Конфликт разгорался, из Таджикистана в Афганистан хлынул поток беженцев. Граница активно использовалась воюющими сторонами для приобретения оружия и переправки различного рода контрабанды. В разгар вооруженного противостояния некоторые российские погранзаставы были блокированы вооруженными группировками боевиков. Большое давление оказывалось и на самих пограничников: от требований передачи оружия до угроз физической расправы над их семьями. Для прикрытия границы при переходе вооруженных формирований и беженцев в Исламское Государство Афганистан (ИРА) пограничники были вынуждены взаимодействовать с воздушно-десантными войсками: в Пянджский и Московский районы РТ была переброшена Ферганская воздушно-десантная бригада, привлекался частично Ошский десантный полк и подразделениями 201-й мотострелковой дивизии.
Фактически ввязанные в чужую братоубийственную войну российские военные были отрезаны от России. В связи с неясностью относительно будущей принадлежности погранвойск, произошел массовый отток кадровых офицеров — пограничников в Беларусь, на Украину, в республики Закавказья.
Указом президента Российской Федерации от 24 августа и 19 сентября 1992 г. пограничные войска и армейские воинские части на территории Таджикистана были взяты под юрисдикцию России. На границу в спешном порядке начало прибывать подкрепление. 19 октября 1992 г. приказом министра безопасности РФ В.П. Баранникова на базе оперативно-войскового отдела Краснознамённого Среднеазиатского пограничного отряда (КСАПО) была создана Краснознамённая пограничная группа Российской Федерации в Республике Таджикистан.
Третий период. В октябре 1992 г. по инициативе Б.Н. Ельцина и с участием его личного представителя прошла встреча руководителей государств Средней Азии, на которой было принято решение о коллективной обороне таджикско-афганской границы как границы Содружества Независимых Государств. Спустя месяц Э.Ш. Рахмонов заявил об окончании гражданской войны в республике[501]
. Само словосочетание «гражданская война» исчезло со страниц местных газет, лишь периодически появляясь на страницах независимых зарубежных изданий. Но военные действия продолжалась, как внутри республики, так и на границе.Формирования таджикской оппозиции создали «Правительство в изгнании» с резиденцией в г. Талукан афганской провинции Тахор[502]
. Обстановка на таджикско-афганской границе приобретала всё более напряженный характер. В связи с этим и особенно после нападения боевиков на 12‑ю заставу Московского пограничного отряда в июле 1993 г.[503] началось наращивание группировки погранвойск: увеличивалась численность погранзастав, на боевую стажировку сроком на 6 месяцев перебрасывались дополнительные резервы из других пограничных округов РФ.Одним из сложнейших пограничных участков был Памир. В ходе гражданской войны памирцы, проживавшие в Душанбе и прилегающих районах, вернулись на родину, что увеличило численность населения Горно-Бадахшанской автономной области (ГБАО). Только в столице ГБАО г. Хороге она возросла в 2 раза и превысила 30 тыс. человек. Ярко выраженным стало оппозиционное противостояние памирцев центральной власти Душанбе и проводимой ею политике. Географический фактор (горная местность, наличие неконтролируемых бродов по реке Пяндж) способствовал налаживанию каналов связи с оппозицией, находящейся на территории ИГА. Характерной особенностью Памира было противостояние пограничникам вооруженных отрядов как со стороны Афганистана, так и в населенных пунктах на территории ГБАО в непосредственной близости от линии границы (Ванч, Язгулём, Хорог). Небольшое число погранзастав не позволяло эффективно решать задачи прикрытия госграницы.
В то же время погранвойска на Памире (в силу слабости местных органов власти) остались единственной силой, способной не только противостоять вооруженным отрядам боевиков, но и поддерживать материально памирцев, особенно в период блокады. Многие семьи бадахшанцев выживали за счет того, что их дети несли службу в российских пограничных структурах. В 1994 г. на памирском участке было проведено усиление границы, для прикрытия этого важнейшего направления был создан Хорогский ОВО, сформирован новый Калай-Хумбский пограничный отряд.
На равнинных участках (Пянджский и Московский погранотряды) был осуществлён переход от тактики охраны к обороне и охране границы. Выставлялись дополнительные временные и стационарные погранпосты. Пограничники выходили на охрану в укрупненном составе по 10–12 человек, по возможности — на бронетехнике (БТР, БМП).
За счет повышения плотности охраны и выработки тактики, адекватной действиям формирований Объединённой таджикской оппозиции (ОТО), к 1995–1996 гг. удалось стабилизировать обстановку на Пянджском и Московском направлениях и снизить вероятность прорывов крупных вооруженных групп через границу.