Впрочем, в военные годы внимание и самого Остромысленского переключилось на решение другой научной проблемы. Успешное сотрудничество с предприятием АО «Богатырь» принесло ученому хорошие дивиденды: в 1913 году он открыл собственную фирму «Частная химическая и химико-бактериологическая лаборатория», чтобы заняться исследованиями по второй давно волновавшей его теме — медицинской химии. В частности, его интересовал вопрос иммунологической специфичности и химической природы антител и антигенов. Тогда им была создана теория синтеза антител на антигене как на матрице — потом, в 1930–1960-е годы, такие теории стали очень популярны в иммунологии. Но война потребовала несколько расширить тематику исследований: противником России теперь стала страна, которая на протяжении многих лет была главным поставщиком на российском фармацевтическом рынке. А лекарственные средства для армии столь же необходимы, как снаряды или вооружение. И уже в августе 1914-го Русское физико-химическое общество в Петрограде организовало специальное совещание, посвященное вопросу неотложности создания новых отечественных производств в области лекарственных средств, развития научной базы в этом направлении. В военные годы ученый без устали работал над созданием и исследованием новых лекарственных препаратов для лечения тяжелых инфекционных заболеваний, в частности широко распространенных в то время туберкулеза и проказы. Для борьбы с возбудителями этих инфекций он предложил использовать гинокардовую кислоту и ее производные; для этой же цели исследовал действие антисептиков — пиридиума и пиразолона.
Не вызывает сомнения, что решение уехать из страны было принято Остромысленским сразу после революций 1917 года. Готовясь к отъезду, он стал отсылать в Америку одну за другой заявки на патенты, оформляя таким образом свои дореволюционные разработки в области синтетического каучука и его гомологов. К 1919 году у него уже было несколько свидетельств на использование ряда ароматических аминов в качестве антиокислителей для каучука, а в 1920-м — патент на пластификацию поливинилхлорида, то есть придание ему пластичности при переработке и эксплуатации.
Отъезд тем не менее состоялся только в 1921 году. Задержка была связана с новым этапом в работах по синтезу каучука после совещания ВСНХ в сентябре 1918 года, на котором было принято решение перейти к опытам по получению синтетического каучука в малом заводском масштабе. Были созданы две специализированные опытные станции: одна — на заводе «Красный богатырь» в Москве, другая — на заводе «Красный треугольник» в Петрограде. На первой проверяли метод Остромысленского получения каучука из спирта, на второй испытывали технологию Бориса Васильевича Бызова, по которой каучук получался из нефтяного сырья. На какой-то момент Остромысленский даже поверил, что и с новой властью можно конструктивно сотрудничать.
В 1918–1920 годах он успешно руководил Химико-терапевтической лабораторией Научно-исследовательского химико-фармацевтического института в Москве, продолжая там свои фармацевтические исследования и разрабатывая новый антибактериальный препарат арсенол, коллоидальный раствор мышьяка, и его модификации — арсол и острол. Они заменили на российском рынке известное лекарственное средство против сифилиса сальварсан германского производства, продававшееся также иногда как «препарат 606». Для производства арсола на продажу был создан специализированный химико-фармацевтический завод № 11, который называли иногда заводом Остромысленского. Арсол использовался также для лечения других инфекций — малярии и возвратного тифа. В тяжелые годы Гражданской войны и хозяйственной разрухи арсол и арсенол спасли много жизней.
Крест на всех надеждах поставил Декрет об изобретениях, опубликованный 30 июня 1919 года. Согласно ему все инновации объявлялись собственностью советского государства. Шансов получить патент на технологию производства искусственного каучука в родной стране не оставалось. Осенью 1921 года Остромысленский отправился в Ригу в качестве приват-доцента Латвийского университета на два семестра. Там он прочитал два курса: по химии каучука и химиотерапевтическим препаратам, а потом, в мае 1922-го, по приглашению американской каучуковой компании U. S. Rubber Company переехал в Нью-Йорк.