Дальнейшее плавание вдоль западного побережья залива Карпентария шло относительно спокойно. Были лишь два неприятных случая. 3 января 1803 г. утонул матрос Уильям Муррей, а 21 января был убит аборигенами другой член экипажа — Уильям Уайтвуд.
3 февраля «Исследователь» подошел к заливу Каледон. В течение недели шло исследование его берегов, а затем Флиндерс возобновил плавание. Он очень спешил. Прошло 12 недель после того, как Эйкен и Мэрт вынесли свой приговор «Исследователю». Судну оставалось жить только три месяца.
13 февраля Флиндерс был в бухте, которую он назвал Мелвилл в честь первого лорда Адмиралтейства виконта Мелвилла. Три дня ушло на ее изучение.
16 февраля «Исследователь» пошел дальше в западном направлении.
Флиндерс был совершенно уверен, что «Исследователь» — единственное судно в этих местах. Поэтому он был чрезвычайно удивлен, заметив скопление судов у южных берегов островов, названных им островами Английской компании (в честь британской Ост-Индской компании). Флиндерс насчитал шесть кораблей, стоявших на якоре как раз там, где он сам намеревался бросить якорь. Флиндерс приказал поднять британский флаг. В ответ на кораблях были подняты белые флаги. Флиндерс послал своего брата в сопровождения вооруженных матросов узнать, кому принадлежат суда. Он думал, что наткнулся на пиратское логово. Но возвратившийся Самюэл сказал, что это малайцы под командой некоего Побассо, что их корабли — часть флота в 60 судов, принадлежавших одному из раджей острова Целебес. Они занимаются ловлей трепангов, которых продают китайцам.
Через переводчика Флиндерс узнал, что Побассо впервые побывал в этих местах 26 лет тому назад и после этого был здесь шесть или семь раз. На Флиндерса произвело большое впечатление навигационное искусство Побассо, который совершал столь сложные плавания без каких-либо карт, с помощью лишь карманного компаса. Флиндерс был также удивлен неприхотливостью малайцев. «Они имели месячный запас воды, находившейся в бамбуковых трубках; их еду составлял рис, кокосовые орехи и рыба и небольшое количество кур для вождей», — записал Флиндерс в своем дневнике.
Видя, что малайцы не проявляют никакой враждебности, Флиндерс пригласил Побассо и капитанов малайских судов на «Исследователь». Малайцы рассказали Флиндерсу, что намереваются идти дальше на восток в залив Карпентария для ловли трепангов. Они уверяли, что обычно привозят около 375 тонн трепангов. На вопрос Флиндерса, не видели ли они рек, впадавших в море с континента к западу от залива Карпентария, малайцы ответили отрицательно.
В память о столь удивительной встрече Флиндерс назвал бухту, где стояли малайские суда, Малайским заливом, а близлежащий остров — островом Побассо.
И англичане, и малайцы торопились продолжать свой путь. Поэтому 19 февраля они расстались. Побассо повел свои суда на юго-восток, а Флиндерс — на запад. Он прежде всего решил тщательно исследовать острова Английской компании. Две недели «Исследователь» передвигался от острова к острову, а Флиндерс наносил на карту их расположение.
Завершив эту работу, Флиндерс направился к заливу Арнем. На вельботе он прошел вдоль всего побережья залива, а затем взял курс на острова Уэссел. Время шло быстро. Срок жизни «Исследователя», определенный Эйкеном и Мэртом, пугающе сокращался. Флиндерс должен был окончательно решить, что делать: идти дальше или вернуться назад. После трудных раздумий он принял решение прекратить исследование северного побережья Новой Голландии, но идти не в Сидней, а на северо-запад, к Тимору.