Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Ультраструктурные, функциональные и геномные данные согласованно свидетельствуют о том, что эукариоты являются археобактериальными химерами. Более того, гены явно бактериального происхождения существенно превышают по численности «архейные» гены. Более того, сравнительный анализ растущей коллекции доступных геномов архей все увереннее показывает, что многие ключевые клеточные системы эукариот существуют в примитивных формах уже у архей. Вариабельность этих систем между разными линиями архей, вместе с филогенезом консервативных белков, говорит о том, что архейный предок эукариот принадлежал к глубокой, возможно вымершей ветви архей с геномом высокой сложности и разработанными клеточными функциями. Недавнее открытие возможного прямого предка убиквитиновой системы в новом архейном геноме говорит о том, что мы можем в настоящее время недооценивать, насколько многие типичные функциональные системы эукариот могли быть представлены в течение эволюции Archaea. Это и другие подобные открытия внушают доверие к «комбинированному сценарию» происхождения эукариот, согласно которому эти заранее сформировавшиеся системы случайно сочетались в архейном хозяине первичного эндосимбионта. Напротив, системы внутренних мембран эукариот – особенно ядро, с его сложным комплексом ядерной поры – не обнаружены у архей и, по-видимому, были собраны, по крайней мере частично, из предковых бактериальных компонентов. Представляется важным, что эукариоты унаследовали развитые, сложно организованные системы от архей (естественно, за исключением митохондрий), тогда как многочисленные бактериальные молекулярные компоненты были в основном унаследованы по одному, a новые молекулярные машины возникли путем рекомбинации. Это различие, по-видимому, отражает асимметрию между хозяином и эндосимбионтом: несмотря на все драматические инновации, сопровождавшие эукариогенез, многие клеточные системы архейного хозяина сохранились и изменялись только эволюционным (плавным) путем, посредством дупликаций и приобретения дополнительных деталей.

Все вместе эти наблюдения, по-видимому, лучше всего совместимы с симбиогенетическим сценарием происхождения эукариот. Согласно этому сценарию, эукариогенез был инициирован эндосимбиозом альфа-протеобактерии с предковыми археями, а система внутренних мембран, в том числе ядро, появилась как защита против вторжения интронов. Более того, остальные ключевые нововведения эукариотической клетки, такие как нонсенс-опосредованный распад ошибочных транскриптов и значительное усложнение убиквитин-зависимой системы деградации аберрантных белков, по-видимому, логически объясняются как дополнительные линии защиты против той же инвазии. Косвенно гипотеза защиты может вносить вклад в понимание эволюции других главных черт эукариот, таких как исчезновение оперонов и переход от кольцевых хромосом к линейным. Подводя итог, можно сказать, что сейчас мы имеем достаточно согласованную, хотя, конечно, слишком схематичную хронику эукариогенеза. Завершая эту главу, я хочу подчеркнуть, что, несмотря на многочисленные детали, остающиеся неясными, история эукариогенеза является идеальной демонстрацией главной темы настоящей книги: взаимодействия между случайностью и необходимостью в эволюции жизни. В самом деле, захват протомитохондриального эндосимбионта, несомненно, был ключевым событием эукариогенеза, и партнеры этого симбиоза были «выбраны» случаем. Тем не менее этот симбиоз, судя по всему, инициировал сложную цепь событий, многие элементы которой были необходимы для того, чтобы обеспечить выживание химерного организма, и мы знаем, что на нашей планете эукариоты действительно выжили и достигли беспрецедентной сложности и разнообразия.

Рекомендуемая дополнительная литература

Doolittle W. F. (1998) You Are What You Eat: A Gene Transfer Ratchet Could Account for Bacterial Genes in Eukaryotic Nuclear Genomes. Trends in Genetics 14: 307–311.

По-видимому, первое описание храповика переноса генов от эндосимбионтов к хозяину, правда в контексте архезойного сценария.

Embley T. M., and W. Martin. (2006) Eukaryotic Evolution, Changes, and Challenges. Nature 440: 623–630.

Глубокий аналитический обзор различных сценариев эукариогенеза в свете представления о том, что все эукариоты обладают митохондриями или МПО.