После выборов парламентское большинство должно было назначить нового премьер-министра, но многие считали, что пост премьер-министра должен занять Янукович. Существенные разногласия по ряду вопросов между парламентским большинством, составившим «оранжевую» коалицию в Раде и фракцией Партии регионов, привели к тому, что «регионы» заблокировали работу Рады и предупредили, что готовы продолжать эту акцию вплоть до роспуска парламента и назначения досрочных выборов. В июле 2006-го года коалиционное большинство в составе БЮТ, «Нашей Украины» и Социалистической партии в ответ на ультиматум Партии регионов заявило о своем праве на действия, которые позволили бы начать работу Верховной Рады, избрать руководство парламента и сформировать новое правительство, но воплотить свои планы в жизнь не успело. Спустя несколько дней пресса сообщила о том, что лидер СП Александр Мороз, ради того чтобы стать спикером Рады, пошел на союз с Партией регионов, что привело к созданию новой коалиции с участием Партии регионов, Соцпартии и Компартии, и в итоге к развалу «оранжевой коалиции». Политолог Владимир Фесенко высказал мнение, что именно Ющенко ответственный за произошедшее, поскольку он «дистанцировался от процесса» создания коалиции демократических сил и в результате «утратил контроль за повседневной политикой». Ющенко указал на нелегитимность новой коалиции, переговоры же о создании «широкой» коалиции в Верховной Раде зашли в тупик. СМИ писали, что возможно, Рада будет распущена. Вместе с тем «Коммерсант» отмечал, что на «Украине, даже когда переговоры зашли в тупик и прекращены, они все равно продолжаются, только тайно».
В августе 2006-го года президентом и лидерами парламентских фракций (кроме Тимошенко и секретаря ЦК Компартии Петра Симоненко, которые не поддержали несколько пунктов документа), был подписан выработанный в результате длительных консультаций текст «Универсала национального единства». Документ определял, что вопрос о вступлении Украины в НАТО будет решаться на всенародном референдуме, предусматривал использование украинского языка как государственного, и при этом гарантировал гражданам Украины свободное использование русского или других языков в соответствии с Конституцией и Европейской хартией региональных языков меньшинств.
На основе Универсала «Наша Украина» и Партия регионов создали коалицию национального единства, после чего премьер-министром страны был избран Янукович (согласно договоренности с Ющенко, гарантией внесения его кандидатуры на пост премьер-министра стало подписание Партией регионов пункта Универсала о выполнении плана действий Украина — НАТО). Английская газета назвала избрание нового премьера «самым приличным вариантом выхода из многомесячного политического тупика». По оценке издания, Ющенко, поддержав кандидатуру Януковича, сумел предотвратить минипереворот.
XXIV
Многомесячные переговоры о «расширении» правительственной коалиции завершились полным провалом. Более того, премьер-министр В.Ф. Янукович, будучи с официальным визитом в Брюсселе, сделал громкое заявление о неготовности его страны к вступлению в НАТО, что прямо противоречило всему президентскому курсу по внешней политике.
Несмотря на то, что противоречия были преодолены, общество жило в ожидании конфликта между Ющенко, с одной стороны, правительством и парламентом — с другой. По мнению ряда СМИ, к декабрю противоречия переросли с полномасштабную войну, одним из последствий которых стала отставка неугодных Януковичу глав МИДа Бориса Тарасюка и МВД Юрия Луценко. Однако украинский лидер заявил, что на данном этапе он не видит условий для роспуска Рады. При этом он подтверждал намерение провести референдум, который сможет отменить или изменить конституционную реформу, приведшую, по его мнению, к разбалансированности власти в стране.
Осенью 2006-го года российское руководство пошло навстречу В.Ф. Януковичу в вопросе о цене на газ, что, естественно, вызвало резкое недовольство президента Ющенко, который понял, что теряет последние рычаги влияния на всю властную вертикаль. В сентябре этого года он назначил новым главой президентского секретариата бывшего министра МЧС В.М. Балогу, руководителем СНБУ донецкого («оранжевого») миллиардера В.А. Гайдука и поручил первому заместителю своего секретариата А.П. Яценюку курировать все силовые ведомства, особенно МВД, которое возглавил социалист В.П. Пушко.