В старинных архивных документах церковь именуется то храмом Пресвятые Троицы, что за Москвою-рекою в Берсеневке, то церковью Николая Чудотворца, что в Садовниках, у Берсеневы решетки. Великий князь Иван III Васильевич в 1495 году приказал снести все строения за Москвою-рекой, против Кремля — боялся пожаров, — и развести сад. На «годуновском» плане Москвы царский сад — это участок между теперешним Каменным, Москворецким и Устьинским мостами. Отсюда вся местность — Садовники Верхние, Средние и Нижние. С 1624 года церковь уже существовала. Первоначально — деревянная. Каменной стала в 1656 году. Крупнейшим жертвователем на построение церкви был «садовник», то есть ведающий царскими садами Аверкий Стефанович Кириллов. Церковь и жилые боярские палаты (дом думного дьяка Аверкия Кириллова), с которыми она соединялась крытой каменной галереей, — архитектурное целое.
Церковь домовая, а также усыпальница. Пышный вход в храм с северной стороны и отдельный спуск в подвал (в усыпальницу). Крыльцо не имеет аналогий: на кубышчатых колонках, с бочкообразной крышей и двойными арками, опирающимися на подвесные гирьки. Среди декоративных убранств применялись майоликовые изразцы с орнаментами растительного характера и мотивами двуглавых орлов в коронах. Наличие таких изображений позволяет предположить участие царя Алексея Михайловича в построении храма, представляющего собой, по общей композиции и украшениям, один из лучших памятников русской церковной архитектуры.
На восточной наружной стене храма можно разобрать две строчки: «Всяк мимошедший сею стезею прочти сия и виждь, кто закрыт сей землей».
Были в храме и плиты с надписями. Плита 1-я — «Во славе и хвале отца и сына святого духа раб Божий думный дьяк Аверкий Стефанович Кириллов от рождения своего поживе 60 лет и от начала мира лета 7190 мая в 16 день мученически скончался…». Думного дьяка растерзал разгневанный народ: садовник оказался взяточником и стяжателем. Плита 2-я — о кончине его жены Евфимии.
…Конечно, когда приходит Левка, то звучит «Аида», или мы рисуем, или мы сочиняем романы. Когда появляется Олег — гибнет не только новое пальто, а «хламида», впервые в жизни сшитая мне в стенах самого «Интуриста», правда из перелицованного отцовского пальто.