Три среднеазиатских государства — Таджикистан, Туркмения и Узбекистан — имеют общую границу с Афганистаном. Самая протяженная граница, таджикско-афганская, составляет 1400 км. Советские, а затем российские пограничники несли здесь службу весь ХХ в., вплоть до 2005 г. Особое место в истории Пограничных войск на афганской границе, с точки зрения форм и способов служебно-боевой деятельности, играет временной отрезок с 1979 по 2005 г. Этот 25‑летний промежуток времени можно разделить на четыре периода: первый — 1979–1989 гг.; второй — 1989–1992 гг.; третий — 1992–1997 гг.; четвертый — 1997–2005 гг.
Первый период. Граница, служащая охранным барьером между государствами, незамедлительно реагирует на обострение международных отношений. В связи с вводом Ограниченного контингента советских войск в Афганистан (ОКСВА) в 1979 г., советские пограничники столкнулись с новыми реалиями. Специфика задач, решаемых ОКСВА, сложная обстановка на советско-афганской границе, тактика действий афганских моджахедов потребовали изменения во взглядах на роль, место и задачи советских погранвойск. Впервые в истории советские пограничники были введены на территорию сопредельного иностранного государства.
Перед подразделениями Среднеазиатского пограничного округа (Туркмения, Узбекистан, Таджикистан) была поставлена задача создания системы охраны 100–километровой зоны вдоль границы в глубине сопредельного государства. Погранвойска стали выполнять несвойственные для них функции: одновременно с охраной госграницы они участвовали в ведении боевых действий, а также находились в прямом контакте с афганским населением.
Решение поставленных задач потребовало значительных организационно — штатных изменений, связанных с созданием новых структур управления и подразделений, способных решать задачи в боевой обстановке: формировались отдельные авиационные полки и эскадрильи, десантно-штурмовые и мотоманевренные группы, артиллерийские и инженерно-саперные подразделения, создавались передвижные госпитали и расширялись существующие в приграничных районах СССР, формировались учебные центры в среднеазиатских республиках. Пограничники получили дополнительные виды вооружения и техники.
Изменилась тактика действий — основной формой служебно-боевой деятельности стали проведение войсковых операций, засадные и рейдовые действия, зачистка местности, сопровождение колонн и обеспечение их безопасности в зоне ответственности погранвойск, проведение агитационно-массовых мероприятий среди местного населения, было введено понятие «психологическая борьба».
На внутреннем рубеже пограничники охраняли госграницу традиционными способами, находясь в готовности к отражению выхода вооруженных отрядов при попытке их укрытия на территории среднеазиатских республик.
Второй период. Произошло расформирование выведенных из Афганистана подразделений, за счет них были усилены существующие пограничные отряды и заставы по линии границы с внутренней стороны СССР. Но эта реорганизация продлилась недолго и была остановлена в связи с общеполитическими переменами в стране.
После упразднения КГБ СССР в декабре 1991 г. Главное управление пограничных войск было преобразовано в Комитет по охране государственной границы. В октябре 1992 г. эта структура была также упразднена и Указом Президента России были образованы Пограничные войска Российской Федерации. Спустя год (30 декабря 1993 г.) они были преобразованы в Федеральную пограничную службу Российской Федерации (ФПС РФ).
В связи с распадом СССР началось «брожение» в республиканских пограничных войсках, которые стали на путь суверенизации, Москва же не определилась в отношении проводимой пограничной политики в ставших суверенными республиках. Это резко сказалось на боеготовности погранвойск, плотности охраны границы и морально-политическом состоянии личного состава. В Республике Таджикистан (РТ) это проявилось наиболее ярко.
Возникшие в Таджикистане в начале 1990–х гг. политические проблемы (война сторонников существующего политического строя и групп, ориентирующихся на исламскую модель развития) привели к гражданскому вооружённому противостоянию, что угрожало безопасности южных границ Содружества Независимых Государств (СНГ). Российские пограничники продолжали нести охрану афганской границы. Но в 1992 г., к моменту начала гражданской войны в Таджикистане, пограничные подразделения оказались укомплектованными личным составом на 60–70 %.