года «Об управлении недавно оккупированными восточными территориями» Гитлер объявил об учреждении гражданского правительства в оккупированных восточных регионах. Оккупированные территории были разделены на рейхскомиссариаты, которые подразделялись на общие области и округа. Гитлер назначал рейхскомиссаров и генеральных комиссаров, в то время как Розенберг — руководителей основных подразделений рейхскомиссариатов и окружных комиссаров.