Назначение Хантера было утверждено 6 февраля 1794 г. Плавание же началось 15 февраля 1795 г.: целый год тянулись приготовления. В составе большого конвоя «Уверенность» и «Снабжение» миновали Ла-Манш и вышли на простор Атлантического океана. На борту «Снабжения» помимо всяких припасов находились городские часы, которые предполагалось установить в Сиднее, и ветряная мельница в разобранном виде.
Хантер опасался делать остановку в голландских владениях на юге Африки, поскольку Голландия в то время была союзницей Франции. Поэтому он решил идти к берегам Бразилии и там запастись всем необходимым для безостановочного плавания в Сидней. 6 марта корабли подошли к острову Тенерифе в группе Канарских островов, откуда Флиндерс послал своим сестрам письма, которые отражали приподнятое настроение двадцатилетнего моряка. «Маленький Сэмюэл, — сообщал он, — прекрасно перенес все штормы и ни в коей мере не утратил того высокого духа, который привел его на борт корабля вместе со мной». Врач из Донингтона вряд ли мог надеяться, что младший сын унаследует его профессию.
Надо сказать, что на борту «Уверенности» находился еще один линкольнширец — приятель Мэтью — Джордж Басс. Он участвовал в плавании как судовой врач. Басс также был охвачен идеей исследования новых земель. Помимо медицины он обладал обширными знаниями в ботанике и зоологии. Позднее Басс писал Бэнксу, что предпринял поездку в Новый Южный Уэльс «с откровенным намерением исследовать страну в большей мере, чем это было сделано кем-либо из наших предшественников».
В Рио-де-Жанейро англичане запаслись продовольствием и водой на долгое путешествие. Плавание прошло благополучно. 7 сентября 1795 г. корабли прибыли в Сидней.
Интересно отметить, что Флиндерс, многие сотни страниц посвятивший описанию исследований пятого континента, ни словом не упоминает об условиях жизни в Новом Южном Уэльсе. Надо полагать, что Флиндерс поступал так из осторожности. За время пребывания Флиндерса в Новом Южном Уэльсе положение там не только не улучшилось, но еще больше осложнилось.
Вместе с А. Филлипом в 1792 г. в Англию вернулся и отряд военных моряков, несший охранную службу. Единственной вооруженной силой в колонии стал полк Нового Южного Уэльса, солдаты которого начали прибывать в Австралию с 1791 г. Этот полк в основном формировался из солдат и офицеров, скомпрометировавших себя на прежнем месте службы воровством, пьянством и т. п. либо выпущенных из военных тюрем, где они отбывали наказание за различные уголовные преступления.
После отъезда Филлипа обязанности губернатора колонии стал исполнять командир полка майор Фрэнсис Гроуз.
На все гражданские должности он назначал своих офицеров, раздавал военным землю и заключенных для обработки полученных участков. Всего он роздал свыше 10 тыс. акров.
250 акров первоклассной земли в районе Парраматты получил один из офицеров полка — Джон Маккартур («отец австралийского овцеводства»). В то время 1 он занимал пост инспектора общественных работ, в его распоряжении находилась вся рабочая сила колонии. Маккартур распределял заключенных для работы на фермах и вершил над ними суд по своему усмотрению. Не забывал он и собственные интересы, широко используя труд заключенных на принадлежавших ему землях. Немудрено, что через два года Дж. Маккартур стал богатейшим человеком Нового Южного Уэльса.
Вскоре власть в Новом Южном Уэльсе перешла в руки офицеров полка. Они монополизировали все торговые операции колонии, и прежде всего торговлю спиртными напитками. Офицеры заставляли заключенных гнать для них спирт и продавали его по баснословно высоким ценам. Доход от продажи спирта достигал 500 %. Видя это, изготовлением спирта занялись заключенные, отбывшие наказание и получившие земельные участки, а также солдаты полка. На эти цели шло зерно, предназначенное для приготовления хлеба.
«В этом новом маленьком земном аду, которым являлся ранний Сидней, — писал очевидец, — люди превыше всего жаждали рома. Ради рома наиболее жестокие из заключенных по ночам убивали и грабили тех, кто его имел. Ромом они платили публичным женщинам… Ради рома они шпионили друг за другом и предавали друг друга солдатам и палачам».
Офицеры вскладчину покупали все товары, привозимые в колонию британскими судами, и перепродавали их населению, получая от этих операций до 300 % прибыли.
Довольно скоро почти все заключенные работали на землях, принадлежавших офицерам полка. По существу, это был рабский труд, с той лишь разницей, что рабовладельцы сами кормили своих рабов, а заключенные, работавшие на офицеров, находились на государственном обеспечении.
Дж. Маккартур писал своему брату: «Изменения, которые мы осуществили со времени отъезда губернатора Филлипа, так велики и необычны, что рассказ о них может показаться неправдоподобным».