В то время моим «законом божьим» стали и продолжают ими оставаться философские статьи Чернышевского. Под влиянием его идей, кроме Герцена и Фейербаха, я начал изучать также труды Сеченова, Писарева, Гегеля, отдельные работы Добролюбова. Кроме того, моя мать постоянно где-то добывала нелегальную газету Герцена «Колокол». Это определило мои настроения и в конечном счёте привело к участию в студенческих митингах и демонстрациях. В одной из таких демонстраций ещё до моего исключения из гимназии я и мой старший брат Сергей были арестованы и посажены в Петропавловскую крепость. Но я никогда не считал, что нас наказала Россия. Попы и полицейские в России, как и в других странах, являются частью государственного механизма, но даже если речь идёт о целом государственном механизме, нельзя считать, что он соответствует характеру страны. Когда вы выступаете против существующего общественного устройства, совершенно естественно, что люди, призванные высшей властью сохранять это устройство, применяют к вам меры наказания. Но было бы по меньшей мере неразумно, обидевшись на полицейского, переносить свою обиду на страну...»
Эта мысль была продумана им ещё в юношеские годы, иначе он не смог бы стать патриотом России. Власть имущие вовсе не гладили его по головке; ему приходилось с немалыми усилиями и горькими переживаниями идти наперекор официальным установкам:
«Меня исключили из шестого класса гимназии и затем запретили посещать Петербургский университет, куда, несмотря на отсутствие документа о законченном среднем образовании, я был определён вольнослушателем. Поэтому мне пришлось ехать учиться в Германию. После исключения из университета я не мог поступить ни в какое другое высшее учебное заведение России, так как находился под надзором полиции. Но это не значит, что учиться в России мне не позволила Россия».
Австралийский журналист (примерно так же, как в наше время многие российские журналисты) никак не мог взять в толк, как это юноша, который подвергся гонениям в своей стране, не возненавидел родину, а, напротив, делал всё для того, чтобы её возвеличить. Миклухо-Маклай отвечал так: