По приказу Бурхарда тело покойного обмывают, одевают в белую с золотом ризу и кладут на катафалк, покрытый темно-красным атласом. Последние знаки внимания, оказанные Александру VI, не были следствием любви к понтифику, а являлись результатом четкого исполнения обязанностей со стороны церемониймейстера из Страсбурга. В таком виде тело переносят из разграбленных апартаментов в Зал попугая, куда пришли кое-кто из членов семейства; безусловно, Джофре, а может, и Ванноцца Катанеи. К вечеру, как и положено, тело на открытом катафалке было выставлено перед входом в собор Святого Петра, чтобы люди могли проститься с понтификом. От долгого пребывания на жаре тело начало разлагаться. Исказились черты лица; тело почернело и распухло, превратившись в безобразные останки, в которых уже не угадывалось не только вышеупомянутого понтифика, но и вообще ничего человеческого. Казалось, подтверждением всех этих страшных историй о договорах с дьяволом, жутких видениях и злых духах является это разложившееся тело. В результате те, кто прошел через собор Святого Петра, с привычным наслаждением начинают распространять умопомрачительные истории, а ведь люди готовы поверить во что угодно. Наконец, исходя из гуманных соображений и вспомнив о приличиях, разложившееся тело прикрывают. Поздно вечером при свете нескольких факелов состоялись похороны. Тело понтифика в сопровождении епископа Каринолы и нескольких прелатов похоронили в маленькой церкви Сайта Мария-делла-Феббри, где покоилось тело убитого тремя годами раньше герцога де Бисельи. Сцена похорон представляла кошмарное зрелище. Тело папы к этому моменту настолько распухло, что его никак не удавалось положить в гроб. Два здоровых могильщика силой стали запихивать его в гроб. Яркий неровный свет усиливал ужасную картину происходящего. Наконец тело втиснули в гроб и захоронили под камнем (как было сказано, временно). И тут же небольшая группа могильщиков и прелатов поспешно, в полном молчании удалилась.
Чезаре, прикованный к постели, мгновенно осознал крушение всех своих надежд. Его комнаты находились над апартаментами папы, и, вероятно, он слышал заупокойные молитвы. Он не в силах ничего изменить и обязан освободить Ватикан до нового конклава. Беспокойство Чезаре растет; он понимает, что враги Борджиа спят и видят, как бы отомстить ненавистному роду. Женщин Борджиа собирают в замке Сант-Анджело. Здесь Санча Арагонская, Доротея да Крема, похищенная по пути в Равенну (драматичной была встреча этих двух женщин, объединенных общей ненавистью к человеку, любившему их), все дети Борджиа, маленький герцог Лукреции, римский инфант, потомство боковых ветвей семьи Борджиа и, вероятно, самый последний плод развратной жизни Александра VI – Родриго Борджиа, родившийся между 1502-м и 1503 годами. Вскоре весь гарем, включая Ванноццу Катанеи, был отправлен в крепость Чивита-Кастеллана. Сам Чезаре, которого кардиналы попросили покинуть Ватикан, поскольку его присутствие могло невольно помешать работе конклава, отправился в Непи в сопровождении военного эскорта и нескольких проституток. Восемь слуг несут его паланкин, обтянутый темно-красной тканью. Впереди паж ведет коня; через седло перекинут связанный пленник, чье имя неизвестно (может, заложник Орсини). Чезаре и в самом деле серьезно болен: ноги опухли, он сильно похудел и испытывает жуткие головные боли. Более того, он стал заговариваться. Просперо Колонна отправляет ему послание с предложением защиты при одном условии: в предстоящем конклаве Чезаре обязан использовать свое влияние в интересах Испании. Чезаре принимает это предложение, но одновременно принимает на таких же условиях помощь со стороны французов. О его двойной игре немедленно узнают обе стороны; это отталкивает испанцев и рождает недоверие у французов.