Уладив вопросы с браками и восстановив Орсини, Гаэтани, Колонна и Савелли в правах на территории, Юлий II, посчитав, что обезопасил себя, занялся подготовкой к борьбе с феодальными землевладельцами. Наибольшую опасность представляли Беджлиони из Перуджи и Бентивольо из Болоньи. Против этих, по общему признанию, продажных семейств понтифик, объединившись с Феррарой, Урбино, Флоренцией и Сиеной, повел серьезную войну, сумев избежать опасности французского вмешательства на стороне Бентивольо. Италия, хотя и привыкшая к оригинальным армиям, никогда не видела ничего подобного. Во главе армии двигался папа, словно олицетворение дантовского святого Геста, а за ним кардиналы, готовые двигаться во главе наступающих войск, разбивать палаточный лагерь и переносить все трудности армейской жизни. Беджлиони сдается без борьбы, и 13 сентября папа без помех вступает в город. За восемь дней, которые Юлий II провел в Перудже, он вернул церковные владения, реорганизовал магистратуру и изгнал всех виновных в гражданских преступлениях. Затем он двинулся на Болонью.
Несмотря на всю привязанность к Бентивольо, семейство д'Эсте не могло избежать присоединения к папскому союзу, поскольку было обязано сохранять преданность папе. Кардинал д'Эсте выехал в Имолу для встречи с главой церкви, предварительно направив туда продовольствие, дичь, муку и прочее. Продовольствие было встречено с гораздо большим удовольствием, чем Ипполито. При встрече с Юлием II, который испытывал предубеждение против д'Эсте, к тому же усугубленное событиями прошлого года, Ипполито столкнулся с одной из характерных черт папы. Через папского прелата кардинал получил жестокий нагоняй, который нанес серьезный удар по его самолюбию, за «копну» его длинных блестящих вьющихся волос, за галантные «женские» манеры (имелось в виду излишнее жеманство) и за знаменитые руки, чья красота вдохновляла женщин-литераторов, в том числе и поэтессу Веронику Джембера. Альфонсо была оказана более благосклонная встреча, когда он появился, чтобы воздать должное союзнику. Папа не баловал семейство д'Эсте любезным отношением. После трагедии с доном Джулио и доном Ферранте в Риме поговаривали, что дни герцогства Феррарского сочтены, поскольку семейство д'Эсте подозревалось в оказании тайной поддержки Бентивольо.10 ноября папа в роскошных одеяниях, украшенных драгоценными камнями, в окружении кардиналов, прелатов, офицеров и церемониймейстеров, с триумфом под крики «Виват!» вступил в Болонью. В Ферраре эти приветственные крики вызвали что-то похожее на ужас.
В конце 1506 года Чезаре Борджиа удается совершить побег из Медины. Он едет в Испанию, находит пристанище у родственников в Наварре и сразу же отправляет к Лукреции слугу-испанца, чтобы тот сообщил о совершенном побеге и в случае чего она могла бы оказать ему помощь. Лукрецию охватило радостное возбуждение. С кем еще она могла поделиться радостью, как не с Франческо Гонзага? Пока она пишет послание маркизу, ее охватывает все больший и больший восторг. Страстно желая помочь брату, герцогиня пишет письмо французскому королю и Манфредо Манфреди, феррарскому послу в Париже, поручив ему направлять ей ежедневные новости о том, какие шаги предпринимаются для оказания помощи Валентинуа. Манфреди отвечает, что посланник герцога Романьи, монсеньор Рекуэсенс, прибыл в Блуа и от имени своего хозяина попросил разрешения вступить во владение герцогством Валентинуа. Теперь, когда Александр VI уже не мог оказать поддержку в итальянской кампании, Людовик XII считал не только нелепой, но и очень опасной идею передать одну из провинций Чезаре. Отчет был тщательно продуман и основывался на взаимоуважении двух королей. Как он может позволить себе принять того, кто сбежал из тюрьмы Фердинада Католического?