В «смутное время» и позднее в Москве в Казанском приказе и в Тобольске знали о том, что иностранные корабли не могут пройти в Сибирь по морю. И все же опасность появления их там была одним из предлогов для запрещения Мангазейского морского хода. Понять это Данила Наумов никак не мог.
В 1618 и 1619 гг. о проходе иностранцев в Сибирь заговорили в Казанском приказе вновь в связи с настойчивыми просьбами тобольского воеводы Ивана Куракина, причем Куракину обещали полную свободу действий. Об этом свидетельствовала грамота 1618 г., снимающая запрет на плавание из Поморья в Мангазею. Царь писал в Тобольск: «А во всем мы в том морском Мангазейском ходу положили то дело на тебя, боярина нашего, на князя Ивана Семеновича: и ты бы всякое наше дело делал в Сибири, смотря по тамошнему делу, как бы нашему делу было прибыльнее и порухи некоторые в нашем деле не было». Этим и воспользовался Куракин. Написал он в Москву новую челобитную царю, где снова настаивал на запрещении Мангазейского морского хода и переводе сибирской северной торговли в Тобольск и Березов. Куракин подчеркивал, что торговые люди ездят в сибирские города мимо Тобольска и от этого происходит «умаление» таможенных сборов. Последнее обстоятельство, очевидно, сильно подействовало на начальников Казанского приказа, и поэтому во изменение своего ранее данного указа царь Михаил Федорович в 1619 г. направил Куракину новую наказную память, которую в феврале 1620 г. привез в Тобольск атаман Третьяк Юрлов. В новой своей грамоте царь согласился с доводами тобольского воеводы и окончательно запретил Мангазейский морской ход. Торговым и промышленным людям предлагалось ездить в Сибирь через Урал по рекам Усе, Соби на Березов, а из Березова в Мангазею.
Победу одержал князь Иван Куракин. Но из корыстных ли только побуждений действовал он? Не защищал ли он интересы страны, жертвуя Мангазейским морским ходом, не предотвратил ли проникновение иностранцев на Обско-Енисейский Север? На эти вопросы мангазейский воевода Данила Наумов ответить, конечно, не смог.
В книгах, в статьях, в очерках высказано много предположений о том, что вызвало запрет 1619 г. Одни считают, что главной побудительной причиной царского решения явилось стремление оградить Сибирь от проникновения иностранцев. Но Казанский приказ и тобольский воевода знали уже о неудачах западноевропейских моряков и поэтому не могли серьезно поверить в реальную угрозу для Сибири со стороны одиночных и весьма неорганизованных экспедиций в полярные льды. Другие утверждают, что запрет плаваний поморов преследовал чисто таможенные интересы. Но никто не доказал, что имелось в виду в данном случае. Ведь таможенный сбор производился в Мангазее и Туруханске, и никому не удалось обойти таможни. Ведь и после запрета плавать по морю в Мангазею таможенный сбор осуществлялся в тех же пунктах. А вместе с тем осталось незамеченным наступление крепостного государства на позиции торгово-промышленного люда Сибири.
В «смутное время» Сибирь наполнилась беглыми крестьянами и холопами. Мангазейская дорога стала одним из важных путей, по которым передвигалась крестьянская вольница в далекие сибирские земли. После ликвидации смуты правительство царя Михаила Федоровича потребовало от воевод ликвидации сложившихся в предыдущий период порядков, укрепления налогового пресса и увеличения доходов в старых и новых уездах Сибири. Наступление крепостников на крестьян и городское население проходило по всей стране. Завершилось оно Соборным уложением 1649 г. В то же время ничем не стесненные поездки северных крестьян в Мангазею шли вразрез с новой крепостной политикой. Они являлись бельмом на глазу не только у сибирских воевод, но и у администрации северных областей, так как касались самих основ феодального государства. Сохранилась отписка 1623 г. мангазейских воевод Дмитрия Погожева и Ивана Танеева в связи с запрещением плавания из Поморья на Обь и Таз. Воеводы заявили, что «… в Мангазею же де приезжают, бегаючи с Мезени и Пустоозера, и с ними всякие люди (из других районов страны) от государевых податей, а иные от воровства и от своей братии от всяких долгов».