В середине февраля 1944 года генерал Плечавичюс заключил соглашение с немцами о том, что LTDF будут подчиняться непосредственно ему и нигде больше не будут использоваться без его согласия; силы обороны будут действовать только на территории Литвы, а их офицеры и солдаты будут носить литовские эмблемы. Планировалось сформировать 20 батальонов LTDF и создать военную школу и училища сержантов. Гражданские власти Германии пообещали, что во время создания LTDF вербовка молодежи для работы в Германии осуществляться не будет.
16 февраля 1944 года по радио генерал Плечавичюс пригласил литовских мужчин вступать в LTDF под его командованием, подчеркнув, что силы обороны будут действовать в Литве и их важнейшей задачей является борьба с «бандитизмом». Литовская подпольная пресса (особенно «Литовский фронт») изначально поддерживала организацию LTDF, поскольку ожидала, что силы обороны станут ядром будущих вооруженных сил Литвы, необходимых для борьбы за восстановление литовского государства и защиты как гражданского населения, так и литовской администрации от террора советских партизан. 16 февраля 1944 года Верховный комитет освобождения Литвы издал воззвание «К литовскому народу!» Пункт восьмой прокламации гласил: «Высоко оценивая важность национальных вооруженных сил в борьбе за освобождение Литвы, Комитет полностью поддержит восстановление литовской армии».
Сначала литовская молодежь, воодушевленная своими патриотическими чувствами и обещаниями, что они будут служить в Литве (и их не заберут в Германию или на Восточный фронт), охотно вступала в силы обороны. В период с 21 февраля по 1 марта 1944 года 19 500 человек зарегистрировались для прохождения службы. Было решено сформировать 13 батальонов по 750 солдат.
5 марта 1944 года Остланда Ф. Екельн пригласил П. Кубилюнаса и генерала Плечавичюса в Ригу. Беседы с Йекельном и другими нацистскими чиновниками длились 14 часов. Немцы потребовали немедленного набора 40 000-60 000 вспомогательных добровольцев (Hilfswillige), которые взяли бы на себя тыловую службу всего Северного фронта (от Нарвы до Вильнюса) и вместе освободили тыловые подразделения вермахта для переброски на передовую. Взамен немцы пообещали остановить депортацию 100 000 литовцев в Германию на заработки. Большинство литовских офицеров были против организации вспомогательных добровольцев и их использования в Эстонии и Латвии. 8 марта Генеральные советники Литвы также выступили против подразделений HilfswiUige и предложили вместо них организовать несколько дивизий не под руководством немецкого генерального инспектора, а под руководством командующего армией Литвы.
С ослаблением немецкой обороны на востоке немцы выдвинули новые, более высокие требования к литовской администрации и генералу Плечавичюсу. Становилось все более очевидным, что неизбежно будет объявлена новая мобилизация; в противном случае LTDF будут ликвидированы. 28 апреля 1944 года генерал Плечавичюс объявил мобилизацию, и литовская подпольная пресса начала активную кампанию против новой нацистской мобилизации. Накануне объявления мобилизации генерал Плечавичюс созвал окружных комендантов LTDF и отдал им секретный приказ бойкотировать мобилизацию, в результате чего новая мобилизация провалилась. Зарегистрировались только 3-5% мужчин призывного возраста, и многие из них были недостаточно здоровы.
9 мая 1944 года новый командующий СС и полицией Литвы Курт Хинце вручил генералу Плечавичюсу приказ Екельнса, согласно которому батальоны LTDF и комендатуры передавались под контроль СС и немецких региональных комиссаров, и им будет оказана «честь» носить форму СС и отдавать честь поднятием руки. Возмущенный таким решением нацистов, генерал Плечавичюс отказался ехать в Хинце и передал свое решение не служить в частях СС через начальника штаба СС Оскараса Урбонаса.
Нацистских репрессий долго ждать не пришлось. 15 мая 1944 года Екельн и Хинце прибыли в Каунас и начали организовывать ликвидацию генерал-лейтенанта Плечавичюса, а сотрудники LTDF (23 офицера) были арестованы и доставлены в концентрационный лагерь Саласпилс под Ригой. 17, 18 и 21 мая 1944 года нацисты казнили около 80 солдат LTDF в Панериае, остальных солдат разоружили и арестовали. Всего 106 курсантов LTDF были отправлены в концентрационный лагерь Штуттгоф, 983 солдата — в Ольденбург. Из 10 000 солдат LTDF нацисты арестовали около 3500; большинство арестованных были отправлены в Германию и переданы службе противовоздушной обороны.
История LTDF была последней серьезной попыткой нацистов провести массовую военную мобилизацию в Литве и взять на себя руководство большой группой молодых литовцев, пригодных для военной службы. Однако эта мобилизация также провалилась. Во время мобилизаций 1943-1944 годов нацистам не удалось сформировать литовское военное подразделение размером хотя бы с дивизию, которое можно было бы отправить на Восточный или Западный фронт.